New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4689028 = | 52 (0.880) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 8.0% | coding (929/1020 nt) | PP_4149 | ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 4689061 = | 44 (0.810) | coding (962/1020 nt) | PP_4149 | ABC transporter permease |
CATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGGGTGGTGGACGGCGTCAG > NC_002947/4688915‑4689209 | cATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAATTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGa < 7:236160/149‑1 (MQ=255) cATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGa > 4:279154/1‑149 (MQ=255) gCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCctg > 1:100365/1‑149 (MQ=255) aCCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTCGGCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGgtgt > 1:73217/1‑149 (MQ=255) aCCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTTGTTTAATTTTTGGAGAAGGGCAAGTCCAAGCTGTAATCGCCATGGCTGTGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGgtg < 2:95094/147‑1 (MQ=255) aCCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGtt < 4:273841/149‑1 (MQ=255) ccGCCCTGGGCTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTc < 2:368449/149‑1 (MQ=255) ccGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCCAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTc < 5:265200/149‑1 (MQ=255) tCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc > 3:156965/1‑149 (MQ=255) tCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc > 2:90533/1‑149 (MQ=255) ggCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgccc < 2:73217/148‑1 (MQ=255) cTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCcgcg < 8:56239/149‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATcc < 6:310638/141‑1 (MQ=255) ttCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATcc > 5:310638/1‑141 (MQ=255) cccGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCctgctg > 3:363123/1‑114 (MQ=255) cccGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCatgctg < 4:363123/114‑1 (MQ=255) cccGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTc < 5:151229/147‑1 (MQ=255) cgccgGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGAcc > 3:324862/1‑149 (MQ=255) cgGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGAccc > 7:132080/1‑147 (MQ=255) cgGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGa < 2:100365/149‑1 (MQ=255) gTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc < 5:95064/128‑1 (MQ=255) gTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgcc > 6:95064/1‑128 (MQ=255) ttC‑GCCCGCGCTGGGCGAACTGGTGCCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCGTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGCCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAgg > 5:378896/1‑148 (MQ=255) ccTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGa < 1:19448/149‑1 (MQ=255) ccTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGa < 4:156965/149‑1 (MQ=255) cTCGCTGGGCGAACTGGTGGTGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGa > 8:166381/1‑148 (MQ=255) gAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGaa > 8:329890/1‑148 (MQ=255) gcgcAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACAt > 8:97707/1‑132 (MQ=255) gcAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGAt > 4:235374/1‑148 (MQ=255) gcAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGAt < 3:235374/148‑1 (MQ=255) gcAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGCCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATc > 2:100090/1‑149 (MQ=255) gggcggattcgccgatgaacaccagcaggctcaGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGc > 2:85206‑M1/34‑71 (MQ=255) gggcggattcgccgatgaacaccagcaggctcaGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGc < 1:85206‑M1/38‑1 (MQ=255) gggCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGaa < 6:11887/149‑1 (MQ=255) gggCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGaa < 7:166381/149‑1 (MQ=255) gggCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGaa < 8:132080/149‑1 (MQ=255) gCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGt < 4:324862/149‑1 (MQ=255) aaGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGc > 4:121904/1‑149 (MQ=255) aGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCg < 1:23278/149‑1 (MQ=255) cAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGAc > 5:73238/1‑149 (MQ=255) aaGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGt < 3:279154/149‑1 (MQ=255) aGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTg < 6:330408/149‑1 (MQ=255) gcgcCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTgg < 6:378896/149‑1 (MQ=255) gctcagcatcagcgccagcacggcaaaggcgctgatgcTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgccc > 2:85206‑M2/39‑71 (MQ=255) gctcagcatcagcgccagcacggcaaaggcgctgatgcTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATccgccc < 1:85206‑M2/33‑1 (MQ=255) cTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCACCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGa > 2:64488/1‑149 (MQ=255) tcagcgccagcacggcaaaggcgctgatgcTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTc < 1:110618‑M2/44‑1 (MQ=255) tcagcgccagcacggcaaaggcgctgatgcTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTc > 2:110618‑M2/31‑74 (MQ=255) CCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGATCCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGt > 1:90533‑M1/1‑149 (MQ=255) CTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTg < 3:209810‑M1/125‑1 (MQ=255) CTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTg > 4:209810‑M1/1‑125 (MQ=255) gCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAAcc > 7:225829/1‑149 (MQ=255) cGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCgg > 7:72357/1‑149 (MQ=255) cGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCgg < 8:72357/149‑1 (MQ=255) cGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCACCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCgg < 1:64488/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCggg > 7:69319/1‑107 (MQ=255) gTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCggg < 8:69319/107‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGggtgg < 2:192346/149‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGggtg < 6:73238/148‑1 (MQ=255) gcgctgatgcTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGGgtggtg > 1:241781‑M2/11‑148 (MQ=255) atgcTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGGGTGGTGGACGGCg > 5:149734‑M2/5‑149 (MQ=255) tGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGGGTGGTGGACGGCGTCAg > 5:227336/1‑149 (MQ=255) | CATCGGCACCCTCACCGCCCTGGACTTCCTCGGCTTCGGCCTGCCCGCCGGTTC‑GCCCTCGCTGGGCGAACTGGTGGCGCAGGGCAAGTCCAACCTGCAAGCGCCATGGCTGGGCATCAGCGCCTTTGCCGTGCTGGCGCTGATGCTGAGCCTGCTGGTGTTCATCGGCGAATCCGCCCGCGACGCCTTCGACCCGAGGAAGTGACATGAGTGAACAGAACCTGATCGAAGTGCGGGACCTGGCCGTGGAGTTCGTGACCGGGGACCAGGTCAACCGGGTGGTGGACGGCGTCAG > NC_002947/4688915‑4689209 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |