New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4146460 | 41 (0.700) | 3 (0.050) | 3/246 | NT | 6.9% | coding (543/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | = 4146507 | 43 (0.780) | coding (590/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
ATTCTGGGCATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCC > NC_002947/4146329‑4146608 | aTTCTGGGCATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTg > 6:12455/1‑144 (MQ=255) aTTCTGGGCATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTg < 5:12455/144‑1 (MQ=255) cTGGGCATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCTTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGc < 8:137534/148‑1 (MQ=255) tGGGCATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCAc > 1:43249/1‑149 (MQ=255) cATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTgg < 3:70976/137‑1 (MQ=255) cATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTgg > 4:70976/1‑137 (MQ=255) tGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGc > 3:271305/1‑149 (MQ=255) gACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTc > 7:221454/1‑149 (MQ=255) cacGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCa < 5:47177/149‑1 (MQ=255) tCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTgc > 3:166493/1‑149 (MQ=255) aCCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGa > 2:127645/1‑125 (MQ=255) aCCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTAGGCCTGTCCAGCTgcgc > 2:193554/1‑149 (MQ=255) cGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgc > 2:57755‑M1/1‑106 (MQ=255) gAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTa > 7:140319/1‑149 (MQ=255) accaccGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGc < 7:217153/149‑1 (MQ=255) ccaccGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCg > 1:273201‑M2/1‑148 (MQ=255) caccGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCgg < 1:212714‑M2/149‑3 (MQ=255) cGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACACTCGGGAGAGACTTGACCGAGGCGACCGACACGGACCAGATCATGGCCATCAACACCCGCATGCAGGACGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtga < 8:346045‑M2/149‑6 (MQ=255) cAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatgg < 5:152‑M1/149‑56 (MQ=255) cGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatggcca < 1:57755‑M1/149‑59 (MQ=255) accaaccaGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCcgac > 3:276399/1‑147 (MQ=255) gcgcCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGGCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTTGCCTGTCCAGCTGCGCCTTTGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGtt < 7:346045/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGtt < 4:276399/149‑1 (MQ=255) cgcCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGttt < 4:166493/149‑1 (MQ=255) ccTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCa > 8:47738/1‑149 (MQ=255) ccTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCa < 2:212714/149‑1 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGc > 2:336882/1‑111 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGc < 1:336882/111‑1 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTg < 4:271305/147‑1 (MQ=255) gATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTgcgg < 8:140319/146‑1 (MQ=255) tACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCCGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc < 7:250618/135‑1 (MQ=255) tACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCCGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc > 8:250618/1‑135 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg < 2:43249/149‑1 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg > 7:30707/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGACCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg > 1:89277/1‑149 (MQ=255) cTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGt > 7:185482/1‑149 (MQ=255) gCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCgg < 7:47738/149‑1 (MQ=255) gCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTGTGCGCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCgg > 6:200113/1‑149 (MQ=255) aCCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcac > 6:181121/1‑148 (MQ=255) ccGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcacca > 4:327296/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcaccac > 4:56879/1‑149 (MQ=255) cgaccCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCtggtgg > 7:213120/1‑149 (MQ=255) gaccCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTggg < 1:193554/149‑1 (MQ=255) ggACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACt < 8:185482/149‑1 (MQ=255) ccAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa > 6:358414/1‑112 (MQ=255) ccAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa < 5:358414/112‑1 (MQ=255) cAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCa > 5:307910/1‑149 (MQ=255) tGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacg < 1:57755‑M2/149‑92 (MQ=255) ccATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacgctg < 5:152‑M2/149‑95 (MQ=255) tCACCgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgtcctgcatgcgggtgttgatggccatgatctggtccgtgtcggtcgcctcggtcaagtctctcccgagtgtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacgctggcg < 8:346045‑M1/149‑145 (MQ=255) tCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTc < 3:56879/149‑1 (MQ=255) caccacCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa < 2:250651/97‑1 (MQ=255) caccacCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa > 1:250651/1‑97 (MQ=255) ccgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacgctggcggtg < 1:212714‑M1/149‑148 (MQ=255) cgcataggcgcagctggacaggccaaggtgctcgaccagcatgcgggtggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacgctggcggtgg > 1:273201‑M1/1‑1 (MQ=255) | ATTCTGGGCATGCTCGACACGGTCACCGAAACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCC > NC_002947/4146329‑4146608 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |