New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4146460 | 41 (0.700) | 3 (0.050) | 3/246 | NT | 6.9% | coding (543/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | = 4146507 | 43 (0.780) | coding (590/2184 nt) | PP_3651 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
ACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGATCAAT > NC_002947/4146359‑4146655 | accaccGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGc < 7:217153/149‑1 (MQ=255) ccaccGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCg > 1:273201‑M2/1‑148 (MQ=255) caccGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCgg < 1:212714‑M2/149‑3 (MQ=255) cGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACACTCGGGAGAGACTTGACCGAGGCGACCGACACGGACCAGATCATGGCCATCAACACCCGCATGCAGGACGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtga < 8:346045‑M2/149‑6 (MQ=255) accaaccaGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCcgac > 3:276399/1‑147 (MQ=255) gcgcCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGGCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTTGCCTGTCCAGCTGCGCCTTTGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGtt < 7:346045/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGtt < 4:276399/149‑1 (MQ=255) cgcCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGttt < 4:166493/149‑1 (MQ=255) ccTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCa > 8:47738/1‑149 (MQ=255) ccTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCa < 2:212714/149‑1 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGc > 2:336882/1‑111 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGc < 1:336882/111‑1 (MQ=255) tctcGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTg < 4:271305/147‑1 (MQ=255) gATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTgcgg < 8:140319/146‑1 (MQ=255) tACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCCGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc < 7:250618/135‑1 (MQ=255) tACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCCGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCAc > 8:250618/1‑135 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg < 2:43249/149‑1 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg > 7:30707/1‑149 (MQ=255) ccTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGACCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAg > 1:89277/1‑149 (MQ=255) cTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGt > 7:185482/1‑149 (MQ=255) gCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCgg < 7:47738/149‑1 (MQ=255) gCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTGTGCGCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCgg > 6:200113/1‑149 (MQ=255) aCCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcac > 6:181121/1‑148 (MQ=255) ccGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcacca > 4:327296/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTcaccac > 4:56879/1‑149 (MQ=255) cgaccCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCtggtgg > 7:213120/1‑149 (MQ=255) gaccCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTggg < 1:193554/149‑1 (MQ=255) ggACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACt < 8:185482/149‑1 (MQ=255) ccAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa < 5:358414/112‑1 (MQ=255) ccAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa > 6:358414/1‑112 (MQ=255) cAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCa > 5:307910/1‑149 (MQ=255) tGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacg < 1:57755‑M2/149‑92 (MQ=255) ccATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacgctg < 5:152‑M2/149‑95 (MQ=255) tCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTc < 3:56879/149‑1 (MQ=255) caccacCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa > 1:250651/1‑97 (MQ=255) caccacCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCa < 2:250651/97‑1 (MQ=255) cccGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGgccgc < 8:213120/149‑1 (MQ=255) gCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCggtgatggccatgatctggtccgggtcggtcgcctcggtcacggctcgcccgagggtatcgagaaagttcaggcgctggttggtgaccacgctggcggtggtttcg > 2:57755‑M2/1‑43 (MQ=255) aTGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGc > 3:152713/1‑149 (MQ=255) gAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAgccg > 7:148557/1‑149 (MQ=255) gCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAgccgcc < 8:30707/149‑1 (MQ=255) gCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAgccgcc > 3:146440/1‑149 (MQ=255) cTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCgg > 8:266031/1‑149 (MQ=255) cTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCgg > 4:8284/1‑149 (MQ=255) tGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCt > 2:300813/1‑128 (MQ=255) tGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCCACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCt < 1:300813/128‑1 (MQ=255) gTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGcc > 1:188000/1‑149 (MQ=255) tCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGc > 6:319296/1‑106 (MQ=255) tCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGc < 5:319296/106‑1 (MQ=255) cAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTg < 3:327296/148‑1 (MQ=255) gCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGcc > 3:313306/1‑149 (MQ=255) cgcCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTg < 8:221454/148‑1 (MQ=255) tATGCGGAGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGa > 3:87349/1‑148 (MQ=255) cGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGATCAAt < 4:313306/149‑1 (MQ=255) | ACCACCGCCAGCGTGGTCACCAACCAGCGCCTGAACTTTCTCGATACCCTCGGGCGAGCCGTGACCGAGGCGACCGACCCGGACCAGATCATGGCCATCACCACCCGCATGCTGGTCGAGCACCTTGGCCTGTCCAGCTGCGCCTATGCGGTGATGGACCCCGACGAGGACGGTTTCACCATTTGCGGCGATGCAGTGACCCCCGGTTCACCACGCCTGGTGGGCCACTATCACCTGCATGACTTCGGCCGCCTGGCTGTCAGCCGCCTGCGCAGCGGCCTGGCCCTGGTGATCAAT > NC_002947/4146359‑4146655 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |