New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5415057 | 49 (0.930) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 8.4% | coding (720/1392 nt) | gabP‑V | gamma‑aminobutyrate permease |
? | NC_002947 | = 5415119 | 41 (0.820) | coding (658/1392 nt) | gabP‑V | gamma‑aminobutyrate permease |
GCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCAGTCCATCAGCGCGGCG > NC_002947/5414971‑5415264 | gCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGc < 1:147312/149‑1 (MQ=255) tGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggt > 5:232260‑M2/1‑143 (MQ=255) gggTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGcc > 2:336706/1‑149 (MQ=255) gTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGa < 1:167718/149‑1 (MQ=255) ttCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGAACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATg > 1:247534/1‑147 (MQ=255) cACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCt > 2:253282/1‑149 (MQ=255) aCGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTg < 1:336706/149‑1 (MQ=255) aaaTGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGAACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGtg < 2:247534/149‑1 (MQ=255) tGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAg < 8:97122/131‑1 (MQ=255) aTCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCTGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGaa < 4:215198/149‑1 (MQ=255) tCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCGAATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGaa < 1:253282/149‑1 (MQ=255) gAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGAt < 4:41952/120‑1 (MQ=255) gAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGAt > 3:41952/1‑120 (MQ=255) aCAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACt > 4:294502/1‑149 (MQ=255) gATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATcaca > 2:276771/1‑124 (MQ=255) gATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATcaca < 1:276771/124‑1 (MQ=255) aGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAg > 4:145876/1‑149 (MQ=255) gTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACa > 3:322701/1‑109 (MQ=255) gTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACa < 4:322701/109‑1 (MQ=255) tGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGgc > 7:228160/1‑149 (MQ=255) gATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGgc > 3:347366/1‑148 (MQ=255) gCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGt > 5:305841/1‑106 (MQ=255) aGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAAccg < 5:296488/149‑1 (MQ=255) gATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgacc < 7:209853‑M2/149‑78 (MQ=255) gATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAAccgc > 2:348676/1‑149 (MQ=255) aTCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgac < 8:279720‑M2/147‑77 (MQ=255) cACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCACAAAAccgccg > 8:241956/1‑148 (MQ=255) ggTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCa < 3:145876/149‑1 (MQ=255) ttGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGccc > 1:84283/1‑149 (MQ=255) gCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgacccgcagctggcggtggtgggtt > 7:279720‑M2/1‑50 (MQ=255) tGTTGGGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTc > 7:319665/1‑130 (MQ=255) tGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTc < 8:319665/130‑1 (MQ=255) ttGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGcc < 8:228160/148‑1 (MQ=255) gcgcGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGgcg > 4:194317/1‑110 (MQ=255) gcgcGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGgcg < 3:194317/110‑1 (MQ=255) gACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGAc > 5:336072/1‑93 (MQ=255) gACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGAc < 6:336072/93‑1 (MQ=255) tCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTcgcg > 7:121236/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTcgcg > 7:292478/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTcgcg > 3:237477/1‑149 (MQ=255) gCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCATTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGt > 6:110411/1‑149 (MQ=255) ggACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTgg > 2:165450/1‑149 (MQ=255) gACTCTGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCctcggtgatctggcgtatcagcaccttctacatcctgtcgatcttcgtgatcatttcggtggtgccgtggaacgacccgcagctggcggtggtgggttcgtaccagcgtgcgctggaaatcat > 8:209853‑M2/1‑26 (MQ=255) gACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTgg < 8:121236/148‑1 (MQ=255) tCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTcgc < 6:317669/139‑1 (MQ=255) tCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTcgc > 5:317669/1‑139 (MQ=255) tCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAg > 6:316129/1‑149 (MQ=255) gACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCa < 3:294502/149‑1 (MQ=255) gACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCa < 1:348676/149‑1 (MQ=255) gcggcg‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCAGTc < 4:237477/149‑1 (MQ=255) ggTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCAGTCCATCAgcg > 1:170123/1‑149 (MQ=255) cTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCAGTCCATCAGCgcggcg < 4:347366/149‑1 (MQ=255) | GCCAGCTGCGGGTCGTTCCACGGCACCACCGAAATGATCACGAAGATCGACAGGATGTAGAAGGTGCTGATACGCCAGATCACCGAGCGGGTGGCCTTGGCGATGTTGCGCGACGGGTCGCTGGACTCGGACGCGGCG‑ATGGTCACTGCCTCGGTGCCGATGAAGCTGAACATCACAGTGATGAACGCACCCACCACTGCCGACCAGCCTTTCGGCGCAAAACCGCCGTATTCGGCCATCAGCCCGCTCAGCCCACTGACCTCGCGGTTGGGCAGCCAGTCCATCAGCGCGGCG > NC_002947/5414971‑5415264 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |