| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 204636 = | NA (NA) | 5 (0.090) | 3/244 | NT | 100% | coding (10142/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| ? | NC_002947 | 207935 = | 0 (0.000) | coding (13441/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein | |||||
TGCCACCGTGACTGCCCCGGACAACGTCTACGTTGGCACCAACGACCCTGTGATCAAATCGATCGCAACCGTTGAAGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACACTGGACAAGACCCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGC > NC_002947/207787‑208083 | ctggtttcaccggccttgatggtgacctgggcattgttgctcagggtcacgaccaggtcgtgagccagcggctggttgacgtgaacagtgaaggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgac < 7:269405‑M2/1‑1 (MQ=255) ccggccttgatggtgacctgggcattgttgctcagggtcacgaccaggtcgtgagccagcggctggttgacgtgaacagtgaaggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgaCCAGGTACGc > 6:84128‑M2/140‑149 (MQ=255) gttgttgctcagggtcacgaccaggtcgtgagccagcggctggtttacgtgcacggtgaagatcggtttgacgttctcggccaccgaagtctggtcggctgtgatggtgaccttgaCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGt > 3:11443‑M2/117‑148 (MQ=255) gttgttgctcagggtcacgaccaggtcgtgagccagcggctggtttacgtgcacggtgaagatcggtttgacgttctcggccaccgaagtctggtcggctgtgatggtgaccttgaCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTc < 4:11443‑M2/33‑1 (MQ=255) ttgctcagggtcacgaccaggtcgtgagccagcggctggttgacgtgaacagtgaaggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgaCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAg < 5:84128‑M2/36‑1 (MQ=255) gaccaggtcgtgagccagcggctggttgacgtgaacagtgaaggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgaCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTc < 1:372510‑M2/33‑1 (MQ=255) gaccaggtcgtgagccagcggctggttgacgtgaacagtgaaggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgaCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTc > 2:372510‑M2/99‑131 (MQ=255) ggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgaCCAGGt < 7:28522‑M2/6‑1 (MQ=255) ggtcggtttgacgttctcggctaccgaagtctggtcggccgtgatggtgaccttgaCCAGGt > 8:28522‑M2/57‑62 (MQ=255) CCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCTCTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGc > 4:110546‑M2/1‑149 (MQ=255) CCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTg > 1:177200‑M2/1‑94 (MQ=255) CCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTg < 2:177200‑M2/94‑1 (MQ=255) CCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGc < 5:197802‑M2/116‑1 (MQ=255) CCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGc > 6:197802‑M2/1‑116 (MQ=255) | TGCCACCGTGACTGCCCCGGACAACGTCTACGTTGGCACCAACGACCCTGTGATCAAATCGATCGCAACCGTTGAAGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACACTGGACAAGACCCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACAGCCGACCAGACTTCGGTGGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGC > NC_002947/207787‑208083 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |