New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 86765 | 46 (0.780) | 6 (0.120) | 6/224 | NT | 13.2% | intergenic (‑48/+97) | PP_0075/PP_0076 | choline sulfate transporter/choline betaine‑binding protein |
? | NC_002947 | = 86824 | 39 (0.750) | intergenic (‑107/+38) | PP_0075/PP_0076 | choline sulfate transporter/choline betaine‑binding protein |
CAGGTGAGGAAGGGCAGCAGTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCTTGGC > NC_002947/86680‑86969 | cAGGTGAGGAAGGGCAGCAGTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgccc < 2:122993‑M2/149‑5 (MQ=255) cgcacgggctgcaTGAAAGCGAGGCGATGCCTGGGTTACACACAATCCTTCATGGGGCGCCAAGCCCTGTGGGATCGGGCAGGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccggtcc > 6:145‑M2/6‑139 (MQ=255) cagcagTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGtt < 4:203446/149‑1 (MQ=255) agcagTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTg < 1:256437/149‑1 (MQ=255) agcagTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTg > 2:66016/1‑149 (MQ=255) cagTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGgt < 6:73277/149‑1 (MQ=255) aaGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGtt < 3:85101/149‑1 (MQ=255) agagagGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAATCCCTGTGGTAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCGCCGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGtt < 1:210172/149‑1 (MQ=255) agagagGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTg < 8:10682/149‑1 (MQ=255) gagagGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagg > 3:71239‑M2/1‑121 (MQ=255) gagagGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagg < 4:71239‑M2/136‑16 (MQ=255) gagGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCTCGGTCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGATTTGTGTGTTGCtt > 8:353372/1‑149 (MQ=255) gATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTga < 2:328408/149‑1 (MQ=255) gCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cg > 4:226762‑M2/1‑111 (MQ=255) gCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cg < 3:226762‑M2/112‑2 (MQ=255) cATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGAt < 2:250470/148‑1 (MQ=255) cATGGGTTATCCACAATCCTAAAGGGTTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGTCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGGGTTGCTTGGCACCGGCTTTGGGGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGAtt < 5:210862/149‑1 (MQ=37) aTGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTa > 2:237834/1‑149 (MQ=255) tGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTa > 3:211169/1‑148 (MQ=255) tCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagggttggcgaccccttaaggattgtggataaccca < 6:196924‑M2/149‑49 (MQ=255) acaATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCtt > 2:293098/1‑149 (MQ=255) acaATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCtt > 8:71380/1‑149 (MQ=255) cTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACgg < 2:207417/149‑1 (MQ=255) cTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACgg > 8:146991/1‑149 (MQ=255) ttAAGGGGTCGCCAAGCCCTCTGGGAGCGGGCATGCCCGAGAAAAAGCCAACGCGATGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGc > 5:330530/1‑149 (MQ=255) aaGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCt > 2:142295/1‑149 (MQ=255) ggggTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTc > 4:234661/1‑148 (MQ=255) gTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagggttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctcttta > 5:196924‑M2/1‑84 (MQ=255) gCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCa < 6:4411/149‑1 (MQ=255) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctctttactgctgcccttc < 7:350148‑M2/148‑79 (MQ=255) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcctctctttactgctgcccttc > 8:350148‑M2/1‑70 (MQ=255) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCg < 1:293098/147‑1 (MQ=255) gggAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAgg < 8:322655/134‑1 (MQ=255) gggAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAgg > 7:322655/1‑134 (MQ=255) ggAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCt > 3:352452/1‑149 (MQ=255) cGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTtggt < 1:142295/149‑1 (MQ=255) gggCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTtggtg < 1:66016/149‑1 (MQ=255) gcgAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcct > 5:300338‑M2/1‑53 (MQ=255) gcgAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑Cgcccgctcccacagggcttggcgaccccttaaggattgtggataacccatgcatcgcct < 6:300338‑M2/112‑60 (MQ=255) cAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAaccacc > 3:197929/1‑148 (MQ=255) cAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAaccacc > 6:31838/1‑148 (MQ=255) aCGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACAGGGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCa > 1:104024/1‑149 (MQ=255) cgcgTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATc < 3:234661/149‑1 (MQ=255) cTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTTACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCAGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGt > 4:14887/1‑149 (MQ=255) cTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGt > 2:82686/1‑149 (MQ=255) acACCGGCAAAGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAg > 2:114875/2‑149 (MQ=255) ggCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATgc < 1:237834/149‑1 (MQ=255) ccGGTGTTCGCGTGCT‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTc < 4:211169/148‑1 (MQ=255) ccGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCa < 1:122993/149‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAg < 2:104024/148‑1 (MQ=255) gcgGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCa < 4:125136/127‑1 (MQ=255) gcgGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCa > 3:125136/1‑127 (MQ=255) gcgGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCt > 4:331430/1‑149 (MQ=255) gcgGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCt > 4:125422/1‑149 (MQ=255) gcgGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCt < 3:125422/149‑1 (MQ=255) ggCG‑CGCCCGCTCCGACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCTTgg < 7:45212/149‑1 (MQ=255) ggCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCTTgg < 6:330530/149‑1 (MQ=255) gcg‑cgcCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCTTGGc < 1:114875/149‑1 (MQ=255) | CAGGTGAGGAAGGGCAGCAGTAAAGAGAGGCGATGCATGGGTTATCCACAATCCTTAAGGGGTCGCCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAAAGCCAACGCGTTGCTTGGCACCGGCTTTGCCGGTGTTCGCGGGCG‑CGCCCGCTCCCACA‑GGGTTGGTGTGTTGCTTTGTGAGATTACAGTTTGGCTTTGACGGCCTCCAGGGCATCCCCATCGGCCTTGGTGGTAACTCCGGCCAACCACCCATCCAACCGTTCAGGATGCGCTTTCACCCAGGCCTTGGC > NC_002947/86680‑86969 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |