New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4976313 | 39 (0.660) | 4 (0.070) | 4/240 | NT | 8.3% | coding (458/1155 nt) | flgJ | peptidoglycan hydrolase FlgJ |
? | NC_002947 | = 4976408 | 52 (0.940) | coding (363/1155 nt) | flgJ | peptidoglycan hydrolase FlgJ |
CCAACAGGCGGTCGGTGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTCGCGGTACTGCTT > NC_002947/4976266‑4976551 | ccAACAGGCGGTCGGTGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGacgcgc < 1:154241‑M2/149‑7 (MQ=255) aaCAGGCGGTCGGTGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGacgcgcgg < 1:377610‑M2/149‑9 (MQ=255) cAGGCGGTCGGTGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCggg > 8:111659/1‑148 (MQ=255) gCGGTCGGTGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACg > 8:325496/1‑149 (MQ=255) gtcggtGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGc < 2:377945/149‑1 (MQ=255) tGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTa > 7:63653/1‑149 (MQ=255) tGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTa > 4:176711/1‑149 (MQ=255) gCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATc > 8:152419/1‑148 (MQ=255) cTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGGTGAGGGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGa < 7:163760/149‑1 (MQ=255) ggCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATCCGCTGGCTCCGCCACATTGTTGCCCAACAATGCAGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGAATTGATCTACg > 6:357279/1‑148 (MQ=255) gCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCa < 6:357786/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCTGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGc < 5:357279/149‑1 (MQ=255) ccgcGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGacgcgcggcgcctggccctgccaagcaaactcaccgaccgcctgtt < 1:369974‑M2/149‑47 (MQ=255) cgcgcgTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGacgcgcggcgcctggccctgccaagcaaactcaccgaccgcctgttg < 6:230165‑M2/149‑48 (MQ=255) gAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTgg < 7:111659/148‑1 (MQ=255) gAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTgg < 2:154241/148‑1 (MQ=255) tGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGacgcgcggcgcctggccctgccaagcaaactcaccgaccgcctgttggccggtatcgt > 2:369974‑M2/1‑91 (MQ=255) cagcaACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCAc > 2:173632/1‑148 (MQ=255) caACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTg < 4:35670/122‑1 (MQ=255) aCGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCAc < 1:173632/149‑1 (MQ=255) tcgtTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTc < 4:116643/149‑1 (MQ=255) ttGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTg > 5:158115/1‑149 (MQ=255) cgcgTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCaa < 3:117582/149‑1 (MQ=255) gCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACCTCCTGCAAGCCGAt < 7:325496/149‑1 (MQ=255) gACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATgcc > 6:43181/1‑149 (MQ=255) aCGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGc < 6:46580/141‑1 (MQ=255) aCGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGc > 5:46580/1‑141 (MQ=255) ggCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCAc < 2:377610/149‑1 (MQ=255) ggCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCAc > 1:287232/1‑149 (MQ=255) ggCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCAc < 3:36002/149‑1 (MQ=255) aTGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGCCGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTc > 3:265783/1‑149 (MQ=255) cATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCgg > 3:273637/1‑149 (MQ=255) aTGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTcgccg > 3:261496/1‑146 (MQ=255) gcgcTGGCTCCGCGACCTTGTTGCCCCACTATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCTGTAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGgc < 5:303565/105‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAg > 4:76740/1‑125 (MQ=255) gcgcTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAg < 3:76740/125‑1 (MQ=255) cgcTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGAc < 3:176711/148‑1 (MQ=255) ggCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCAc > 8:108345/1‑104 (MQ=255) ggCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCAc < 7:108345/104‑1 (MQ=255) tCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCAc > 8:331406/1‑149 (MQ=255) ccGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACg > 5:316555/1‑149 (MQ=255) cGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACg < 7:331406/148‑1 (MQ=255) gCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGacgcgcggcgcctggccctgccaagcaaactcaccgaccgcctgttggccggtatcgtgccgtcggcggaaactgccaataacgccgccgtgcctgcccgtgactgtcag > 5:230165‑M2/1‑39 (MQ=255) gCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCTGGACATGCTCACGGCCAACTGCTgg < 4:261496/148‑1 (MQ=255) gCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTgg < 5:43181/148‑1 (MQ=255) gCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGt > 5:249421/1‑149 (MQ=255) ccACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCg > 4:343587/1‑148 (MQ=255) ccACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCg > 5:144214/1‑148 (MQ=255) cacaATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTa > 6:250989/1‑149 (MQ=255) cacaATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTa < 7:152419/149‑1 (MQ=255) acaATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCg > 7:190431/1‑146 (MQ=255) acaATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCg < 8:190431/146‑1 (MQ=255) aaTGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACAt < 4:273637/149‑1 (MQ=255) agCCGGGCCAGCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATg < 4:156755/120‑1 (MQ=255) ccGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTcg < 6:144214/149‑1 (MQ=255) cGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTcgc < 2:24760/149‑1 (MQ=255) gggCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTcgcg > 5:245150/1‑149 (MQ=255) ggCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCCGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTCGCgg < 8:63653/149‑1 (MQ=255) aCCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTc > 2:276845/1‑132 (MQ=255) aCCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTc < 1:276845/132‑1 (MQ=255) tATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCCCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTCGCGGTACTGCtt > 6:311600/1‑148 (MQ=255) | CCAACAGGCGGTCGGTGAGTTTGCTTGGCAGGGCCAGGCGCCGCGCGTTGAGTGCAGCAACGTCGTTGCGCGTAGCGGACGAGGCCATGGCATGCGCTGGCTCCGCCACCTTGTTGCCCCACAATGCCGGGCCACCGCTATCGACGCGCGGGAACGGGCTGGTATTGATCGACGCACTGCGGCCCTTGGTCAGCTGGCGCACCAGCACGTCCTGCAAGCCGATGCCGCCACCTTCGCGGGACATGCTCACGGCCAACTGCTGGTCGTACATGTCGCGGTACTGCTT > NC_002947/4976266‑4976551 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |