New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4159083 = | 27 (0.450) | 9 (0.170) | 7/234 | NT | 29.6% | intergenic (+31/‑178) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4159143 = | 19 (0.360) | intergenic (+91/‑118) | PP_3661/PP_3662 | membrane protein/hypothetical protein |
GGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAA > NC_002947/4158997‑4159283 | ggCGGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTCCCCTGGGGGGGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGCCCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTTAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCAc < 6:257749/149‑1 (MQ=39) ggTTGGCGGGTGGCTGGCGAATACCCTGGGCGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 8:326989/149‑1 (MQ=255) ccTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTAGCGGGTAAACCCCCACCTACAAGTGGGTGCTGGCCTGAAGACGGCAACGCCCCAGGAGGAGCGGGTTAACCCGCGAAGCAGGCAGCACGGTATCaacg > 6:368057/1‑147 (MQ=255) gTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTca < 7:348748/149‑1 (MQ=255) cAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAgcaggcag < 1:41720/126‑1 (MQ=255) ggCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTg < 8:76477/149‑1 (MQ=255) gctgctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTAtg > 6:300700/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtct‑c < 6:73580/138‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTtct‑c > 5:73580/1‑138 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATggtggt > 3:308235/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACAGTTCT‑CGGTATggtggt > 7:173226/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGgtgt < 1:24590/148‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCa > 1:67446/1‑148 (MQ=255) gctAAACCCGCTCCTACACGTGGGTGATGCCCGGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTAAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACAATTCT‑CGGTAAGGAGGTGTCa > 2:56897/3‑147 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCa > 6:270981/1‑146 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAaag > 2:284414/1‑147 (MQ=255) AACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAaagaa > 5:270981‑M1/1‑148 (MQ=255) cccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttTACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGa > 5:287231‑M2/59‑149 (MQ=255) cccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttTACCCGCGAAGCAGCCGACTCGGTCTCCAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAaagaag > 6:369784‑M2/59‑147 (MQ=255) cccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttTACCCGCGAAGCAGCCGACTCGGTCTCCAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAaagaag < 5:369784‑M2/89‑1 (MQ=255) cccgctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGa > 2:347975‑M2/59‑149 (MQ=255) CCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTc > 6:98119‑M1/1‑94 (MQ=255) CCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTc < 5:98119‑M1/94‑1 (MQ=255) CGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATg > 5:300700‑M1/1‑149 (MQ=255) gctcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttTACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGt > 3:38019‑M2/56‑149 (MQ=255) CTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGtt > 4:108109‑M1/1‑149 (MQ=255) tcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTAtggtg > 5:238445‑M2/54‑130 (MQ=255) tcctacaggggccttgccgtcttcagggcagcacccacctgtaggagcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTAtggtg < 6:238445‑M2/77‑1 (MQ=255) CTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGAAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGttt > 3:368547‑M1/1‑147 (MQ=255) GTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGttttt < 1:225369‑M1/81‑1 (MQ=255) GTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCGCGGTCTCAAGGttttt > 2:225369‑M1/1‑81 (MQ=255) tgggtgCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGcac < 5:368057/149‑1 (MQ=255) cTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACtt < 8:173226/149‑1 (MQ=255) cTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACt > 6:200480/1‑148 (MQ=255) cagggcagcacccacctgtaggagcgggttTACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTa < 4:38019‑M2/117‑1 (MQ=255) gggcagcacccacctgtaggagcgggttTACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCCCAGGAAAGACTTAGATg < 6:287231‑M2/121‑1 (MQ=255) gACGGCAATGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCTCCGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGAt < 1:284414/149‑1 (MQ=255) cctgtaggagcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCAt > 5:19783‑M2/17‑149 (MQ=255) cctgtaggagcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCAt > 8:31218‑M2/17‑149 (MQ=255) taggagcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGtc > 2:376392‑M2/13‑148 (MQ=255) agcgggttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCaa < 1:342132‑M2/141‑1 (MQ=255) gttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGa > 2:370471‑M2/4‑116 (MQ=255) gttCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGa < 1:370471‑M2/113‑1 (MQ=255) | GGCTGGTTGGCGGGGGGCTGGCGATTACCCTGGGGGTGCAGAAGCTGTTGGGCTGACTGGAGACCGAGTCGGCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTGGGTGCTGCCCTGAAGACGGCAAGGCCCCTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGCAGGCAGCTCGGTCTCAAGGTTTTTCACAGCCCCCCTCGTTGCCGTCCACATTTCT‑CGGTATGGTGGTGTCAAAGAAGGATGTTTTACCCGCACAGGAAAGACTTAGATGCCTCAACGCCATGTCATCAA > NC_002947/4158997‑4159283 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |