New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1572718 = | 51 (0.850) | 5 (0.090) | 5/258 | NT | 9.9% | coding (840/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
? | NC_002947 | 1572750 = | 42 (0.720) | coding (872/1353 nt) | pcaB | 3‑carboxy‑cis,cis‑muconate cycloisomerase |
GTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCC > NC_002947/1572605‑1572896 | gTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGAt < 4:9449/149‑1 (MQ=255) gcagggtttcccactcggcatgccataggcccaggctgcgttcgtgctcctgaggcatggctgcgaacagcgtcgacagcaggcccggcacgcgggtcgcggcaccgatcaACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCg > 3:142419‑M1/112‑149 (MQ=255) cTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGAc < 6:20577/149‑1 (MQ=255) tGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTAGCTGATGCAAACCGATGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGAGTTGATCGGTGCAGCGAcc > 7:267212/1‑149 (MQ=255) cAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCcgcg > 3:110812/1‑149 (MQ=255) atgccataggcccaggctgcgttcgtgctcctgaggcatggctgcgaacagcgtcgacagcaggcccggcacgcgggtcgcggcaccgatcaACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATc < 5:184217‑M1/37‑1 (MQ=255) atgccataggcccaggctgcgttcgtgctcctgaggcatggctgcgaacagcgtcgacagcaggcccggcacgcgggtcgcggcaccgatcaACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATc > 6:184217‑M1/93‑129 (MQ=255) cGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCct > 5:125832/1‑149 (MQ=255) gTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTTCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCctg < 7:158483/149‑1 (MQ=255) atatCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCctgctg > 3:67994/1‑149 (MQ=255) tCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTc > 7:9597/1‑148 (MQ=255) tgcgttcgtgctcctgaggcatggctgcgaacagcgtcgacagcaggcccggcacgcgggtcgcggcaccgatcaACACGGCGGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGa < 3:225239‑M1/35‑1 (MQ=255) tgcgttcgtgctcctgaggcatggctgcgaacagcgtcgacagcaggcccggcacgcgggtcgcggcaccgatcaACACGGCGGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGa > 4:225239‑M1/76‑110 (MQ=255) gCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTg < 4:37537/148‑1 (MQ=255) gCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTg < 1:73789/148‑1 (MQ=255) aTGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCg > 6:339749/1‑148 (MQ=255) aTGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCg > 6:334077/1‑148 (MQ=255) cAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAg < 7:318617/148‑1 (MQ=255) cAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGc > 1:19074/1‑149 (MQ=255) aaaCCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGAGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGc > 4:260783/1‑148 (MQ=255) aCCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCAt > 3:248056/1‑149 (MQ=255) cGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGc > 8:138941/1‑149 (MQ=255) aGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTTGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCt < 2:213630/149‑1 (MQ=255) ggCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTc < 3:200920/149‑1 (MQ=255) gAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCa > 2:178977/1‑149 (MQ=255) gAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCa < 1:9416/149‑1 (MQ=255) gtgtTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGc > 2:309702/1‑108 (MQ=255) gtgtTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGc < 1:309702/108‑1 (MQ=255) gtTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGGCTCAGGAGCACGaag > 8:326620/1‑148 (MQ=255) tttGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACg > 8:301217/1‑149 (MQ=255) ttGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGCCCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGAGTTGATCGGTGCCGAGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGATTGTCGCAGCCAGGCCTCAGGAGCACGAACg > 6:311863/1‑148 (MQ=255) aGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGc < 4:67994/149‑1 (MQ=255) ccTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCt < 1:178977/149‑1 (MQ=255) gggCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATgg > 4:25474/1‑148 (MQ=255) aGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGcc < 5:189050/149‑1 (MQ=255) ggtggtTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGa < 4:248056/149‑1 (MQ=255) gtTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTg < 3:25474/148‑1 (MQ=255) ttcGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCAGAGTGGGaaa > 8:205110/1‑149 (MQ=255) tcGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAAc > 1:182282/1‑149 (MQ=255) cGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGaaa < 2:19074/147‑1 (MQ=255) aCCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCt > 1:317074/1‑149 (MQ=255) cgatcaacacggcggcacccaccgggttgcgcttgtgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGc > 3:142419‑M2/39‑149 (MQ=255) gatcaacacggcggcacccaccgggttgcgcttgtgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCAt > 6:184217‑M2/38‑129 (MQ=255) gatcaacacggcggcacccaccgggttgcgcttgtgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCAt < 5:184217‑M2/92‑1 (MQ=255) tGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCg > 6:189399/1‑149 (MQ=255) tcaacacggcggcacccaccgggttgccgccgtgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCa > 4:225239‑M2/36‑110 (MQ=255) tcaacacggcggcacccaccgggttgccgccgtgtTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCa < 3:225239‑M2/75‑1 (MQ=255) aaGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGAGCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCGGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGTGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATctg < 7:235920/149‑1 (MQ=255) aGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGATTGGGAAACCCTGCCGGATATctgc > 3:69870/1‑149 (MQ=255) gcgcAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATctgct > 4:211095/1‑149 (MQ=255) gcgcAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGCTGACGCGACCCGTGTCCCGAGCATGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATctgct > 2:195778/1‑149 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTg < 4:110812/149‑1 (MQ=255) tgggtgCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTctct < 7:301217/149‑1 (MQ=255) tTGATCGGTGCCGGGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGcc < 4:69870‑M2/147‑1 (MQ=255) tTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTgcgc > 4:266373‑M2/2‑147 (MQ=255) tTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCAGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTgcgc > 4:288328‑M2/2‑147 (MQ=255) | GTTGCCGGCAGCCTGGGCAAGTTCGGCCGTGATATCAGCTTGCTGATGCAAACCGAGGCGGGGGAGGTGTTTGAGCCTTCTGCGCCGGGCAAGGGTGGTTCTTCGACCATGCCACACAAGCGCAACCCGGTGGGTGCCGCCGTGTTGATCGGTGCCGCGACCCGCGTGCCGGGCCTGCTGTCGACGCTGTTCGCAGCCATGCCTCAGGAGCACGAACGCAGCCTGGGCCTATGGCATGCCGAGTGGGAAACCCTGCCGGATATCTGCTGCCTGGTCTCTGGCGCCCTGCGCC > NC_002947/1572605‑1572896 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |