New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4066773 | 46 (0.780) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.3% | coding (2291/3108 nt) | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
? | NC_002947 | = 4066800 | 46 (0.830) | coding (2264/3108 nt) | mdtC | multidrug transporter membrane protein |
GCGAACTGGCCTTCGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCAC > NC_002947/4066653‑4066942 | gCGAACTGGCCTTCGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGCCAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTc < 1:295670‑M2/149‑2 (MQ=255) gCGAACTGGCCTTCGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTc > 1:234228‑M2/1‑148 (MQ=255) aaCTCGCCTGCGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGGTCTCGTAGGGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTcgag > 4:282848‑M2/1‑145 (MQ=255) ccTTCGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGcaccac > 5:68597/1‑149 (MQ=255) cGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTg < 7:291552/148‑1 (MQ=255) cGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTg > 8:291552/1‑148 (MQ=255) cTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTTCTg < 2:295670/149‑1 (MQ=255) aCCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGt < 8:88431/148‑1 (MQ=255) ccGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGtt > 7:344020/1‑147 (MQ=255) ccGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGa < 8:26792/149‑1 (MQ=255) ggTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAgg < 4:269116/149‑1 (MQ=255) ccAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCa > 4:346837/1‑146 (MQ=255) ccAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAg < 3:346837/149‑1 (MQ=255) gCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGAtgg > 2:46601/1‑149 (MQ=255) cTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGAtggt < 5:102207/149‑1 (MQ=255) gTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGAtggtg > 2:302871/1‑148 (MQ=255) ttCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGAtggtg > 3:297897/1‑147 (MQ=255) tcGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGt > 8:26464/1‑133 (MQ=255) tcGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGt > 8:32049/1‑133 (MQ=255) tcGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGt < 7:26464/133‑1 (MQ=255) tcGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGt < 7:32049/133‑1 (MQ=255) gCGATGGTCAACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCgctg < 3:170238/149‑1 (MQ=255) gACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGc > 5:266775/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCgctgg > 1:172464/1‑140 (MQ=255) aCAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCgctgg < 2:172464/140‑1 (MQ=255) aCAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCg > 4:120752/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGAACACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGAt > 6:62892/1‑121 (MQ=255) aCAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGAACACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGAt < 5:62892/121‑1 (MQ=255) gCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCgttg < 1:46601/149‑1 (MQ=255) gCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCgttgtt > 7:11192/1‑148 (MQ=255) gTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGAccatgtc < 1:117668/149‑1 (MQ=255) gATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCGGTAGGCGGTGTTCAGTACTGCGGTGAccttgtccc > 4:35201/1‑148 (MQ=255) aCCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGAccatgtccatgt < 6:68597/148‑1 (MQ=255) gCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCTGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATg > 2:153606/1‑149 (MQ=255) cACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGAt < 8:239561/147‑1 (MQ=255) cACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGAt > 7:235355/1‑147 (MQ=255) cACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGAt > 7:239561/1‑147 (MQ=255) cACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGAt < 8:235355/147‑1 (MQ=255) cACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGAt < 8:11192/147‑1 (MQ=255) cACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGAt < 2:201234/147‑1 (MQ=255) tCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTcgagcacgctggagcaagtgcaggtgatcaccgccgacggcgcccgggtgccgctgtcgaccatcgcccactacgagaacagcctgg > 8:273322‑M2/1‑40 (MQ=255) cAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTcgagcacgctggagcaagtgcaggtgatcaccgccgacggcgcccgggtgccgctgtcgaccatcgcccac > 6:196405‑M2/1‑38 (MQ=255) cAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTcgagcacgctggagcaagtgcaggtgatcaccgccgacggcgcccgggtgccgctgtcgaccatcgcccac < 5:196405‑M2/109‑72 (MQ=255) tCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCa < 2:273063/102‑1 (MQ=255) tCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCa > 1:273063/1‑102 (MQ=255) tCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGATGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTgg > 2:170684/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCCGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACgg < 1:153606/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAg > 3:179695/1‑129 (MQ=255) cAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTc > 3:107484/1‑149 (MQ=255) cAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGATGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTc < 1:170684/149‑1 (MQ=255) cGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGacc < 3:120752/149‑1 (MQ=255) tttCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGaccac > 5:172374/1‑147 (MQ=255) ttGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCAc > 8:64642/1‑149 (MQ=255) | GCGAACTGGCCTTCGTGGCTGACCCGGTCGTTGGCCAGGCTGTTCTCGTAGTGGGCGATGGTCGACAGCGGCACCCGGGCGCCGTCGGCGGTGATCACCTGCACTTGCTCCAGCGTGCTCGGGTCCCAGGCGTATTTCGGGTTGATCTCGAGCACCACCTGGTACTGGTTGAGGCTGTCATAGATGGTGGAGATCTGCCGCTGGCTGTAGGCGTTGTTCAGTACTGCGGTGACCATGTCCATGTCGATGCCCAGGCGCTTGGCCTGGTCACGGTCGACCACCAGCGTCAC > NC_002947/4066653‑4066942 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |