New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1799056 = | 51 (0.870) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 6.9% | coding (979/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
? | NC_002947 | 1799094 = | 59 (1.060) | coding (1017/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
TACAAGCGGCCGATGGTAGTGGCGTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCT > NC_002947/1798912‑1799203 | tACAAGCGGCCGATGGTAGTGGCGTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAg < 6:148984/149‑1 (MQ=255) cGATGGTAGTGGCGTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTg < 5:71989/149‑1 (MQ=255) aTGGTAGTGGCGTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGc > 8:198501/1‑149 (MQ=255) gCGTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCt < 6:134193/149‑1 (MQ=255) gTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTgg > 5:327227/1‑149 (MQ=255) cGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCACCACCCTGGcgcc > 2:136599/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACAAGc > 8:134072/1‑122 (MQ=255) cTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCt < 4:82350/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTg > 3:363531/1‑149 (MQ=255) gcgcCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGt > 4:322295/1‑149 (MQ=255) ggtccttgagcagggccagtaccgcctcggccgcctgattggaggcgtcacggcgcagggtgcggtgaatttcgtcgaaacgttcggtctgctggcttccatcgcgcACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTgcgc > 3:290444‑M1/108‑149 (MQ=255) gtccttgagcagggccagtaccgcctcggccgcctgattggaggcgtcacggcgcagggtgcggtgaatttcgtcgaaacgttcggtctgctggcttccatcgcgcACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGcgcg > 2:365950‑M1/107‑149 (MQ=255) gACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGAt < 7:198501/148‑1 (MQ=255) cTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 8:204850/149‑1 (MQ=255) cTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 6:327227/149‑1 (MQ=255) ttCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATgg > 6:41496/1‑146 (MQ=255) ttCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATgg > 6:36035/1‑146 (MQ=255) ttCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAg > 4:73871/1‑149 (MQ=255) cTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 5:41496/146‑1 (MQ=255) cTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 5:36035/146‑1 (MQ=255) cTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGc < 3:73871/148‑1 (MQ=255) cTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGc < 5:85349/148‑1 (MQ=255) ggATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCcag > 3:163697/1‑149 (MQ=255) gccagtaccgcctcggccgcctgattggaggcgtcacggcgcagggtgcggtgaatttcgtcgaaacgttcggtctgctggcttccatcgcgcACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGt < 5:58252‑M1/38‑1 (MQ=255) gccagtaccgcctcggccgcctgattggaggcgtcacggcgcagggtgcggtgaatttcgtcgaaacgttcggtctgctggcttccatcgcgcACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGt > 6:58252‑M1/94‑131 (MQ=255) aaGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGAc < 6:63512/146‑1 (MQ=255) aGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCAGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGAGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGaa < 5:139679/149‑1 (MQ=255) tCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGtt > 6:307934/1‑149 (MQ=255) cTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATg < 2:354153/127‑1 (MQ=255) cTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGACCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATg > 1:354153/1‑127 (MQ=255) tGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTc > 4:318844/1‑149 (MQ=255) gtgtCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCa > 6:213346/1‑143 (MQ=255) gtgtCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCa < 5:213346/143‑1 (MQ=255) aTTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGAAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTgc > 1:182637/1‑149 (MQ=255) ccGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGcc < 3:322295/148‑1 (MQ=255) ctgctgGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGc > 5:195592/1‑149 (MQ=255) tgctgGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGcc > 7:320496/1‑149 (MQ=255) tgctgGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGcc > 4:328512/1‑149 (MQ=255) ggCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTcc > 5:176572/1‑148 (MQ=255) ccAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCCCCCTGCGCCGTGCCGCCTCCAATc > 8:163090/1‑149 (MQ=255) ccAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAAt > 1:99067/1‑148 (MQ=255) cTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGa < 6:176572/149‑1 (MQ=255) ggTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGAc > 6:223805/1‑127 (MQ=255) ggTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGAc < 5:223805/127‑1 (MQ=255) gTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAgg < 2:100240/148‑1 (MQ=255) gTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAg < 5:307934/147‑1 (MQ=255) gTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGc < 6:195592/149‑1 (MQ=255) tGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCg > 3:140119/1‑149 (MQ=255) ccGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTgcgc < 8:267648/116‑1 (MQ=255) ccGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTgcgc > 7:267648/1‑116 (MQ=255) cGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTAc > 5:253522/1‑149 (MQ=255) ctgcAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTAGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCt > 2:158561/1‑149 (MQ=255) tgcAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGCCCGAGGCGGTACTGGCCCt > 3:221740/1‑148 (MQ=255) cAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCt > 6:375926/1‑149 (MQ=255) gacgacGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTc > 8:295496/1‑147 (MQ=255) acgacgCTACCAGTGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAg < 1:1106/149‑1 (MQ=255) cgCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGAcc > 8:237997/1‑149 (MQ=255) tACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCt > 3:272120/1‑149 (MQ=255) | TACAAGCGGCCGATGGTAGTGGCGTACCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCAGGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCT > NC_002947/1798912‑1799203 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |