New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2535887 | 56 (0.950) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.5% | coding (237/345 nt) | mrpC | K(+)/H(+) antiporter subunit C |
? | NC_002947 | = 2535942 | 33 (0.590) | coding (182/345 nt) | mrpC | K(+)/H(+) antiporter subunit C |
CCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCCACACCCCG > NC_002947/2535798‑2536079 | ccATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAAcgcc > 5:20553‑M2/1‑145 (MQ=255) aTCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAAcgccat > 5:281612‑M2/1‑143 (MQ=255) gTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACGAGGAACAGCGCGGTCAGGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGGCGGTGTAATGCAGCAGGGCCGGGGTAACGCCATCCTtga > 2:144443/1‑149 (MQ=255) cGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATcc > 6:51503/1‑134 (MQ=255) cGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATcc < 5:51503/134‑1 (MQ=255) gTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTcc > 4:73099/1‑147 (MQ=255) gTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTcc < 3:73099/147‑1 (MQ=255) ggCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGcc > 4:350276/1‑148 (MQ=255) aGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAgg < 1:177369/149‑1 (MQ=255) agcagcACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGTAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGcc > 6:154146/1‑149 (MQ=255) caccacCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTtgat < 1:36414/114‑1 (MQ=255) caccacCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTtgat > 2:36414/1‑114 (MQ=255) caccacCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGc > 2:2732/1‑149 (MQ=255) accaGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCTGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGaa < 1:287044/149‑1 (MQ=255) accaGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGaa < 3:350276/149‑1 (MQ=255) gAACAGCGCGTTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGa < 7:13369/149‑1 (MQ=255) aGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAg < 1:2732/149‑1 (MQ=255) cgcgGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGt < 2:157801/149‑1 (MQ=255) aTGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGAcccc > 4:190120/1‑149 (MQ=255) aTGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGAcccc > 8:275803/1‑149 (MQ=255) gCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGt < 8:83952/139‑1 (MQ=255) gCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGt > 7:83952/1‑139 (MQ=255) tgatgaCGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGaaa > 4:139888/1‑147 (MQ=255) tgatgaCGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGaaa < 3:139888/147‑1 (MQ=255) atgaCGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGTCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTACTGGGTAAcgccatcgtcatcagtttcgccatgaccgcgctgttcctggtggtgctgctggcctcgcgcggcctgaccggtaccgaccac < 1:219864‑M2/149‑83 (MQ=255) aCGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATg < 4:171112/111‑1 (MQ=255) aCGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATg > 3:171112/1‑111 (MQ=255) cGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAAcgccatcgtcatcagtttcgccatgaccgcgctgttcctggtggtgctgctggcctcgcgcggcctgaccggtaccgaccacgtg < 6:163469‑M2/148‑86 (MQ=255) gATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAAcgccatcgtcatcagtttcgccatgaccgcgctgttcctggtggtgctgctggcctcgcgcggcctgaccggtaccgaccacgtgga < 7:73943‑M2/149‑88 (MQ=255) gATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGAcaca < 1:144443/149‑1 (MQ=255) aGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGa < 8:50323/148‑1 (MQ=255) gCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGa > 5:63079/1‑105 (MQ=255) gCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGa < 6:63079/105‑1 (MQ=255) aCCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCTGGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGCAAGCATACGCAGGCCCATGATCAc > 8:304893/1‑149 (MQ=255) ccAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCAcc > 3:324335/1‑149 (MQ=255) tGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTggt > 2:366820/1‑149 (MQ=255) ccTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTggta < 7:275803/148‑1 (MQ=255) ggTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCAGCTGGTAGGTACGCGGGCGCAgg < 5:130837/148‑1 (MQ=255) tAATGCAGCATGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATg < 6:198508/117‑1 (MQ=255) tAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTCATGATTCGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATg > 5:198508/1‑117 (MQ=255) gTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCCACACCCCg > 1:15305/1‑148 (MQ=255) | CCATCCACGTGGTCGGTACCGGTCAGGCCGCGCGAGGCCAGCAGCACCACCAGGAACAGCGCGGTCATGGCGAAACTGATGACGATGGCGGTGAGCACCAGTGCCTGTGGCAGCGGGTCGGTGTAATGCAGCAGGTCCTGGGTAACGCCATCCTTGATGATTGGCTCCTTGCCGATGAACAGGCTGCCCATGCTGAAGATGAACAGGTTGACCCCGTACGAAAGCAGACACAGGCCCATGATCACCTGGTAGGTACGCGGGCGCAGGATCAGCCACACCCCG > NC_002947/2535798‑2536079 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |