New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5874558 | 36 (0.600) | 4 (0.070) | 5/244 | NT | 9.8% | intergenic (‑50/+98) | PP_5148/ilvA‑II | membrane protein/threonine deaminase |
? | NC_002947 | = 5874618 | 41 (0.740) | intergenic (‑110/+38) | PP_5148/ilvA‑II | membrane protein/threonine deaminase |
GAGCGCGCCAGGTCCAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGT > NC_002947/5874412‑5874702 | gAGCGCGCCAGGTCCAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTAc < 1:352096/149‑1 (MQ=255) gAGCGCGCCAGGTCCAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTAc < 3:69767/149‑1 (MQ=255) gcCAGGTCCAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTc > 1:17015/1‑149 (MQ=255) cAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCaa < 7:224189/148‑1 (MQ=255) cAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAg < 1:20081/149‑1 (MQ=255) gATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGt < 7:81504/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTAtct < 2:49297/149‑1 (MQ=255) gCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTAtc < 2:17015/148‑1 (MQ=255) gCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGc > 7:300906/1‑149 (MQ=255) gCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGc < 8:300906/149‑1 (MQ=255) cccAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGcc < 2:116976/149‑1 (MQ=255) gcgcCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAgg < 4:330100/149‑1 (MQ=255) gcCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGcc > 7:257336/1‑149 (MQ=255) ccAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTg > 8:243902/1‑149 (MQ=255) aCAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGGCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGt < 7:133352/149‑1 (MQ=255) gcagcGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTAcc > 7:49007/1‑149 (MQ=255) gcgcGGTGTCTATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTGCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTTCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCtgt < 3:143267/149‑1 (MQ=255) ggTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGa < 7:243902/149‑1 (MQ=255) gCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTTGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCTGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCgg < 7:242285/149‑1 (MQ=255) gatgatGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGc < 2:116812/149‑1 (MQ=255) tgtgCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTgcccgctcccacaggtactgcgcaggcctcaaggcctgagataccttggcaggagcgggtaagcc < 8:248738‑M1/149‑66 (MQ=255) aGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCaagcccgcg < 7:161676‑M2/148‑10 (MQ=255) ggTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTacccgctcctgccaaggtatcgcaggcctcaaggcctgagataccttggcaggagcgggtaagcccgcg > 5:105444‑M1/1‑77 (MQ=255) tCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCGCAGGCCTCAAGGCCTGAG‑A‑TACCTTGGCAGGAGCGGGTaagcccgcgaagaa > 6:105444‑M2/1‑135 (MQ=255) tGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGc > 4:108375/1‑148 (MQ=255) tCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTgc > 4:22962/1‑102 (MQ=255) tCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTgc < 3:22962/102‑1 (MQ=255) tCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCt < 2:121594/149‑1 (MQ=255) cAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTgcccgctcccacaggtactgcgcaggcctcaaggcctgagataccttggcaggagcgggtaag > 6:81439‑M1/1‑62 (MQ=255) cAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTgcccgctcccacaggtactgcgcaggcctcaaggcctgagataccttggcaggagcgggtaag < 5:81439‑M1/125‑64 (MQ=255) ccACCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGc < 4:291838/148‑1 (MQ=255) ctctcGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCt > 5:367144/1‑148 (MQ=255) tctcGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCAAGCTTAGCCGCt > 8:255122/1‑147 (MQ=255) ttAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAg > 7:275753/1‑149 (MQ=255) aaaCTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGtt > 1:252771/1‑149 (MQ=255) aaaCTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGt < 8:49007/148‑1 (MQ=255) gCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCTATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAg < 3:108375/148‑1 (MQ=255) gCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAgg > 7:353982/1‑149 (MQ=255) cATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGc > 8:352949/1‑149 (MQ=255) ttcttcGCGGGCTTacccgctcctgccaaggtatctcaggccttgaggcctgcgataccttggcaggagcgggtaagcccgcgaagaagctaccgcaaaatgccagtttaaggacgaccgagagatggaacacctgaccacgctcaaga > 6:105444‑M1/1‑14 (MQ=255) ttcttcGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGtct > 8:187405/1‑149 (MQ=255) cttcGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCgg < 1:148913/136‑1 (MQ=255) cttcGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGtctc < 8:161676/148‑1 (MQ=255) cgcgGGCTTgcccgctcccacaggtactgcgcaggcctcaaggcctgagataccttggcaggagcgggtaagcccgcgaagaagctaccgcaaaatgccagtttaaggacgaccgagagatggaacacctgaccacgctcaagaccct < 7:161676‑M1/148‑140 (MQ=255) cgcgGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCG‑A‑TACCTTGGCAGGAGCGGGTaagcccgcgaagaagctaccgcaaaatgccagtttaaggacgaccgagagatggaacacctgaccacgctcaagacc > 5:105444‑M2/1‑69 (MQ=255) gcgGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGAAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTcc > 7:356112/1‑148 (MQ=255) cgGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCa < 8:257336/149‑1 (MQ=255) ggCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCaagcccgcgaagaagctaccgcaaaatgccagtttaaggacgaccgagagatggaacacctgaccacgctcaagaccctgcaca < 8:248738‑M2/149‑85 (MQ=255) cTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCaagcccgcgaagaagctaccgcaaaatgccagtttaaggacgaccgagagatggaacacctg > 6:81439‑M2/1‑63 (MQ=255) cTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCaagcccgcgaagaagctaccgcaaaatgccagtttaaggacgaccgagagatggaacacctg < 5:81439‑M2/125‑63 (MQ=255) ttACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACa > 6:370594/1‑113 (MQ=255) ttACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACa < 5:370594/113‑1 (MQ=255) | GAGCGCGCCAGGTCCAGATCGCCAGGCCCAGGGCGCCCAGAAACAGCAGCGCGGTGGCGATGATGTGCAGGGTCTTGAGCGTGGTCAGGTGTTCCATCTCTCGGTCGTCCTTAAACTGGCATTTTGCGGTAGCTTCTTCGCGGGCTTACCCGCTCCTGCCAAGGTATCTCAGGCCTTGAGGCCTGCGCAGTACCTGTG‑‑GGAGCGGGCAAGCCCGCGAAAGGGCCATCAGCCCTAGCTTAGCCGCTCAGCCCAGGAACAGTTTGTAGGCCGGGTTTTCGGTCTCGTCCCAGT > NC_002947/5874412‑5874702 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |