New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2425590 = | 38 (0.630) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 6.7% | coding (373/660 nt) | PP_2126 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2425642 = | 47 (0.810) | coding (321/660 nt) | PP_2126 | LuxR family transcriptional regulator |
GGTGGACTTGCCGCGCACGATCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCGGGTCAGTGTGCATGGACAGGATCAGCACTTTGCAG > NC_002947/2425447‑2425735 | ggTGGACTTGCCGCGCACGATCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAgcg < 1:277562/147‑1 (MQ=255) ggTGGACTTGCCGCGCACGATCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAgcg > 2:277562/1‑147 (MQ=255) cgaccagcggcctggacgcccttacccaactgcgggccagcggcagtacctgcaaagtgctgatcctgtccatgcacactgacccggacctgatcatgcgggccctggaaagcggcgcccacggctacctgctcaaggacaccAGCGCt < 6:18596‑M1/6‑1 (MQ=255) ttGCCGCGCACGATCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTg > 1:251133/1‑149 (MQ=255) cgcgCACGATCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGATGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCg > 4:20431/1‑148 (MQ=255) aTCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCAcc < 1:2361/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAgc > 2:357215/1‑149 (MQ=255) ggATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTACGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGt > 8:28218/1‑149 (MQ=255) ctcAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTc > 2:162015/1‑147 (MQ=255) ccagcggcagtacctgcaaagtgctgatcctgtccatgcacactgacccggacctgatcatgcgggccctggaaagcggcgcccacggctacctgctcaaggacaccAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCt > 5:18596‑M1/108‑149 (MQ=255) aaGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTc < 8:136819/144‑1 (MQ=255) ccGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTg < 5:601/148‑1 (MQ=255) tGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGgcgc < 5:316002/149‑1 (MQ=255) cGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTgg < 1:232017/149‑1 (MQ=255) gTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGgcg < 8:64549/144‑1 (MQ=255) gTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGgcg > 7:64549/1‑144 (MQ=255) gTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGgt < 4:347147/149‑1 (MQ=255) gtgctgatcctgtccatgcacactgacccggacctgatcatgcgggccctggaaagcggcgcccacagctacctgctcaaggacaccAgc < 4:300143‑M1/3‑1 (MQ=255) gtgctgatcctgtccatgcacactgacccggacctgatcatgcgggccctggaaagcggcgcccacagctacctgctcaaggacaccAgc > 3:300143‑M1/88‑90 (MQ=255) aTGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTg < 2:15066/148‑1 (MQ=255) ccGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGc < 7:202673/148‑1 (MQ=255) ccGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGc < 8:934/148‑1 (MQ=255) ccGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGc < 1:204337/148‑1 (MQ=255) cGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAg > 1:342262/1‑149 (MQ=255) cGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAg < 6:299199/149‑1 (MQ=255) gTTCGCCAGCGCTCGGCTGGCCTTGTTTGGGGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGAGGGCCGGGCTGAGGTAGCGCGCACCGTGGCGTACGGCATCCAGCGCCTGTTCCAGCGCGGTGGCGCTGGTGGCCTGGAGCAgg < 8:57165/149‑1 (MQ=255) cAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCg > 1:185544/1‑149 (MQ=255) tCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGgcg > 4:325478/1‑149 (MQ=255) ggCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTGGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGgcgc < 8:251204/148‑1 (MQ=255) cTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTc > 4:370476/1‑148 (MQ=255) ttGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTc > 4:107267/1‑147 (MQ=255) gTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAg < 2:94637/148‑1 (MQ=255) tttGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAggg < 3:20431/149‑1 (MQ=255) gtgtGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCg < 2:295957/149‑1 (MQ=255) tgCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCAt > 4:95376/1‑149 (MQ=255) ccGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGa > 1:205488/1‑149 (MQ=255) gCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑c < 4:341795/149‑1 (MQ=255) cTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCg < 3:107267/149‑1 (MQ=255) agcggcgcccacggctacctgctcaaggacaccAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGgtgt < 5:327678‑M1/57‑1 (MQ=255) agcggcgcccacggctacctgctcaaggacaccAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGgtgt > 6:327678‑M1/34‑90 (MQ=255) atgaCGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCGGGTCAgt > 2:260223/1‑149 (MQ=255) gtgtGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCGGGTCAGTGTGCAt < 3:325478/149‑1 (MQ=255) cgCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTCTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCATTGAGCAGGTAGCCTTAGGCGCCGCTTTCCAGGGCCAGCATGAT‑CAGGTCCGGGACAGTGTTCATGGa > 8:146188/2‑147 (MQ=255) gCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCGGGTCAGTGTGCATGGACAGGATCa < 2:185544/148‑1 (MQ=255) gggCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCGGGTCAGTGTGCATGGACAGGATCAGCAc < 3:271668/149‑1 (MQ=255) ggCTGAGGTAGCGCTCAGCGTGGCGTACGTCACGCAGCTACTGTTCCTGCTGGGGGGCGCTGGTGTCCTTGAGGAGGTAGCCGTGGGCGGGGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CTGGTGCGGGTCAGTGTGCATGGTCAGGATCATCACt < 3:111975/149‑1 (MQ=255) gAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCGGTGCCAGCGCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGTTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CATGTCCGGGTCAGTGTGCATGGACAGGATCAGCACTTTGc < 4:222561/149‑1 (MQ=255) gTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGATCCAGGTCCGGGTCAGTGTGCATGGACAGGATCAGCACTTTGCAg < 1:260223/149‑1 (MQ=255) | GGTGGACTTGCCGCGCACGATCAGGCGCAGGATCTCAAGTTGCCGTGACGTCAGATTATGCCGTTCGCCAGCGCTCGGCTTGCCTTGTTTGGTGTGCCGCAGCGCCTGGTTGATGACGGTGTGGGCGATGGCCGGGCTGAGGTAGCGCTCACCGTGGCGTACGGCACCCAGCGCCTGTTCCAGCTCGGTGGCGCTGGTGTCCTTGAGCAGGTAGCCGTGGGCGCCGCTTTCCAGGGCCCGCATGAT‑CAGGTCCGGGTCAGTGTGCATGGACAGGATCAGCACTTTGCAG > NC_002947/2425447‑2425735 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |