New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2772192 | 49 (0.930) | 4 (0.080) | 4/242 | NT | 7.4% | coding (624/906 nt) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 2772220 | 53 (1.050) | coding (596/906 nt) | PP_2425 | AraC family transcriptional regulator |
TACTGCATTGGCGCCATGTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGC > NC_002947/2772088‑2772363 | tACTGCATTGGCGCCATGTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGTGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGaa < 6:276399/149‑1 (MQ=255) cTGCATTGGCGCCATGTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGt < 2:255253/149‑1 (MQ=255) gcgcCATGTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGt > 3:297294/1‑149 (MQ=255) gcgcCATGTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGt < 5:313934/149‑1 (MQ=255) gTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTcc < 4:297294/148‑1 (MQ=255) ggTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTccac > 6:135183/1‑147 (MQ=255) tGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGt < 8:188459/149‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGccc < 7:243044/131‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGccc > 8:243044/1‑131 (MQ=255) ccgcTTGAATTGTTCATGGAAGGTAGAAACGCTCATGTTGGCCAGCGCTGCCAGTGCCTCCACGATCAGAGCCTCGCCGTAGTGATCGCGCAGGTGTGCAAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGATGCTCCACCAGTGccc > 6:53704/2‑149 (MQ=255) gcTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGc < 2:194393/118‑1 (MQ=255) gcTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGc > 1:194393/1‑118 (MQ=255) gcTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCg > 5:79342/1‑148 (MQ=255) aaGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAaca > 2:258548/1‑148 (MQ=255) aGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCgg > 2:62906/1‑110 (MQ=255) gtgtTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCt > 7:182674/1‑122 (MQ=255) gtgtTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCt < 8:182674/122‑1 (MQ=255) gtgtTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGt < 7:322566/124‑1 (MQ=255) gtgtTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGt > 8:322566/1‑124 (MQ=255) ttCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGcgc < 3:150770‑M2/98‑4 (MQ=255) ttCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGcgc > 4:150770‑M2/1‑95 (MQ=255) ttCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCgg > 1:117834/1‑149 (MQ=255) ttCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCg < 1:258548/148‑1 (MQ=255) aTGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCt < 6:99560/149‑1 (MQ=255) tGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGc < 2:81110/135‑1 (MQ=255) aaGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg < 6:79342/149‑1 (MQ=255) cGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAgc > 2:326711/1‑149 (MQ=255) aTGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCgg > 8:209112/1‑148 (MQ=255) gTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTccacca > 8:197692/1‑107 (MQ=255) gTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTccacca > 8:203072/1‑107 (MQ=255) gTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTccacca < 7:197692/107‑1 (MQ=255) gTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTccacca < 7:203072/107‑1 (MQ=255) ttGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGtata < 5:135183/149‑1 (MQ=255) gcgcgGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTAGACAGCAcc > 8:247308/1‑149 (MQ=255) tCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACgcgcgc > 8:51873/1‑149 (MQ=255) ccACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGcc > 5:137671/1‑149 (MQ=255) cACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCTAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGTTATACAGCACCTCGCGTACgcgcgc < 5:53704/147‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAaca < 5:2847/94‑1 (MQ=255) aCGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAaca > 6:2847/1‑94 (MQ=255) gCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGc < 7:51873/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGcgccgagccgctgagcgtggaggcactggccgcgcgggccaacatgagcgtttcgaccttccatgaacacttcaagcgctgcaccgacatggcgccaatgcag > 4:97234‑M2/1‑36 (MQ=255) gCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGcgccgagccgctgagcgtggaggcactggccgcgcgggccaacatgagcgtttcgaccttccatgaacacttcaagcgctgcaccgacatggcgccaatgcag < 3:97234‑M2/139‑104 (MQ=255) cTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGcgcg < 4:172153/109‑1 (MQ=255) cTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGcgcg > 3:172153/1‑109 (MQ=255) tCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGcgccgagccgctgagcgtggaggcactggccgcgcgggccaacatgagcgtttcgaccttccatgaacacttcaagcgctgcaccgacatggcgccaatgcagtacctgaagcgc < 1:215041‑M2/149‑116 (MQ=255) tCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCtt > 3:276743/1‑149 (MQ=255) cGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg > 8:322630/1‑94 (MQ=255) cGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCgg < 7:322630/94‑1 (MQ=255) gCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGc < 4:276743/149‑1 (MQ=255) gTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGcgccgagccgctgagcgtggaggcactggccgcgcgggccaacatgagcgtttcgaccttccatgaacacttcaagcgctgcaccgacatggcgccaatgcagtacctgaagcgcttgcg < 3:243796‑M2/149‑121 (MQ=255) gCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCa < 1:150105/132‑1 (MQ=255) gCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCa > 2:150105/1‑132 (MQ=255) tCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCgg > 1:191794/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCggg < 2:117834/148‑1 (MQ=255) gTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTg > 3:220385/1‑147 (MQ=255) gggCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTgcagg < 2:191794/149‑1 (MQ=255) cGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTcgc < 3:241743/99‑1 (MQ=255) cGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTcgc > 4:241743/1‑99 (MQ=255) cGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTgcaggcag < 4:220385/149‑1 (MQ=255) gggCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTgc < 1:272395/149‑1 (MQ=255) | TACTGCATTGGCGCCATGTCGGTGCAGCGCTTGAAGTGTTCATGGAAGGTCGAAACGCTCATGTTGGCCCGCGCGGCCAGTGCCTCCACGCTCAGCGGCTCGGCGTAGTGCTCGCGCAGGTGGGCGAGGGCGGCGCCGATGCGGGCGAAGTGCCCCTGTTGCTCCACCAGTGCCCGCAACACACCGGCCTGCGGGCCGCGCAGCGCGGTATACAGCACCTCGCGTACGCGCGCCGGGCCCAGTACCTTGGCGTCAAGCGGGTCCTGCAGGCAGTGC > NC_002947/2772088‑2772363 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |