New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5958224 | 53 (1.000) | 3 (0.060) | 3/236 | NT | 6.4% | coding (1628/2856 nt) | cyaA | adenylate cyclase |
? | NC_002947 | = 5958279 | 39 (0.800) | coding (1683/2856 nt) | cyaA | adenylate cyclase |
ATCGCAACGGGGTGATCGACAGCAGCACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTGCGCGAAAACCTGGTGCT > NC_002947/5958131‑5958422 | aTCGCAACGGGGTGATCGACAGCAGCACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTGCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTg < 3:65630/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGATCGACAGCAGCACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGcagccca > 4:256824‑M2/1‑142 (MQ=255) gTGATCGACAGCAGCACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGTAGCCCAGCGt > 4:285431/1‑149 (MQ=255) aTCGACAGCAGCACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGc > 4:344264/1‑149 (MQ=255) agcagcACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGa < 3:344264/149‑1 (MQ=255) cagcaCCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAgg < 6:202011/149‑1 (MQ=255) agcaCCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGCCCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTGGCGGATGAGgt > 7:321754/1‑149 (MQ=255) cATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGc < 2:324789/149‑1 (MQ=255) cgcTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGTAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTc < 3:285431/149‑1 (MQ=255) gcTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTc > 2:176900/1‑148 (MQ=255) cTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCaa > 7:191174/1‑149 (MQ=255) tCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGtgttgt < 1:322121/134‑1 (MQ=255) tCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGtgttgt > 2:322121/1‑134 (MQ=255) gggCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTc < 8:191174/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGa < 5:127324/149‑1 (MQ=255) ggAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGtgtt < 6:117180/111‑1 (MQ=255) ttCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACcg > 6:336840/1‑149 (MQ=255) gAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGtt < 3:34630/90‑1 (MQ=255) gAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGtt > 4:34630/1‑90 (MQ=255) tGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCt > 1:92556/1‑148 (MQ=255) gTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTg > 5:336936/1‑148 (MQ=255) ttCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGaa > 6:350604/1‑149 (MQ=255) ttCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGaa > 5:330834/1‑149 (MQ=255) tgccaCCTGCGGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGGCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGaa < 8:321754/145‑1 (MQ=255) ctgctgGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCCACTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGcagcccagcaggttgaacagctcgaactccccgaggtcgctggcccctggatgcagcgccatgcgggtgctgctgtcgatca < 1:53623‑M2/149‑83 (MQ=255) ctgctgGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCt < 2:92556/149‑1 (MQ=255) tgctgGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTTTTGTTGCTGGTCAACGTCg < 4:62026/108‑1 (MQ=255) tgctgGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTATTGTTGCTGGTCAACGTCg > 3:62026/1‑108 (MQ=255) gctgGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGcagcccagcaggttgaacagctcgaactccccgaggtcgctggcccctggatgcagcgccatgcgggtgctgctgtcgatcaccc < 3:30627‑M2/149‑86 (MQ=255) ggCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGcagcccagcaggttgaacagctcgaactccccgaggtcgctggcccctggatgcagcgccatgcgggtgctgctgtcgatcaccccgtt < 1:291651‑M2/149‑90 (MQ=255) ggCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCtgatga < 6:336936/148‑1 (MQ=255) ggCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCtgat < 6:330834/146‑1 (MQ=255) ggCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGAc > 3:18649/1‑149 (MQ=255) ggCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGAc < 1:176900/149‑1 (MQ=255) tGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACca > 5:91094/1‑148 (MQ=255) cGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACagag < 6:91094/147‑1 (MQ=255) cGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACaga < 5:350604/146‑1 (MQ=255) cAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCtgat > 6:155933/1‑134 (MQ=255) cAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCtgat < 5:155933/134‑1 (MQ=255) aaGTATCCACCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCAGCTGCGCCACCACCTCGACCTGAACGTGCTGATCACCAAAGAGCGCAcc > 2:15488/1‑148 (MQ=255) ccccTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCGGATGAGGTGTTGTTGCTg < 7:129182/72‑1 (MQ=255) ccccTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCGGATGAGGTGTTGTTGCTg > 8:129182/1‑72 (MQ=255) cccTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCt < 4:110915/94‑1 (MQ=255) cccTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCt > 3:110915/1‑94 (MQ=255) ccGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAAc > 6:185811/1‑105 (MQ=255) ccGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAAc < 5:185811/105‑1 (MQ=255) tCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTgcgc < 4:18649/149‑1 (MQ=255) gcCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGACGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTGCGCGAAAACCTGGTg > 6:325226/1‑149 (MQ=255) ttttGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTGCGCGAAAACCTGGTGCt > 2:225106/1‑148 (MQ=255) gCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTGCGCGaaa < 7:315080/134‑1 (MQ=255) gCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTGCGCGaaa > 8:315080/1‑134 (MQ=255) | ATCGCAACGGGGTGATCGACAGCAGCACCCGCATGGCGCTGCATCCAGGGGCCAGCGACCTCGGGGAGTTCGAGCTGTTCAACCTGCTGGGCTGTCTGCGGCAAAGTATCCCCCTGCC‑CTTGCCGACCGTCAGCGAAGTGCGCCTTTTGCAGCCCAGCGTTGCCGATGAGGTGTTGTTGCTGGTCAACGTCGGCGTCGACCCGCTGCGCCACCACCGCGACCTGAACGTGCTGATGACCACAGAGCGCACCGACGCGTTGAGCTACGCTGGCGTGCGCGAAAACCTGGTGCT > NC_002947/5958131‑5958422 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |