New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3221462 = | 34 (0.640) | 3 (0.060) | 3/238 | NT | 9.7% | coding (1232/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | NC_002947 | 3221508 = | 24 (0.490) | coding (1186/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
TTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGAT > NC_002947/3221361‑3221649 | cgtgctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcgggtcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAgg < 2:185519‑M1/48‑1 (MQ=255) cgtgctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAgg > 3:53379‑M1/102‑149 (MQ=255) ttGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGCGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAgg < 3:57459/148‑1 (MQ=255) gCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTg > 7:189946/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTgg > 4:293705/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTg < 4:347304/148‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTg < 3:244175/148‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGt > 7:28850/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGt > 2:1228/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCt < 8:28850/149‑1 (MQ=255) agctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcgggtcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGt > 1:185519‑M1/95‑147 (MQ=255) gatgatGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCg < 7:107824/148‑1 (MQ=255) gatgatGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCAACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCATGGAGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCgg < 2:291280/149‑1 (MQ=255) atgatgTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGc < 5:359814/149‑1 (MQ=255) gATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGt > 5:161369/1‑129 (MQ=255) gATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGt < 6:161369/129‑1 (MQ=255) cgcgGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCAcc < 2:209745/148‑1 (MQ=255) cgcgGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGAGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCAcc < 6:143782/148‑1 (MQ=255) tCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCg < 8:189946/149‑1 (MQ=255) cAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGttt < 3:293705/149‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCt > 1:219021/1‑124 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCt < 2:219021/124‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCAt < 1:1228/149‑1 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGt > 4:174402/1‑123 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGt < 3:174402/123‑1 (MQ=255) ggCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGTGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCa < 1:199582/149‑1 (MQ=255) accaacctgctcgccctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGACCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCt > 1:185519‑M2/54‑147 (MQ=255) cctgctcgccctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACg > 3:53379‑M2/49‑149 (MQ=255) cctgctcgccctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGACCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACg < 2:185519‑M2/101‑1 (MQ=255) GCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCt < 1:68307‑M1/149‑1 (MQ=255) CGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTg < 8:267177‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGa < 7:305847‑M1/137‑1 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGa > 8:305847‑M1/1‑137 (MQ=255) CCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAgtt > 4:142420‑M1/1‑112 (MQ=255) CCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAgtt > 4:137105‑M1/1‑112 (MQ=255) CCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGcc > 7:267177‑M1/1‑149 (MQ=255) aGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTg < 7:61578/145‑1 (MQ=255) aGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTg > 8:61578/1‑145 (MQ=255) tGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGc < 2:68307/149‑1 (MQ=255) ttCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCTGCGATGCTGCGGATAACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGACGATga > 1:267957/1‑148 (MQ=255) aTGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTACACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTc > 7:89644/1‑147 (MQ=255) ttCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCt > 5:182591/1‑149 (MQ=255) gcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGAt < 6:182591‑M2/142‑1 (MQ=255) | TTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAG‑CAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGAT > NC_002947/3221361‑3221649 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |