New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4095364 | 44 (0.830) | 5 (0.100) | 5/240 | NT | 9.6% | coding (120/765 nt) | PP_3603 | GntR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 4095423 | 53 (1.060) | coding (61/765 nt) | PP_3603 | GntR family transcriptional regulator |
CGCGAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAGTC > NC_002947/4095281‑4095567 | cgcgAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCTGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcgg > 1:219472‑M2/1‑143 (MQ=255) cgcgAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcgg < 4:52580‑M2/149‑7 (MQ=255) tCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGt > 6:295455/1‑149 (MQ=255) caccGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCt < 6:125586/149‑1 (MQ=255) accGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTg < 5:295455/149‑1 (MQ=255) cGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTa < 3:52580/149‑1 (MQ=255) gTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTAc > 1:146434/1‑149 (MQ=255) aCGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTgctgct < 5:3728/148‑1 (MQ=255) ccTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGGACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTa < 8:292181/135‑1 (MQ=255) ccTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTa > 7:292181/1‑135 (MQ=255) ccTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGt > 7:287147/1‑148 (MQ=255) ccTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGt > 6:100593/1‑148 (MQ=255) cGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGc < 1:107408/148‑1 (MQ=255) gCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCt < 5:100593/149‑1 (MQ=255) ccATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTg > 2:167746/1‑149 (MQ=255) cATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTg > 4:42075/1‑148 (MQ=255) aTGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTa < 8:287147/149‑1 (MQ=255) gATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCGAAATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTAt > 1:261673/1‑149 (MQ=255) gATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTAtt > 5:287048/1‑149 (MQ=255) tCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgctg < 8:200820/127‑1 (MQ=255) tCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgctg > 7:200820/1‑127 (MQ=255) cTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCt < 2:91134/116‑1 (MQ=255) cGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTAttt < 2:146434/144‑1 (MQ=255) ttCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTg > 4:329945/1‑148 (MQ=255) cggtcggCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGa < 3:329945/148‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTc > 2:253375/1‑119 (MQ=255) gCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAAACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTc < 1:253375/119‑1 (MQ=255) cTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCt > 3:200204/1‑148 (MQ=255) gTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCtca < 1:167746/147‑1 (MQ=255) tCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgct < 8:296974/103‑1 (MQ=255) gccgcGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtcagtcgcacggtggtgcgtgaggcgatctcgc < 6:241787‑M2/149‑84 (MQ=255) gccgcGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGc > 5:235749/1‑90 (MQ=255) gccgcGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGc < 6:235749/90‑1 (MQ=255) ccgcGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtcagtcgcacggtggtgcgtgaggcgatctcgcg < 1:272796‑M2/149‑85 (MQ=255) ccgcGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCAATGCCCTg < 2:132300/117‑1 (MQ=255) ttGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtcagtcgcacggtggtgcgtgaggcgatctcgcggttg < 1:250067‑M2/147‑89 (MQ=255) ttGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgctg < 6:362179/95‑1 (MQ=255) ttGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACctgctg > 5:362179/1‑95 (MQ=255) gCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGt < 4:200204/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGt > 1:319030/1‑149 (MQ=255) gCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTa > 2:91383/1‑149 (MQ=255) cG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGt < 5:173590/141‑1 (MQ=255) cG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATca < 3:42075/148‑1 (MQ=255) cG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTCTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGt > 6:173590/1‑141 (MQ=255) g‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtcagtcgcacggtggtgcgtgaggcgatctcgcggttgcaggccgccgggcaggta > 2:250067‑M2/1‑43 (MQ=255) aTGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATa < 2:319030/149‑1 (MQ=255) gTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACAcc > 1:117063/1‑149 (MQ=255) gTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACAcc > 1:180289/1‑149 (MQ=255) ttCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTgcgcggcgacaagctgccgaccgaatcgcagatcatggccgaagagggcgtcagtcgcacggtggtgcgtgaggcgatctcgcggttgcaggccgccgggcaggtagagactc > 2:272796‑M2/1‑36 (MQ=255) tCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACa < 7:297956/102‑1 (MQ=255) tCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACa > 8:297956/1‑102 (MQ=255) aGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCtt < 6:210060/92‑1 (MQ=255) aGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCtt > 5:210060/1‑92 (MQ=255) gCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGt < 2:117063/149‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACAt < 2:89053/127‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGt > 7:152880/1‑136 (MQ=255) aCCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGt < 8:152880/136‑1 (MQ=255) ccAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGc < 2:180289/149‑1 (MQ=255) ggCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg < 6:287048/148‑1 (MQ=255) ggCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTg < 2:261673/148‑1 (MQ=255) aGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAGTc > 2:98144/1‑149 (MQ=255) | CGCGAGATCGCCTCACGCACCACCGTGCGACTGACGCCCTCTTCGGCCATGATCTGCGATTCGGTCGGCAGCTTGTCGCCGCGCTTGAGCTGGCCGCTGCG‑AATGCGTTCGGTCAGCACCGTGACCAGTTCCTGGGCCAGACTGCGCGGCTTGCGCCGGGTCCTTGCCTGTACCTGCTGCTCTGTCATTGCCCTGTATTTCACCTTGGAAGACAGCGCTCATCATAGCGCAAGCGGTTGTACGATCACATACACCCCGTGCGGTATTTATTGCCCATCTTTGCAGTC > NC_002947/4095281‑4095567 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |