| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4780240 = | 87 (1.470) | 5 (0.090) | 4/242 | NT | 6.3% | coding (7074/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
| ? | NC_002947 | 4780277 = | 67 (1.200) | coding (7037/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase | |||||
CAGGTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAG > NC_002947/4780129‑4780422 | cAGGTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCa > 2:284620/1‑149 (MQ=255) gTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑Cg < 4:360733/149‑1 (MQ=255) gtggcgctgtaccgcgtgcgtgatgacgcaagctccgtgcacctgccgatcggtgccgcgaccgagcacaaccgcctgcatgtgctcaacgacctgctcgaaccgatGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑Cgg > 1:332445‑M1/108‑149 (MQ=255) ccACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTc > 1:70742/1‑149 (MQ=255) aCTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACCTGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAG‑CGGTTc > 3:310406/1‑147 (MQ=255) cTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGGCAAAGCTGAATTCCCTGCGCACCGGATACCCAAGGTAACCGCGCCCGACAACTACCCCCGGC‑‑‑‑‑‑ACCTGCCACACCCCGGTTGGCCGGGCCGGGAT‑ggggtacgg > 1:78400/1‑143 (MQ=255) aCAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCg > 6:47931/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGtt < 2:78400/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGtt < 2:79461/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGtt > 2:170190/1‑149 (MQ=255) gcgcTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGtt > 1:16424/1‑134 (MQ=255) gcgcTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGtt < 2:16424/134‑1 (MQ=255) gcgcTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGtt > 2:156227/1‑147 (MQ=255) ccGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGTGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGTATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGc < 3:309526/149‑1 (MQ=255) cGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAg < 4:89638/132‑1 (MQ=255) cGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAg > 3:89638/1‑132 (MQ=255) gcggcTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGc < 1:170190/149‑1 (MQ=255) cggcTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCg < 8:71839/149‑1 (MQ=255) 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aGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATc < 5:295415/149‑1 (MQ=255) gCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCg < 2:70742/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGc < 5:47931/147‑1 (MQ=255) tGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGt < 4:971/149‑1 (MQ=255) tGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGt < 4:241302/149‑1 (MQ=255) 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ccggcccgggccaccggcgagttgcatgtggccggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGtcatc < 7:253449‑M2/86‑1 (MQ=255) ccggcccgggccaccggcgagttgcatgtggccggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGtcatc > 8:253449‑M2/37‑122 (MQ=255) ccggcccgggccaccggcgagttgcatgtggccggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACgtcgtc > 1:315095‑M2/37‑149 (MQ=255) gCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTcc > 2:242421/1‑149 (MQ=255) gCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTcc > 8:182530/1‑149 (MQ=255) aaCTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTccgc > 8:105160/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCggg < 2:132759/148‑1 (MQ=255) ccGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGcc < 8:114686/149‑1 (MQ=255) ggTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGACCACTCCGCCGGGCCGt > 7:253309/1‑149 (MQ=255) tGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAg < 5:55219/149‑1 (MQ=255) gccggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGAc < 1:242421‑M2/143‑1 (MQ=255) cggcTT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCTCATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGAc > 1:216594‑M2/5‑147 (MQ=255) cggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTccgccg < 5:13486‑M2/127‑1 (MQ=255) cggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTccgccg > 6:13486‑M2/5‑131 (MQ=255) ggcAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAg < 8:360045‑M2/146‑1 (MQ=255) | CAGGTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAT‑CGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAG > NC_002947/4780129‑4780422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |