New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5244969 | 53 (0.900) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 7.4% | coding (376/834 nt) | hmgR | Hmg transcriptional repressor |
? | NC_002947 | = 5245017 | 49 (0.860) | coding (424/834 nt) | hmgR | Hmg transcriptional repressor |
GCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAA > NC_002947/5244869‑5245163 | gCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGAtcggttcgg > 7:208541/1‑149 (MQ=255) cggcgATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTg < 3:49093/149‑1 (MQ=255) gCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGtt > 2:215087/1‑149 (MQ=255) ccGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCt > 7:6554/1‑143 (MQ=255) ccGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCt < 8:6554/143‑1 (MQ=255) cGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTg > 3:20007/1‑140 (MQ=255) cGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTg < 4:20007/140‑1 (MQ=255) gTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGt < 2:115910/149‑1 (MQ=255) cAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCgg > 4:169147/1‑149 (MQ=255) gTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGCTCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCCCCGGGc > 6:325365/1‑149 (MQ=255) gCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTg < 5:15449/148‑1 (MQ=255) cGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGt < 8:208541/149‑1 (MQ=255) aGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTGCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTcgc < 5:325365/148‑1 (MQ=255) tCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCgccgcc > 6:30271/1‑149 (MQ=255) tCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCgccgcc > 6:24670/1‑149 (MQ=255) tCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGAAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTCCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCgccgcc > 6:30274/1‑149 (MQ=255) aGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGc < 7:303273/127‑1 (MQ=255) aGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGc > 8:303273/1‑127 (MQ=255) aGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGcc < 3:169147/149‑1 (MQ=255) ctgctTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCAGGTAGGCGGCGAATACCAGCCcg < 5:168319/149‑1 (MQ=255) tgctTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTAGCCGCCTACCTGccc > 8:308618/1‑147 (MQ=255) ctTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCcgagc < 5:125497/149‑1 (MQ=255) cGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTAc < 7:28795/133‑1 (MQ=255) cGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTAc > 8:28795/1‑133 (MQ=255) gCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGaaa < 3:295825/148‑1 (MQ=255) gggCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGc > 3:139546/1‑149 (MQ=255) ggCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCt > 5:175522/1‑149 (MQ=255) ggCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTCCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGcn < 4:139546/149‑2 (MQ=255) aaCCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGACGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTgcg > 3:225450/1‑149 (MQ=255) aCCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTgcgc < 6:175522/149‑1 (MQ=255) ccAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTgcgc > 5:188213/1‑148 (MQ=255) gggggCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGa > 3:221757/1‑147 (MQ=255) ggCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAggg < 1:215087/149‑1 (MQ=255) gCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGa < 7:261819/149‑1 (MQ=255) gCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTAGTCCACCGGGCTGGTATTCGCAGACTAACTGACAGAGCGAGAAACCAAGGAGCTGCGCGagatcg > 4:96488/1‑143 (MQ=255) cACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtg > 8:136136‑M2/1‑62 (MQ=255) cACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtg < 7:136136‑M2/64‑3 (MQ=255) aCGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGGAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACt > 8:21545/1‑149 (MQ=255) ggtggtAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTgg < 6:188213/149‑1 (MQ=255) ggtggtAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTgg < 4:356424/149‑1 (MQ=255) tggtAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGcc < 4:225450/149‑1 (MQ=255) tAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtgcttaccaccgtggccccctggttgccccacacggcgatgaagcagctttcgttgagctcatctcgcaactg < 4:171584‑M2/127‑74 (MQ=255) tAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtgcttaccaccgtggccccctggttgccccacacggcgatgaagcagctttcgttgagctcatctcgcaactg > 3:171584‑M2/1‑54 (MQ=255) aGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtgcttaccaccgtggccccctggttgccccacacggcgatgaagcagctttcgttgagctcatctcgcaactgcgacaacggcatcgccgccacct < 2:355639‑M2/148‑97 (MQ=255) cATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtgcttaccaccgtggccccctggttgccccacacggcgatgaagcagctttcgttgagctcatctcgcaactgcgacaacggcatcgccgccacctt < 1:379904‑M2/147‑98 (MQ=255) tCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACt > 5:313998/1‑136 (MQ=255) cGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGc > 8:232917/1‑147 (MQ=255) gcgcgGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGAc > 7:55091/1‑149 (MQ=255) tCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATcac > 6:172908/1‑149 (MQ=255) aCCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATcaca > 2:35313/1‑148 (MQ=255) ccGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATcacaca > 7:163471/1‑149 (MQ=255) cGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTg < 7:146405/55‑1 (MQ=255) cGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTg > 8:146405/1‑55 (MQ=255) gtggtgACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACAct > 6:227820/1‑149 (MQ=255) ccAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCg > 6:172764/1‑149 (MQ=255) gttcggtGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCcgc > 8:133483/1‑149 (MQ=255) ggtGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGaa > 8:97465/1‑148 (MQ=255) gtGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATca < 4:235465/122‑1 (MQ=255) gtGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATca > 3:235465/1‑122 (MQ=255) gtGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCACGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGaa > 8:202534/1‑147 (MQ=255) | GCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAA > NC_002947/5244869‑5245163 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |