New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2052922 | 47 (0.890) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 7.6% | coding (679/783 nt) | PP_1828 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2052948 | 51 (0.990) | coding (653/783 nt) | PP_1828 | hypothetical protein |
CGGCTGATGCGGTCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGCCCTTCAGGTGCTG > NC_002947/2052804‑2053093 | cGGCTGATGCGGTCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGccc < 3:252287/149‑1 (MQ=255) gATGCGGTCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCccttcct > 8:170485/1‑149 (MQ=255) aTGCGGGCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGATATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCccttcc < 6:322539/147‑1 (MQ=255) tGCGGTCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCtt‑t < 3:343136/149‑1 (MQ=255) ggcTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAAGAGCACTGCCTGGAACACGGCAAACTCCACCAGGCATGTAATGTTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGTCTACGCGATCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTACt < 3:10281/147‑1 (MQ=255) gTCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCt < 4:179741/149‑1 (MQ=255) gCGGGTAGCAATCGCGATCTCCCGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACTCAATCCGCCGTCTTCTCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGtt < 4:185457/149‑1 (MQ=255) gCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTCCTGGt < 7:319751/148‑1 (MQ=255) aaTCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCg < 7:170485/148‑1 (MQ=255) tCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGcc < 5:83315/149‑1 (MQ=255) cAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCctg > 2:153326/1‑149 (MQ=255) aCAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTgcagc > 3:333990/1‑149 (MQ=255) aCAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTgcag > 5:113174/1‑148 (MQ=255) aCAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTgcag > 6:59355/1‑148 (MQ=255) aCAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTgcag > 8:262447/1‑148 (MQ=255) cctgcctgGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTc < 4:129702/116‑1 (MQ=255) cctgGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTggc < 4:333990/148‑1 (MQ=255) aaCACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATc > 6:148202/1‑149 (MQ=255) ggCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCTCGCAGTTGCCCTTACTT‑TTCCTGCAGtt < 5:24223/110‑1 (MQ=255) ggCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGtt > 6:24223/1‑110 (MQ=255) cAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCccttc < 7:132994/94‑1 (MQ=255) cAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCccttc > 8:132994/1‑94 (MQ=255) aaCGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAAtctc < 1:153326/149‑1 (MQ=255) aCGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAgg > 5:78350/1‑128 (MQ=255) aCGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAgg < 6:78350/128‑1 (MQ=255) gCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCAc > 4:251713/1‑149 (MQ=255) caccaGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCAccc > 1:39304/1‑149 (MQ=255) gTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGTAGgcg > 2:39733/1‑149 (MQ=255) tAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGgcgc < 7:262447/149‑1 (MQ=255) tAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGgcgc < 6:113174/149‑1 (MQ=255) tGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGaa > 3:191070/1‑123 (MQ=255) tGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGaa < 4:191070/123‑1 (MQ=255) tGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCgctg > 8:103524/1‑149 (MQ=255) aaCGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTc < 2:39304/149‑1 (MQ=255) aCGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAg > 8:257346/1‑135 (MQ=255) aCGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAg < 7:257346/135‑1 (MQ=255) gccgTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAg > 8:311710/1‑142 (MQ=255) gccgTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAg < 7:311710/142‑1 (MQ=255) cgTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTg < 5:148202/149‑1 (MQ=255) gTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAAt > 6:186447/1‑108 (MQ=255) gTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAAt < 5:186447/108‑1 (MQ=255) gcTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGccc > 2:76928/1‑149 (MQ=255) cTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCa < 5:59355/149‑1 (MQ=255) gTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTgccaaataccagcgcgaagacggcggattgcgtttcaccattacctgcctggtggcgtttgccgtgttccaggcagggctgttgatctggattgctacccgctaagaccgcat < 2:251002‑M2/148‑114 (MQ=255) tttGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTgccaaataccagcgcgaagacggcggattgcgtttcaccattacctgcctggtggcgtttgccgtgttccaggcagggctgttgatct > 1:74133‑M2/1‑32 (MQ=255) tttGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTgccaaataccagcgcgaagacggcggattgcgtttcaccattacctgcctggtggcgtttgccgtgttccaggcagggctgttgatct < 2:74133‑M2/120‑89 (MQ=255) ggCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTcc > 2:236226/1‑94 (MQ=255) ggCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTcc < 1:236226/94‑1 (MQ=255) gcTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGa < 2:109531/123‑1 (MQ=255) gcTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGa > 1:109531/1‑123 (MQ=255) aTCCCGCTCGCGCAGTTgccaaataccagcgcgaagacggcggattgcgtttcaccattacctgcctggtggcgtttgccgtgttccaggcagggctgttgatctggattgctacccgctaagaccgcatcagccgggggaaattaggg > 1:251002‑M2/1‑17 (MQ=255) aTCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTTCTTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATATCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATcc > 1:192225/1‑140 (MQ=255) aTCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATcc < 2:192225/139‑1 (MQ=255) aTCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGc > 6:284250/1‑149 (MQ=255) cccGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGccc > 2:275166/1‑149 (MQ=255) ccGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGCCCt > 3:182808/1‑149 (MQ=255) gCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAg > 3:243658/1‑115 (MQ=255) gCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAg < 4:243658/115‑1 (MQ=255) gcgcAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGCCCTTCAg < 5:284250/147‑1 (MQ=255) aGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGTAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGCCCTTCAGGTgctg < 1:39733/149‑1 (MQ=255) | CGGCTGATGCGGTCTTAGCGGGTAGCAATCCAGATCAACAGCCCTGCCTGGAACACGGCAAACGCCACCAGGCAGGTAATGGTGAAACGCAATCCGCCGTCTTCGCGCTGGTATTTGGCTACGCGCTCATCCCGCTCGCGCAGTTGCCCTTCCTT‑TTCCTGCAGTTGCTGGTCGGCCTGCTGCAGCAGGCTGGCGGCATCCAGAATCTCCACCCGCTGCAGGCGCTCGCTGCTCCAGGCGGCCTTGAGCTGGCCCACCGTCATATCCGCGATACGGCCCTTCAGGTGCTG > NC_002947/2052804‑2053093 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |