| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 358693 | 60 (1.000) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 5.0% | coding (160/1107 nt) | gbdR | AraC family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 358725 | 58 (1.030) | coding (192/1107 nt) | gbdR | AraC family transcriptional regulator | |||||
GGAATCCAACCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGT > NC_002947/358553‑358841 | ggAATCCAACCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGGCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTg < 8:259870/149‑1 (MQ=255) cAACCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGAcgatc < 8:67848/149‑1 (MQ=255) cAACCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGAcgat < 8:347707/148‑1 (MQ=255) aaCCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACAAGCTGAcgttc > 7:351507/1‑148 (MQ=255) aCCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGAcgatcga > 1:369203/1‑149 (MQ=255) cccAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGAcgatcgat > 1:339477/1‑149 (MQ=255) aGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATggc > 7:121393/1‑149 (MQ=255) aCCGCTCAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATggcggc < 8:165442/149‑1 (MQ=255) cGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATggcggc > 4:220642/1‑147 (MQ=255) gCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAg < 6:313300/149‑1 (MQ=255) gCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAg < 6:156452/149‑1 (MQ=255) cacaACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAgg > 2:86116/1‑149 (MQ=255) aacaCCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGAGAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGgtgt > 6:99507/1‑149 (MQ=255) aacaCCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACACTGATTTCCCTCGCAACCGCCGTCGAGCCGCTGCGCAAGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACCATCGATGGCGGCCAGgtgt > 3:53136/1‑149 (MQ=255) ccccccACTCCCTCGGGGTTCTTCAATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGGCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTgg < 4:242183/147‑1 (MQ=255) aCCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGg > 1:86116‑M2/1‑148 (MQ=255) ccccAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgc < 8:7587‑M1/149‑35 (MQ=255) cAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCTCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccag < 2:111220‑M1/149‑38 (MQ=255) cAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgc < 8:312513‑M2/146‑3 (MQ=255) 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gTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGc < 5:99507/149‑1 (MQ=255) tttCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccag > 1:337526‑M2/1‑132 (MQ=255) tttCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccag < 2:337526‑M2/137‑6 (MQ=255) aTTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagcgat < 2:373451‑M2/133‑10 (MQ=255) aTTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagcgat > 1:373451‑M2/1‑124 (MQ=255) ttGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTg > 5:348519/1‑138 (MQ=255) ttGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTg < 6:348519/138‑1 (MQ=255) ttGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCacac < 7:45707/148‑1 (MQ=255) gACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagc < 4:149136‑M2/126‑7 (MQ=255) gACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagc > 3:149136‑M2/1‑120 (MQ=255) aaTTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGAt > 2:78041/1‑147 (MQ=255) aaTTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGAt < 1:78041/147‑1 (MQ=255) 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aTTTACCTGGAATCGGCGTTCTAGCCGCTGCTCATGGCCAACCAGCTGGCTGGCCGTGAGCTGTATCTCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGc < 6:278968/147‑1 (MQ=255) tttCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAAt > 1:52380/1‑149 (MQ=255) ttCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATg > 3:129213/1‑149 (MQ=255) cccTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCCGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCt > 6:271466/1‑149 (MQ=255) ccTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGc < 8:38847/142‑1 (MQ=255) 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tCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGGGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGt < 8:121393/148‑1 (MQ=255) gCTGGCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtc < 4:149136‑M1/126‑121 (MQ=255) gCTGGCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtc > 3:149136‑M1/1‑6 (MQ=255) gCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattttccaatagaagaaacccgatggact < 5:26621‑M2/149‑112 (MQ=255) gCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGACGCAATCAGCAATGCTCCGCCCAACGACACGGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGaa > 8:215308/1‑149 (MQ=255) cTGGCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtccaatagaagaaa < 2:337526‑M1/137‑133 (MQ=255) cTGGCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtccaatagaagaaa > 1:337526‑M1/1‑5 (MQ=255) cTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagaggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtccaatagaagaaacccgatggactg < 2:111220‑M2/149‑113 (MQ=255) cTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATg < 2:277064/68‑1 (MQ=255) cTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATg > 1:277064/1‑68 (MQ=255) tGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAaca > 8:310231/1‑149 (MQ=255) gCccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtccaatagaagaaacccgatggactg < 8:312513‑M1/146‑145 (MQ=255) gCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtccaatagaagaaacccgatggactgggg < 8:7587‑M2/149‑116 (MQ=255) gCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCACCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGAGGTGGTGTTGGCATCCAGCGATCCGTCACCCGTGAACACg > 4:28585/1‑149 (MQ=255) cccacacctggccgccatcgatcgtcagcgtgtgccagcgatacagctcacggccagacagctggttggccatgcgcagcggctcgaccgccgatgccagggaaatcagggtgaaattgtccaatagaagaaacccgatggactggggt > 1:86116‑M1/1‑1 (MQ=255) | GGAATCCAACCCAGAACCGCACAACACCCCAGTCCATCGGGTTTCTTCTATTGGACAATTTCACCCTGATTTCCCTGGCATCGGCGGTCGAGCCGCTGCGCATGGCCAACCAGCTGTCTGGCCGTGAGCTGTATCGCTGGCACACGCTGACGATCGATGGCGGCCAGGTGTGGGCCAGCGATGGCCTGCAAATCACACCGGATGCCGCAATCAGCAATGCTCCGCCCATCGACACCGTGATTGTCTGTGGTGGTGTTGGCATCCAGCGTTCCGTCACCCGTGAACACGT > NC_002947/358553‑358841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |