New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1690012 | 39 (0.650) | 5 (0.090) | 5/254 | NT | 10.8% | coding (819/1146 nt) | ydcS | polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine‑binding protein |
? | NC_002947 | = 1690047 | 45 (0.780) | coding (784/1146 nt) | ydcS | polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine‑binding protein |
ACCTTAGGTTGCAACGACCAGTCCATCCACTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTATTGTGCCTCGTTCA > NC_002947/1689899‑1690193 | aCCTTAGGTTGCAACGACCAGTCCATCCACTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCAtt > 2:96249/1‑149 (MQ=255) cTTAGGTTGCAACGACCAGTCCATCCACTTGTCGGCGCATTTGGGGTGCTTGGCCGCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGGCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTga > 7:5301‑M2/1‑147 (MQ=255) cTTAGGTTGCAACGACCAGTCCATCCACTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTga < 6:22446‑M2/149‑3 (MQ=255) cTTAGGTTGCAACGACCAGTCCATCCACTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTga < 1:305374‑M2/149‑3 (MQ=255) aCCTGTCCATCCACTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTTCAGCATGGTGGTGTCGGCCCATCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGTGGCCATTGACCATGTAGCCCCAg < 7:291774/149‑1 (MQ=255) tccatccaCTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGGCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCt < 1:201514/149‑1 (MQ=255) accatccaCTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCt > 6:193501/2‑149 (MQ=255) catccaCTTGTAGGCGCAATTTGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATTGGGGTGGCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTTGGAATGGTCGAGTGCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCtt < 1:96249/149‑1 (MQ=255) atccaCTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCTGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGccc < 3:200560/138‑1 (MQ=255) atccaCTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGccc > 4:200560/1‑138 (MQ=255) tccaCTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAg < 1:276822/149‑1 (MQ=255) tccaCTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAg < 3:139747/149‑1 (MQ=255) ggCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACg < 2:305374/148‑1 (MQ=255) cgcAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCt > 4:162760/1‑149 (MQ=255) gcAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCtt > 3:18955/1‑149 (MQ=255) ggggTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGttt < 4:18955/148‑1 (MQ=255) ggTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGttttt > 5:158906/1‑148 (MQ=255) gCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCt < 3:10315/132‑1 (MQ=255) gCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCt > 4:10315/1‑132 (MQ=255) ggCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATc < 6:201599/148‑1 (MQ=255) gtCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGc > 2:198956/1‑148 (MQ=255) tCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGcc > 7:249291/1‑148 (MQ=255) ggCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCaa > 3:302836/1‑148 (MQ=255) ggCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCaa > 6:139697/1‑148 (MQ=255) ggCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGGCATGCCaa > 2:36177/1‑148 (MQ=255) gCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCCTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCaa > 2:338569/1‑147 (MQ=255) ccAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGc > 3:85238/1‑149 (MQ=255) gCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGt < 5:22446/149‑1 (MQ=255) gCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTGTCACATCGCTCATCTGGACCGTg > 3:298606/1‑130 (MQ=255) gCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTCTCACATCGCTCATCTGGACCGTg < 4:298606/130‑1 (MQ=255) ccGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTg < 6:158906/149‑1 (MQ=255) ccGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTg < 4:302836/149‑1 (MQ=255) ctcctTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGgtt < 8:249291/149‑1 (MQ=255) ctTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTgaccattcccaaggagggcgcgaccggctgggccgacaccaccatgctgcacgccgaggccaagcaccccaattgcgcctacaagtggatggactggtcgt < 4:349899‑M2/149‑102 (MQ=255) ttGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAg > 5:224401/1‑63 (MQ=255) ttGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAg < 6:224401/63‑1 (MQ=255) ttGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGt > 7:99431/1‑133 (MQ=255) ttGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGt < 8:99431/133‑1 (MQ=255) gggAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTgaccattcccaaggagggcgcgaccggctgggccgacaccaccatgctgcacgccgaggccaagcaccccaattgcgcctacaagtggatggactggtcgttg < 5:154554‑M2/148‑104 (MQ=255) gggAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTgaccattcccaaggagggcgcgaccggctgggccgacaccaccatgctgcacgccgaggccaagcaccccaattgcgcctacaagtggatggactggtcgtt > 3:349899‑M2/1‑45 (MQ=255) ggTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGgcg > 4:356389/1‑147 (MQ=255) gTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCgcag > 8:340016/1‑149 (MQ=255) tCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCC‑TCgaccattcccaaggagggcgcgaccggctgggccgacaccaccatgctgcacgccgaggccaagcaccccaattgcgcctacaagt > 6:290531‑M2/1‑36 (MQ=255) tCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCC‑TCgaccattcccaaggagggcgcgaccggctgggccgacaccaccatgctgcacgccgaggccaagcaccccaattgcgcctacaagt < 5:290531‑M2/122‑87 (MQ=255) tctcGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGgcgc > 7:133436/1‑128 (MQ=255) tctcGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGgcgc < 8:133436/128‑1 (MQ=255) tcGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCTGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTa < 7:340016/149‑1 (MQ=255) tcGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTa > 8:131206/1‑149 (MQ=255) cGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGgttgtt > 7:278617/1‑117 (MQ=255) cGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGgttgtt < 8:278617/117‑1 (MQ=255) ggCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTAtt > 7:14186/1‑149 (MQ=255) ggCCCTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTa < 1:338569/147‑1 (MQ=255) gAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCTTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTATTGTGCCt > 4:232924/1‑149 (MQ=255) gCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTATTGTGCCTCGt > 6:68341/1‑149 (MQ=255) aTTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTATTGTGCCTCGTTCa < 7:131206/149‑1 (MQ=255) | ACCTTAGGTTGCAACGACCAGTCCATCCACTTGTAGGCGCAATTGGGGTGCTTGGCCTCGGCGTGCAGCATGGTGGTGTCGGCCCAGCCGGTCGCGCCCTCCTTGGGAATGGTCGAG‑GCCACTGGCTGGTTCTCGGCCTTGAGGCCATTGACCATGTAGCCCCAGGAGCTTGAGGCAACCACGCCTTCGTTTTTCACATCGCTCATCTGGACCGTGGCGTCATGCCAATAGCGGTGGATCAGCGGTTGTTGCTGGCGCAGCAGTTCCAGCACGGCCTTGTATTGTGCCTCGTTCA > NC_002947/1689899‑1690193 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |