New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3042377 | 52 (0.980) | 5 (0.100) | 5/246 | NT | 8.6% | coding (280/315 nt) | PP_5537 | membrane protein |
? | NC_002947 | = 3042402 | 56 (1.090) | coding (305/315 nt) | PP_5537 | membrane protein |
GGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACGCTGCCGTGTTCA > NC_002947/3042266‑3042544 | ggTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAg > 5:58042/1‑148 (MQ=255) gTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCa < 1:26267/149‑1 (MQ=255) gTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTCTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCa < 2:66359/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAg < 5:173556/149‑1 (MQ=255) gCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGt < 3:214745/148‑1 (MQ=255) gCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTg > 6:193076/1‑149 (MQ=255) tGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGcc > 4:44485/1‑149 (MQ=255) tGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGcc > 7:192600/1‑149 (MQ=255) gATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTTGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGcc < 8:67733/147‑1 (MQ=255) gATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGcc < 1:121363/147‑1 (MQ=255) aTGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTg < 3:44485/149‑1 (MQ=255) gTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAg < 1:287735/149‑1 (MQ=255) cGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGTGGTGCTGCCTTACCTTCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGc < 7:103994/148‑1 (MQ=255) gagaCAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCt < 6:58042/149‑1 (MQ=255) aCAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATg > 5:199159/1‑149 (MQ=255) ccGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCt < 8:319811/149‑1 (MQ=255) cGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtg > 1:56629/1‑149 (MQ=255) gCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgt < 7:225607/149‑1 (MQ=255) cATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgtg > 5:42560/1‑149 (MQ=255) tGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgtgtg < 8:192600/149‑1 (MQ=255) cgcgGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCtgtgtgtg < 3:100767/149‑1 (MQ=255) cAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTgtgg > 5:245123/1‑145 (MQ=255) cAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTgtgg < 6:245123/145‑1 (MQ=255) aTCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTc < 6:199159/149‑1 (MQ=255) tgctgcCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGt < 6:42560/149‑1 (MQ=255) ccTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTg > 5:75037/1‑149 (MQ=255) ctgctgctgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCt < 1:134987/109‑1 (MQ=255) ctgctgctgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCt > 2:134987/1‑109 (MQ=255) ctgctgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGc < 6:75037/149‑1 (MQ=255) tgctgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTc < 8:289063/127‑1 (MQ=255) tgctgACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTc > 7:289063/1‑127 (MQ=255) aCCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCa < 5:193076/148‑1 (MQ=255) gtcgtGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGTTGTTCCTCAAGa < 3:172328/123‑1 (MQ=255) gtcgtGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGTTGTTCCTCAAGa > 4:172328/1‑123 (MQ=255) cGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCt > 1:154058/1‑137 (MQ=255) cGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCt < 2:154058/137‑1 (MQ=255) gCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGc > 7:201551/1‑74 (MQ=255) gCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGc < 8:201551/74‑1 (MQ=255) tACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATc > 2:4456/1‑114 (MQ=255) tACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATc < 1:4456/114‑1 (MQ=255) aCCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcaccatccagcaaccggccag < 7:209277‑M2/149‑119 (MQ=255) aCCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCAcc > 6:140527/1‑148 (MQ=255) ccTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcaccatccagcaaccgg < 1:25460‑M2/144‑115 (MQ=255) ccTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctctgccgcgcatgcggttgtctcgcaccatccagcaaccgg > 2:25460‑M2/1‑30 (MQ=255) cTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagccaggtaaggcagcaccgcgatcccggctct > 1:207246‑M2/1‑29 (MQ=255) cTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGccaggtacagcaacggccccagcgaaacgaacacgacggtcagcagcaggtaaggcagcaccgcgatcccggctct < 2:207246‑M2/105‑77 (MQ=255) tGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAAcc > 6:243983/1‑149 (MQ=255) gTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCg > 6:45110/1‑149 (MQ=255) ccAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAATCCggag > 5:135034/1‑148 (MQ=255) cAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCa < 7:321538/136‑1 (MQ=255) cAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCa > 8:321538/1‑136 (MQ=255) gagGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACg < 5:140527/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACGCTg < 5:45110/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCAc < 7:72413/130‑1 (MQ=255) gTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCAc > 8:72413/1‑130 (MQ=255) gCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACGCTGCCgtg > 8:204398/1‑149 (MQ=255) ccGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACGCTGCCgtgt < 7:204398/149‑1 (MQ=255) cGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTtcgtcg > 2:201639/1‑118 (MQ=255) cGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTtcgtcg < 1:201639/118‑1 (MQ=255) gAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGAGTTAACCAACCCGGAGGACGCTGCCGTGtt > 4:141642/1‑148 (MQ=255) aGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACGCTGCCGTGTTCa < 2:56629/149‑1 (MQ=255) | GGTTGCTGGATGGTGCGAGACAACCGCATGCGCGGCAGAGCCGGGATCGCGGTGCTGCCTTACCTGCTGCTGACCGTCGTGTTCGTTTCGCTGGGGCCGTTGCTGTACCTGGTGACCAGAGGCGTTGCCGAGGGGCGCCAGCCATGAGCAGTGCCTTGCAGGCCTATGCGCTGTGTGTGGTGGTGCTGTTCCTCAAGACGTTCCTGGTTTCCTGCTATCAGGGCTATCACCGTTTGCGCTTCGTCGCGTTCACCAACCCGGAGGACGCTGCCGTGTTCA > NC_002947/3042266‑3042544 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |