| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4159083 = | 27 (0.450) | 9 (0.170) | 7/234 | NT | 29.6% | intergenic (+31/‑178) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 4159143 = | 19 (0.360) | intergenic (+91/‑118) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein | |||||
AGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAA > NC_002947/4158939‑4159230 | aGCCACATTCGCCAGGCGGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCGCAACCTGTGGCGGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAAc < 1:247570/147‑1 (MQ=255) gCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGGTGCGTAGCGGGGTAAAccc > 3:108109/1‑149 (MQ=255) ttgatgacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCt < 1:342132‑M1/8‑1 (MQ=255) gacatggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCTCCTa > 2:376392‑M1/137‑148 (MQ=255) gCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACa < 2:241574/148‑1 (MQ=255) cAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggt < 6:325179/149‑1 (MQ=255) atggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCTCCTACAgg > 5:19783‑M1/134‑149 (MQ=255) atggcgttgaggcatctaagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCTCCTACAgg > 8:31218‑M1/134‑149 (MQ=255) tGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGTAAAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAggtgggtg < 1:116998/149‑1 (MQ=255) tGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTAGC‑GGGTAAACCCGCTGCTACAgcttggtg > 7:21809/1‑149 (MQ=255) gCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGtgctg < 4:3072/149‑1 (MQ=255) catctaagtctttcctgggcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtaAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGccc < 6:287231‑M1/28‑1 (MQ=255) gcgcTGGCCAGCGGGGCGACCCTCAACCGCTGGCCGGTTGGCGCGCCGCTCCCGATAACCCTCGGGGCGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGaa < 8:21809/149‑1 (MQ=25) gcgcTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGaa < 4:304177/149‑1 (MQ=255) taagtctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtaAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTg < 4:38019‑M1/30‑1 (MQ=255) tGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGTTGCAGAAGCTGTTGGGCTGCCTGGCGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCGTGAAGACg > 5:257749/1‑149 (MQ=255) tGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCATAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCATAGC‑GGGTAAAACCCCTCATACAGGTGGGGGCTGGCCagaagaac > 5:130177/1‑147 (MQ=255) tctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAAc > 2:370471‑M1/114‑116 (MQ=255) tctttcctgtgcgggtaaaacatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAAc < 1:370471‑M1/3‑1 (MQ=255) cGGTGCGATCCTCACCCTGTGGCTGGGTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGc < 2:114136/149‑1 (MQ=255) tGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGcccc < 4:117660/149‑1 (MQ=255) gATCCTCAACCTGTGGCTGGGTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCCGGGCGGGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGt < 7:343111/149‑1 (MQ=255) ccaCCTGTGGCGGGGGGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCGGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGc < 5:99958/147‑1 (MQ=255) acatccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtaAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGc > 3:38019‑M1/95‑149 (MQ=255) tccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCggg > 2:347975‑M1/92‑149 (MQ=255) tccttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtaAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCggg > 5:287231‑M1/92‑149 (MQ=255) cttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaacctggagaccgagtcggctgcttcgcgggtaAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCggg > 6:369784‑M1/90‑147 (MQ=255) cttctttgacaccaccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaacctggagaccgagtcggctgcttcgcgggtaAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCggg < 5:369784‑M1/58‑1 (MQ=255) tgGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGGTGATTAGA‑GGGTTAAACCCCACCTAAAGGTGGGTGGTGCCCGGCAGACCGCAAGGCCCCGGTTTGAGCGGGttga > 2:24590/1‑147 (MQ=255) ggCGGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTCCCCTGGGGGGGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGCCCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTTAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCAc < 6:257749/149‑1 (MQ=39) gCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTAGC‑GGGTAAAACCCCACCTACAGGTGGGTGCTGCCCAGAAAACCGCAAAGCCCCCGGAGGTCCggggtgaac > 7:76477/1‑143 (MQ=255) ggTTGGCGGGTGGCTGGCGAATACCCTGGGCGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 8:326989/149‑1 (MQ=255) caccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGa > 5:238445‑M1/78‑130 (MQ=255) caccataccgagaaatgtggacggcaacgaggggggctgtgaaaaaccttgagaccgagctgcctgcttcgcgggtgAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGa < 6:238445‑M1/53‑1 (MQ=255) ccTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTAGC‑GGGTAAACCCCCACCTACAAGTGGGTGCTGGCCTGAAGACGGCAACGCCCCAGGAGGAGCGGGTTAACCCGCGAAGCAGGCAGCACGGTATCaacg > 6:368057/1‑147 (MQ=255) gTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTca < 7:348748/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAgcaggcag < 1:41720/126‑1 (MQ=255) ggCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTg < 8:76477/149‑1 (MQ=255) gctgctTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTAtg > 6:300700/1‑149 (MQ=255) ttCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtctc < 6:73580/138‑1 (MQ=255) ttCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtctc > 5:73580/1‑138 (MQ=255) ttCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATggtggt > 3:308235/1‑149 (MQ=255) ttCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACAGTTCTCGGTATggtggt > 7:173226/1‑149 (MQ=255) gc‑gGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGgtgt < 1:24590/148‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCa > 1:67446/1‑148 (MQ=255) gctAAACCCGCTCCTACACGTGGGTGATGCCCGGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTAAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACAATTCTCGGTAAGGAGGTGTCa > 2:56897/3‑147 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCa > 6:270981/1‑146 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAaag > 2:284414/1‑147 (MQ=255) AACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAaagaa > 5:270981‑M1/1‑148 (MQ=255) | AGCCAGATTCGCCAGGCTGGGCCACGGGCGCTGGCCACCGGTGCGATCCTCAACCTGTGGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCGGTATGGTGGTGTCAAAGAA > NC_002947/4158939‑4159230 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |