New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 111497 | 55 (0.910) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 5.7% | coding (1517/1590 nt) | ctaD | cytochrome c oxidase subunit 1 |
? | NC_002947 | = 111528 | 46 (0.790) | coding (1548/1590 nt) | ctaD | cytochrome c oxidase subunit 1 |
GTGTCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTACGAC > NC_002947/111385‑111675 | gtgtCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcgcc < 4:318705‑M2/149‑6 (MQ=255) gtcgtcGCTCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGGCGATACCCTCGCCTGCGCCCt < 2:301682/149‑1 (MQ=255) gtcgATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTAc > 5:40935/1‑148 (MQ=255) gtcgATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTAc > 7:154340/1‑148 (MQ=255) tcgATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGTCGACGAGTGCCTTGAGTGGTCGATACACTCGCCTGCGCCCTAcc > 7:121698/1‑148 (MQ=255) gATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGAGGTCGAAACCCTCGCCAGCGCCCTACcaca > 2:57175/1‑149 (MQ=255) gcgcGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTc > 5:371347/1‑149 (MQ=255) gTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGa > 1:126791/1‑149 (MQ=255) gTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGa < 5:232865/149‑1 (MQ=255) cATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTcc > 3:10283/1‑143 (MQ=255) cATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTcc < 4:10283/143‑1 (MQ=255) ttCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCAGCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACAccccc < 2:129873/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCCACGCAGATCTTGTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGGGGTTGCGCGTCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCTCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCAGTCCTTCCAGACAccgccg < 8:104610/149‑1 (MQ=255) gcgcCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGaa < 2:263287/149‑1 (MQ=255) cgcCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAg < 7:213543/149‑1 (MQ=255) ccACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTg < 3:244610/149‑1 (MQ=255) gCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGGTGCATCCGCGTTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGaa > 1:223332/1‑148 (MQ=255) gCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAAt < 6:40935/149‑1 (MQ=255) gCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAAt < 6:371347/149‑1 (MQ=255) cAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATa < 3:318705/149‑1 (MQ=255) aGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCACACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAg > 8:324060/1‑149 (MQ=255) cTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACGCCCGGAAGCGAAATAGGAACCCGCCa < 7:252122/148‑1 (MQ=255) ttCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGCGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGACGATACCCTCGCCTGCGCCCAACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGACCCCGCCATGaa > 6:187650/1‑149 (MQ=255) ttGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCTGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGc < 5:187650/149‑1 (MQ=255) ttGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGc > 8:52167/1‑149 (MQ=255) ttGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGc < 1:57175/149‑1 (MQ=255) gTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTg > 5:51511/1‑148 (MQ=255) gTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTg > 7:344553/1‑148 (MQ=255) aTCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAAt > 2:197009/1‑115 (MQ=255) aTCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAAt < 1:197009/115‑1 (MQ=255) aTCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACg > 1:158720/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACcac < 5:278526/84‑1 (MQ=255) cgcgGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACcac > 6:278526/1‑84 (MQ=255) cgcgGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCt < 8:154340/149‑1 (MQ=255) ccGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCt > 8:317023/1‑149 (MQ=255) ccGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCt < 2:223332/149‑1 (MQ=255) ggCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGt < 1:84593/149‑1 (MQ=255) ccGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGAt < 6:84006/149‑1 (MQ=255) ccAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGaa < 3:303809/95‑1 (MQ=255) ccAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGaa > 4:303809/1‑95 (MQ=255) aaaCCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGAc < 2:158720/149‑1 (MQ=255) cTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACggtgg > 5:57319/1‑149 (MQ=255) tGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcacttgatgacaatgaacaggaagaagatctgcgtggcgccgaacatgaacgcgccgatcga < 6:78326‑M2/149‑108 (MQ=255) gATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcacttgatgacaatgaacaggaagaagatctgcgtggcgccgaacatgaacgcgccgatcgacga < 5:229715‑M2/149‑111 (MQ=255) gcgcCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTc < 2:126791/149‑1 (MQ=255) gcCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGc < 6:51511/149‑1 (MQ=255) gAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcacttgatgacaatgaacaggaagaagatctgcgtggcgccgaacatgaacgcgccgatcgacgacaccatgtt > 6:229715‑M2/1‑30 (MQ=255) tggCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCg < 8:107216/148‑1 (MQ=255) gTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCgcgc > 2:244156/1‑149 (MQ=255) tCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTAGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGt > 7:54330/1‑149 (MQ=255) gATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGCCACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGCACCGCCTTGTAACGCGCCTGTTGCTGCTGACGGTGGTTATGTTCGCCTTAGGCTTCGCGATGGTg > 4:232459/1‑148 (MQ=255) ccTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTAAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGATTCGCGCTGGTGCCGATc > 2:279164/1‑149 (MQ=255) ccTCGCCTGCGCCCTACCACACCATCCAGCCACCCCCGGAAGTCAAATAGGAACCCGCCATCAACGGCCTGACGGTGAACCGCCTCGTAACGCGCCTCTTGATGCTGACGCTGGAGCTGTTAGCCTTCGGCTTCGCGCTCGTGCCGAt > 5:147513/1‑148 (MQ=255) tCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTa > 7:333870/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCCCTAACACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACACGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGGCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCATTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTacga < 8:121698/149‑1 (MQ=255) cTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTacgac < 7:324060/149‑1 (MQ=255) tGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGt < 4:76336/135‑1 (MQ=255) tGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGt > 3:76336/1‑135 (MQ=255) | GTGTCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAA‑GTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTACGAC > NC_002947/111385‑111675 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |