| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 3398574 | 39 (0.660) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.4% | coding (232/438 nt) | aroQ‑III | type II 3‑dehydroquinate dehydratase |
| ? | NC_002947 | = 3398596 | 51 (0.910) | coding (254/438 nt) | aroQ‑III | type II 3‑dehydroquinate dehydratase | |||||
CCTGGGCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTCGAAACCTA > NC_002947/3398456‑3398743 | ccTGGGCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTc > 6:128066/1‑149 (MQ=255) ggCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGa > 2:125678/1‑149 (MQ=255) gCTGGGGGCACAGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCCGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTgg < 4:259659/149‑1 (MQ=255) acaGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGAt > 4:299045/1‑133 (MQ=255) acaGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGAt < 3:299045/133‑1 (MQ=255) gTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATAGAAGt > 4:264514/1‑149 (MQ=255) gagaGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCTATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGc < 1:160089/148‑1 (MQ=255) gagaGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGAt < 7:93339/126‑1 (MQ=255) gagaGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGcc > 2:262549/1‑149 (MQ=255) gagaGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGACGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGAt > 8:93339/1‑126 (MQ=255) gagaGCATCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGCTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGcc > 3:258400/1‑149 (MQ=255) cAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGc < 1:125678/149‑1 (MQ=255) aCTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGT‑GTTGAAGTGcaca > 8:4878/1‑149 (MQ=255) cTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGcaca > 7:146727/1‑149 (MQ=255) ttCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCAGTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACAt > 8:320745/1‑149 (MQ=255) gcCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACAt > 3:132068/1‑149 (MQ=255) cATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACAtt > 5:47768/1‑148 (MQ=255) gtgCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATg > 1:74001/1‑149 (MQ=255) cgcATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGa < 4:135590/149‑1 (MQ=255) ggCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGcc < 3:264514/149‑1 (MQ=255) cTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATc < 7:183549/149‑1 (MQ=255) cTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCAGTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGCAGGGCCGGTGGTTGAAGGGCACCTGTCCAACATTCCTGCCAGGGCGCCATTCCGCCATc > 6:80128/1‑149 (MQ=255) aTGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCAc > 2:244808/1‑149 (MQ=255) gACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCgg > 3:142309/1‑148 (MQ=255) gTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGc > 5:138873/1‑149 (MQ=255) gATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGcc > 3:123077/1‑147 (MQ=255) gATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGa < 6:138873/149‑1 (MQ=255) ccGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGTCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtg > 3:209112/1‑149 (MQ=255) ccGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtg < 8:146727/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtgg > 3:3724/1‑149 (MQ=255) cGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtgg > 3:164590/1‑149 (MQ=255) gTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtggt < 2:74001/149‑1 (MQ=255) gATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTAcggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgccc < 3:353920‑M2/149‑117 (MQ=255) aTCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTAcggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcc > 8:246518‑M2/1‑32 (MQ=255) aTCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTAcggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcc < 7:246518‑M2/133‑102 (MQ=255) aTCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCgg > 5:170165/1‑149 (MQ=255) tCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCggg < 4:3724/149‑1 (MQ=255) cAATGCGGGTGCCTGGAGCATTTAGAGCTA‑GTGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCAGATTTCCAAAATTCATGCCAGGGTGGCATTCCGCCATCAGTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCggg < 4:258400/148‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGATGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCa < 4:132068/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGc < 5:128066/148‑1 (MQ=255) aTGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTAGCGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCggg > 1:22403/1‑147 (MQ=255) aTGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCggg > 5:364562/1‑146 (MQ=255) tGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCggg > 6:309050/1‑145 (MQ=255) gCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGa > 6:235245/1‑148 (MQ=255) cGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCt < 7:320745/149‑1 (MQ=255) gTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGc < 6:364562/149‑1 (MQ=255) gCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCgg < 1:244808/149‑1 (MQ=255) tGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGtt > 7:170754/1‑149 (MQ=255) gACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTg < 3:159110/149‑1 (MQ=255) ccATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtggt < 1:13078/123‑1 (MQ=255) ccATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAggtggt > 2:13078/1‑123 (MQ=255) aTTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTc > 6:253870/1‑149 (MQ=255) ttccAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTTGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCAt < 1:268270/94‑1 (MQ=255) ttACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCAAACATTCAAGCAAGGGAGCCAATACGccct > 2:268270/1‑95 (MQ=255) cAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTCGaaa < 5:309289/149‑1 (MQ=255) cAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTAATTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTCGaaa < 1:262549/149‑1 (MQ=255) aGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTCGAAac > 2:337868/1‑149 (MQ=255) tA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTCGAAaccta > 5:284845/1‑149 (MQ=255) | CCTGGGCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCGAGAGCTTCCAGAGCAACTTCGAGGGCGCCATGTGCGAGCGCATCCATCAGGCCTATGAGGACCGGGTGGATGCCGTGCTGATCAATGCCGGTGCCTGGACCCATTACAGCTA‑CGGCATTCGTGATGCGTTGGCCATTATCGAAGTGCCGGTGGTTGAAGTGCACATGTCCAACATTCATGCCAGGGAGCCATTCCGCCATCACTCGGTATTTGCCGAGGTGGTGCGCGGGCAGATCTGCGGGTTTGGTGTCGAAACCTA > NC_002947/3398456‑3398743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |