New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3435438 = | 60 (1.140) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 5.8% | coding (350/981 nt) | gpJ | baseplate/tail fiber protein |
? | NC_002947 | 3435478 = | 41 (0.820) | coding (390/981 nt) | gpJ | baseplate/tail fiber protein |
TGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCG > NC_002947/3435333‑3435626 | ctcgggggtcaactccgcctcaacaaaccggggcgaatcgaccgacacgttggtcagctcggccgacgcgctcagcccgtgatactcataggcgccgctgctgccgGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCgg > 2:325837‑M1/107‑149 (MQ=255) gAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCgg > 8:172047/1‑147 (MQ=255) cgcgCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGATGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGcagcag > 7:171394/1‑149 (MQ=255) aCGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGa < 5:37037/148‑1 (MQ=255) cGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGt < 7:172047/149‑1 (MQ=255) tgtgGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATc < 1:193202/149‑1 (MQ=255) tgGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCAc < 5:364578/149‑1 (MQ=255) gaAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTAt > 6:234763/1‑136 (MQ=255) gaAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTAt < 5:234763/136‑1 (MQ=255) tATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGTGGCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGcgcg > 1:21510/1‑149 (MQ=255) ccgccgGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGACGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCgg > 4:342469/1‑149 (MQ=255) ggagccTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGGAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCTCTTCCGCACGCGGCTGTCGCGGGAGGGCTTGTCGGTAGCCTGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCTCGGGCTGAGCGGGTCTGCCGAGCTGa < 8:171394/145‑1 (MQ=255) aTCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGa < 6:135253/147‑1 (MQ=255) aTCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCGTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTTTCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGAc < 3:342469/148‑1 (MQ=255) tGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGa < 7:270330/143‑1 (MQ=255) tGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGa > 8:270330/1‑143 (MQ=255) tGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCTGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACgtgt < 2:21510/149‑1 (MQ=255) tGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACgtgt < 6:213771/149‑1 (MQ=255) cGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTgtcg > 6:255314/1‑149 (MQ=255) ggT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTgtcgg > 2:153226/1‑149 (MQ=255) ggT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTgtcgg > 8:48516/1‑149 (MQ=255) ccgccgGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTgtcggtcg < 2:212127/148‑1 (MQ=255) gTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAgc > 6:94471/1‑102 (MQ=255) gTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAgc < 5:94471/102‑1 (MQ=255) cgacgaAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGt < 5:255314/149‑1 (MQ=255) gacgaAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGtt > 8:300654/1‑149 (MQ=255) gacgaAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGtt > 7:144118/1‑149 (MQ=255) acgaAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTttgtt < 2:132630/137‑1 (MQ=255) acgaAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTttgtt > 1:132630/1‑137 (MQ=255) gctgcgctACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGAccccc > 6:19080/1‑148 (MQ=255) gctgcgctACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGAccccc > 4:329789/1‑148 (MQ=255) ccggctaccgacaaggcctcaagcgacagccgcgtgcggtagcCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAg > 2:325837‑M2/44‑149 (MQ=255) gacaaggcctcaagcgacagccgcgtgcggtagcCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACGAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGa > 3:114151‑M2/35‑132 (MQ=255) gacaaggcctcaagcgacagccgcgtgcggtagcCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACGAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGa < 4:114151‑M2/98‑1 (MQ=255) tGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACgg < 5:307720/137‑1 (MQ=255) tGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACgg > 6:307720/1‑137 (MQ=255) tGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTgccg < 5:19080/149‑1 (MQ=255) tGTAGCTTGAGGCCTTGTAGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCATAAGAGTATCACGGGCAGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAAc > 4:117252/1‑83 (MQ=255) tGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCgggg > 7:202343/1‑149 (MQ=255) gAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGATGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCggg < 7:48516/147‑1 (MQ=255) gAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCggg < 1:153226/147‑1 (MQ=255) gAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCggg < 8:144118/147‑1 (MQ=255) gCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTa > 7:74269/1‑123 (MQ=255) gCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTa < 8:74269/123‑1 (MQ=255) gCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCAt > 7:199133/1‑149 (MQ=255) gCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCAt > 3:322140/1‑149 (MQ=255) gTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTgtgg > 8:49815/1‑149 (MQ=255) gtagcCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTggtggt > 3:56610‑M2/6‑149 (MQ=255) cGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCg < 4:322140/149‑1 (MQ=255) | TGAACCGCGCCGCTGATTACGGTGTGGAGAAGCTGGTTATCCGCCCGGCTGATCCTGATGCGGT‑GCCGCCGGTAGAGGCGGTAATGGAGGGCGACGAAGCGCTGCGCTACCGCACGCGGCTGTCGCTTGAGGCCTTGTCGGTAGCCGGCAGCAGCGGCGCCTATGAGTATCACGGGCTGAGCGCGTCGGCCGAGCTGACCAACGTGTCGGTCGATTCGCCCCGGTTTGTTGAGGCGGAGTTGACCCCCGAGGTACGGGCCCAGCTGCCGGCCGGGGCCATTGTGGTGGTCTGCG > NC_002947/3435333‑3435626 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |