New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 923914 | 44 (0.750) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.5% | coding (1279/2169 nt) | PP_0804 | protein secretion ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | = 923954 | 44 (0.790) | coding (1239/2169 nt) | PP_0804 | protein secretion ABC transporter permease/ATP‑binding protein |
GGGTGATCGACCGGCGACTGCATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCCGCGTTGTACT > NC_002947/923766‑924057 | gggTGATCGACCGGCGACTGCATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGT < 4:50372‑M1/149‑1 (MQ=255) tGATCGACCGGCGACTGCATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACAGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAg < 7:165890/149‑1 (MQ=255) aTCGACCGGCGACTGCATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGt < 8:64143/149‑1 (MQ=255) cTGCATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGa > 7:33422/1‑149 (MQ=255) tGCATCAGCTTGTCAAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGCCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACAAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGAc > 1:75039/1‑149 (MQ=255) cATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCa > 2:73398/1‑149 (MQ=255) aGCTTGTCCAGGCCTTGCATCGCGACCTTGGCCTGCTGCCATCGGGTCAGCACATGTGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGATGTCGCCGGCGATGACCATgg < 8:68461/148‑1 (MQ=255) gCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATgg > 7:317836/1‑147 (MQ=255) gCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGa < 2:311959/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGcc > 8:10949/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTcatcgtgatcggcgctcccatggtcatcgcc > 3:86429‑M1/1‑118 (MQ=255) cgcgACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAg < 2:342014/108‑1 (MQ=255) cgcgACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAg > 1:342014/1‑108 (MQ=255) cTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTcatcgtgatcggcgctcccatggtcatcgccggcgacctcaccacgggta < 6:32502‑M1/149‑51 (MQ=255) cTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCa > 2:104561/1‑148 (MQ=255) gCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTcatcgtgatcggcgctcccatggtcatcgccggcgacctcaccacgggtagcc < 4:86429‑M1/148‑54 (MQ=255) ccTTCTGCCAGCGGGTCAGCAGATGGGTCAGTTGGGCGAACGTCGCCATCATTCGCGATTAAATAATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGTCAAACACg < 2:75039/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACg > 5:232044/1‑149 (MQ=255) tgctgcCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACgg > 6:366161/1‑148 (MQ=255) cGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCAc < 7:10949/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAg < 4:73793/107‑1 (MQ=255) ggTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAg > 3:73793/1‑107 (MQ=255) cAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCt < 8:33422/149‑1 (MQ=255) acaTGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACAATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGt > 2:269304/1‑149 (MQ=255) gggTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAg > 7:268639/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAg < 1:73398/148‑1 (MQ=255) ggTCAGGTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAg < 3:231873/148‑1 (MQ=255) gggCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCAGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAg < 3:257773/148‑1 (MQ=255) cAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGt < 8:183768/149‑1 (MQ=255) aCGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTg < 8:268639/149‑1 (MQ=255) ggCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACAATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGt < 1:269304/149‑1 (MQ=255) gcgcCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGt > 2:219280/1‑148 (MQ=255) gcCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAg > 6:320204/1‑149 (MQ=255) ccATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAgg > 7:122754/1‑149 (MQ=255) atcatTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGt < 5:366161/149‑1 (MQ=255) atcatTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGt < 8:317836/149‑1 (MQ=255) gcgATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTgcgcagg > 1:219731/1‑149 (MQ=255) tGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTgcgcaggcgca < 2:219731/149‑1 (MQ=255) aaGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACCCGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGAGCAGGAGCAGGt > 7:344338/1‑149 (MQ=255) aaGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGCTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACCTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGt > 1:171667/1‑149 (MQ=255) gCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCTGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCATGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTg < 8:122754/149‑1 (MQ=255) cATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTgg > 4:322614/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGTACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTgcg > 8:289534/1‑149 (MQ=255) accaGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGc < 4:95622/90‑1 (MQ=255) accaGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGc > 3:95622/1‑90 (MQ=255) accaGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGc > 3:288586/1‑149 (MQ=255) ggCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGaccacgggtagcctggtggcggcatccatgctttcatcgcgaatgatggcgccgttggcccaactgacccatgtgctgacccgctggcagcaggc < 4:86429‑M2/148‑96 (MQ=255) ggCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCcgcg > 6:340812/1‑149 (MQ=255) gCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCGGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCCGCGt < 5:320204/149‑1 (MQ=255) cTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCCGCGtt < 5:340812/149‑1 (MQ=255) cTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTAGGTGTGCGCGCAGGCCGCGtt > 1:82722/1‑149 (MQ=255) tACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGaccacgggtagcctggtggcggcatccatgctttcatcgcgaatgatggcgccgttggcccaactgacccatgtgctgacccgctggcagcaggccaag < 6:32502‑M2/149‑100 (MQ=255) ccGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCCGCGTTGTAc > 4:328412/1‑149 (MQ=255) cGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCCGCGTTGTACt < 6:232044/149‑1 (MQ=255) | GGGTGATCGACCGGCGACTGCATCAGCTTGTCCAGGCCTTGCAGCGCGACCTTGGCCTGCTGCCAGCGGGTCAGCACATGGGTCAGTTGGGCCAACGGCGCCATCATTCGCGATGAAAGCATGGATGCCGCCACCAGGCTACCCGTGGTGAGGTCGCCGGCGATGACCATGGGAGCGCCGATCACGATGACCACGGCAAACACGGCACCCTGCACGTTCTGCGTCCAGGTCACCAGGCCGTTGGTGAGGGTGCGCAGGCGCAGGTTGGTGTGCGCGCAGGCCGCGTTGTACT > NC_002947/923766‑924057 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |