New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2945907 = | 59 (0.980) | 4 (0.070) | 4/252 | NT | 7.1% | coding (1615/1755 nt) | yijP | phosphoethanolamine transferase CptA |
? | NC_002947 | 2945943 = | 49 (0.860) | coding (1579/1755 nt) | yijP | phosphoethanolamine transferase CptA |
CTGATTACTGCCGGGTGCTGGCTGTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAGGTCCACAGCAGGAA > NC_002947/2945763‑2946051 | cTGATTACTGCCGGGTGCTGGCTGTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGcc < 5:336323/149‑1 (MQ=255) tGATTACTGCCGGGTGCTGGCTGTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTTGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGTGCTCACCAGGCTCTTGGCCg > 8:149379/1‑149 (MQ=255) tGATTACTGCCGGGTGCTGGCTGTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCg > 7:319949/1‑149 (MQ=255) tgaCTGCCGGGTGCTGGCTGTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCTAACTCGCGAAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGtt < 5:187734/147‑1 (MQ=255) gctggctgTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCAt > 3:99895/1‑149 (MQ=255) ctggctggTTCCAGGTCCCCGTCGGCCTGGTCCAGCGGCAGGGGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGGCGCCGATCCAGCGTGGTGCGACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGTTTCATAGCGGTCATa < 2:129184/149‑1 (MQ=255) tggctgTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAg > 4:854/1‑149 (MQ=255) ggctgTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGc > 6:165177/1‑149 (MQ=255) gatgtacaccatcccgttcctgctgtggacctcgcctagctggcaggccgagcacccgcgtgacttgcaggcaatggccaaccgcccctacagcagttcacacctgatccataccctgtcagaccTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGc < 6:266023‑M1/24‑1 (MQ=255) gctgTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGc > 7:122757/1‑148 (MQ=255) tgTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTc > 6:184587/1‑148 (MQ=255) tgTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGACTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTc > 5:285499/1‑148 (MQ=255) gTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGCTCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCaa > 5:380610/1‑149 (MQ=255) ttCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAACCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAAcc > 1:361380/1‑149 (MQ=255) cTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTGATAGCGGTCATAGCTCAACCCgg > 8:296405/1‑149 (MQ=255) cgttcctgctgtggacctcgcctagctggcaggccgagcacccgcgtgacttgcaggcaatggccaaccgcccctacagcagttcacacctgatccataccctgtcagaccTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAg < 8:151783‑M1/37‑1 (MQ=255) cgttcctgctgtggacctcgcctagctggcaggccgagcacccgcgtgacttgcaggcaatggccaaccgcccctacagcagttcacacctgatccataccctgtcagaccTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAg > 7:151783‑M1/112‑148 (MQ=255) ccccGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAgg < 8:122757/149‑1 (MQ=255) ccccGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAgg > 6:95028/1‑149 (MQ=255) 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cGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCGATTCTTGCGGTTTGGGTCGCCGATGCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCGAGGTCTGACAGGGTATGGATCa < 2:361380/149‑1 (MQ=255) tCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAAct < 3:854/149‑1 (MQ=255) cGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTc > 5:86566/1‑100 (MQ=255) cGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTc < 6:86566/100‑1 (MQ=255) cGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAActg > 3:124062/1‑149 (MQ=255) aCTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACTAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAActgct < 8:319949/148‑1 (MQ=255) tCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAActgctg > 3:341125/1‑147 (MQ=255) tCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAActgctg > 4:126001/1‑147 (MQ=255) gcgcAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAgg < 5:95028/149‑1 (MQ=255) gcgcAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAgg > 6:366875/1‑149 (MQ=255) gcAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAgggg < 4:124062/149‑1 (MQ=255) gcAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGAGACAGCGTGGTGCTACCACGACCTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCACCCCGGCCAGGTCGGACAGGGGATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAgggg > 5:91881/1‑149 (MQ=255) aGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCgg < 5:366875/149‑1 (MQ=255) cATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGtt > 8:296032/1‑148 (MQ=255) cATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGtt < 7:296032/148‑1 (MQ=255) cATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTg < 7:296405/149‑1 (MQ=255) aTTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTgg > 4:207628/1‑149 (MQ=255) ttCTTGAGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGc > 3:151779/1‑149 (MQ=255) cGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGc < 3:207628/149‑1 (MQ=255) ggTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGcc < 7:294433/149‑1 (MQ=255) tATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTg < 7:149379/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAg > 7:162714/1‑149 (MQ=255) gCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGGCATTGCCTGCAAGTCAc > 3:197672/1‑149 (MQ=255) ccGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCAcg < 5:165177/149‑1 (MQ=255) cAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTg > 5:98431/1‑149 (MQ=255) gtgCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAg < 8:199948/107‑1 (MQ=255) gtgCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAg > 7:199948/1‑107 (MQ=255) ccACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTgg > 6:290936/1‑111 (MQ=255) ccACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTgg < 5:290936/111‑1 (MQ=255) ccACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAg < 7:152010/149‑1 (MQ=255) cACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGc > 6:361698/1‑149 (MQ=255) cGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTa < 6:98431/149‑1 (MQ=255) cGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTa < 8:122563/149‑1 (MQ=255) tgtgGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGTCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGc > 5:360388/1‑147 (MQ=255) tgtgGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGc > 8:323032/1‑147 (MQ=255) tgGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAg < 6:380610/148‑1 (MQ=255) tgGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAg < 6:322488/148‑1 (MQ=255) ggCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAGGTc < 5:361698/149‑1 (MQ=255) tCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAGGTCca > 6:81658/1‑148 (MQ=255) tCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGACTGCAAGTCACGAGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAGGTCca > 5:361393/1‑148 (MQ=255) ctctTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAGGTCCACAGCAGGaa > 6:298346/1‑149 (MQ=255) | CTGATTACTGCCGGGTGCTGGCTGTTTCCTGTACCCCGTCGGCCTTGTCCAGCGGCAGGTGGTCGAACTCGCGCAAGCCATTCTTGCGGTATGGGTCGCCGATCCAGCGTGGTGCTACCACGAACTGTGGGCTCACCAGGCTCTTGGCCGGTTCATAGCGGTCATAGCTCAACCCGGCCAGGTCTGACAGGGTATGGATCAGGTGTGAACTGCTGTAGGGGCGGTTGGCCATTGCCTGCAAGTCACGCGGGTGCTCGGCCTGCCAGCTAGGCGAGGTCCACAGCAGGAA > NC_002947/2945763‑2946051 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |