New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3973637 = | 48 (0.820) | 4 (0.070) | 4/246 | NT | 8.1% | coding (836/1326 nt) | PP_3503 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3973689 = | 46 (0.830) | coding (784/1326 nt) | PP_3503 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
GTAGAAATGGGCAAAATGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACAATGTGCCG > NC_002947/3973492‑3973780 | gTAGAAATGGGCAAAATGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATggg > 1:155327/1‑149 (MQ=255) cgcctttaccggtgctcaccagcgcaagaccgggcgtatcgaagcggccgatggcggcacattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggtgg < 2:170342‑M1/3‑1 (MQ=255) tAGAAATGGGCAAAATGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGGTCAAGGTCCACATgg < 2:177202/147‑1 (MQ=255) cctttaccggtgctcaccagcgcaagaccgggcgtatcgaagcggccgatggcggcacattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggtgggt > 1:367862‑M1/145‑149 (MQ=255) aaTGGGCAAAATGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGCAGCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGgc > 1:100927/1‑149 (MQ=255) taccggtgctcaccagcgcaaggccgggcgtatcgaagcggccgatggcggcacattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggtgggtgg > 7:173720‑M1/141‑147 (MQ=255) cAAAATGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGc < 1:356103/149‑1 (MQ=255) aaaaTGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCa > 6:302323/1‑149 (MQ=255) ttGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTAc < 5:302323/149‑1 (MQ=255) aTCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCgg > 8:266512/1‑149 (MQ=255) aTCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCgg > 5:93913/1‑149 (MQ=255) aCAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATg > 2:362356/1‑149 (MQ=255) cAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACGCGTACATCCACCGGTATgg < 2:155327/149‑1 (MQ=255) cAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATgg < 8:144370/149‑1 (MQ=255) ggTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGggc < 6:93913/149‑1 (MQ=255) cATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGgctggctg > 6:241981/1‑149 (MQ=255) cATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGgctggctg > 4:363261/1‑149 (MQ=255) cggccgatggcggcacattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggTGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGcc > 2:180948‑M1/103‑149 (MQ=255) ccGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGcca < 8:206170/148‑1 (MQ=255) ggcggcacattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggTGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGccac > 1:153810‑M1/95‑143 (MQ=255) ggcggcacattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggTGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGccac < 2:153810‑M1/49‑1 (MQ=255) gc‑gcGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGAtg > 6:24775/1‑149 (MQ=255) cattgtttcttgatgaaatcggcgacctgccgttggaattgcaggccaacttgctgcgtttcttgcaggagaagcacatcgagcgggTGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGAt > 5:207142‑M1/88‑149 (MQ=255) cgGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGc < 5:241981/149‑1 (MQ=255) ggTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGcca > 3:361284/1‑130 (MQ=255) ggTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGcca < 4:361284/130‑1 (MQ=255) accaccTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCCCCCGCTCGATGTGCTtctc > 6:45196/1‑149 (MQ=255) caccTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCt < 3:214556/149‑1 (MQ=255) ccTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCAACCCGATCGATGTGCTTCCCCTg > 6:256926/1‑148 (MQ=255) gCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGc > 8:143698/1‑146 (MQ=255) gACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAAc > 5:10588/1‑149 (MQ=255) ttCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACgcag > 1:342048/1‑149 (MQ=255) gCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGt > 5:375236/1‑149 (MQ=255) gCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGt > 3:265125/1‑149 (MQ=255) gCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGt > 6:279540/1‑149 (MQ=255) cGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGtt < 5:40902/149‑1 (MQ=255) ggTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGACCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTg < 5:76192/149‑1 (MQ=255) gTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAAtt < 5:279540/149‑1 (MQ=255) gcgGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAAc < 2:100927/148‑1 (MQ=255) cgGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACgg < 3:363261/149‑1 (MQ=255) gAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCa < 6:375236/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCg > 8:231162/1‑149 (MQ=255) gCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCACCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCg < 8:17550/149‑1 (MQ=255) ttGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACgcagc > 7:169539/1‑115 (MQ=255) ttGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACgcagc < 8:169539/115‑1 (MQ=255) ttGCTCGATGG‑CCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCTCCGAt > 3:209943/1‑149 (MQ=255) tGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCAc > 2:74904/1‑56 (MQ=255) tGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCAc < 1:74904/56‑1 (MQ=255) gATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTtcat < 5:24775/149‑1 (MQ=255) cccGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAg > 7:189974/1‑148 (MQ=255) cccGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGATGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAg > 4:13374/1‑148 (MQ=255) aaGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACaa < 7:143698/147‑1 (MQ=255) aaGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACCAtg > 8:124648/1‑149 (MQ=255) ggTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCACGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACAAtgtg > 1:295830/1‑149 (MQ=255) gTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGAtt < 5:134548/130‑1 (MQ=255) gTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGAtt > 6:134548/1‑130 (MQ=255) tCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACAATGTgcc > 8:137305/1‑149 (MQ=255) ccACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACAATGTgccg > 2:113377/1‑149 (MQ=255) | GTAGAAATGGGCAAAATGGTTGGCCAGCATCGACAGGTCACCATGCCGGTCGCGCAACGGC‑GCGGTCACCACCTGCAAGACGTTCAGGCGGTAATACAGGTCTTCGCGGAAACGCCCTTGCTCGATGGCCCGCTCAAGGTCCACATGGGTGGCCGCCAGCACCCGTACATCCACCGGTATGGGCTGGCTGCCACCCACCCGCTCGATGTGCTTCTCCTGCAAGAAACGCAGCAAGTTGGCCTGCAATTCCAACGGCAGGTCGCCGATTTCATCAAGAAACAATGTGCCG > NC_002947/3973492‑3973780 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |