New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1058458 | 46 (0.760) | 4 (0.070) | 4/250 | NT | 7.6% | coding (430/597 nt) | sodB | superoxide dismutase |
? | NC_002947 | = 1058535 | 54 (0.950) | coding (353/597 nt) | sodB | superoxide dismutase |
AACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAACCGAAAGCGGCGTTGATGGCG > NC_002947/1058316‑1058603 | aaCTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGgc < 3:203950/149‑1 (MQ=255) tCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGAt > 6:198599/1‑149 (MQ=255) ggCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTTCTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATg < 2:39973/148‑1 (MQ=255) ggCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATg < 5:198599/148‑1 (MQ=255) ggCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATg < 8:281171/148‑1 (MQ=255) gCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGt > 8:313960/1‑149 (MQ=255) gAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAccttcggttccggctggggc > 2:216248‑M1/1‑129 (MQ=255) aaGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTGGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTggc < 8:307912/149‑1 (MQ=255) cccAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTggccagg > 2:367834/1‑149 (MQ=255) gACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGgccagggccagg < 7:313960/148‑1 (MQ=255) ccAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGaa < 6:100105/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAccttcggttccggctggggctggctggtgaaga > 6:93974‑M1/1‑114 (MQ=255) ttCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTc < 8:215752/149‑1 (MQ=255) aGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCt > 6:293320/1‑149 (MQ=255) gAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCg > 1:295469/1‑115 (MQ=255) gAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCg < 2:295469/115‑1 (MQ=255) gCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTttctt < 5:293320/149‑1 (MQ=255) ccTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTttcttc < 1:367834/149‑1 (MQ=255) tACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCAccagcca > 7:349741/1‑149 (MQ=255) cTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACcagccagc > 1:126126/1‑149 (MQ=255) gCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTAACCAGCCAGCCCAAGCCg > 6:266365/1‑149 (MQ=255) ggTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGGGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAg < 2:352231/149‑1 (MQ=255) ggTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGAGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAg < 5:378774/149‑1 (MQ=255) gATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGtgccca < 8:299458‑M2/149‑7 (MQ=255) aTGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAccttcggttccggctggggctggctggtgaagaaagctgacggttccctggccctcgccagcaccatcggcgccggctgcccac < 1:216248‑M1/149‑85 (MQ=255) tGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAccttcggttccggctggggctggctggtgaagaaagctgacggttccctggccctggccagcaccatcggcgccggctgcccact < 5:93974‑M1/149‑86 (MQ=255) tGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTAAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTAACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCAcc > 6:331627/1‑149 (MQ=255) ggCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTc < 2:126126/148‑1 (MQ=255) gCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCtt > 7:242424/1‑149 (MQ=255) cGTGTTCCCAGACGTCGCAGGGCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTg < 6:172738/149‑1 (MQ=255) gtgtTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGtgccc > 4:218368‑M2/1‑131 (MQ=255) gtgtTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGtgccc < 3:218368‑M2/136‑6 (MQ=255) ttCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGCTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCGCAGCCGGAACCGAATGTGCCCACCGAAGTCTTGGTg > 2:173638/1‑148 (MQ=255) ccAGACGTCGCAGGTCAGCGGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAAct > 1:144206/1‑149 (MQ=255) ccAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTgg < 5:234585/143‑1 (MQ=255) ccAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTgg > 6:234585/1‑143 (MQ=255) ccAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAAct > 4:35892/1‑149 (MQ=255) ccAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAAct > 4:276433/1‑149 (MQ=255) aGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAg < 5:313004/122‑1 (MQ=255) aGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAg > 6:313004/1‑122 (MQ=255) gCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTg > 3:247285/1‑148 (MQ=255) cAGGTCAGCGGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGaa < 2:144206/149‑1 (MQ=255) tCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTg > 1:282/1‑149 (MQ=255) agcGGGGTGTCGCCGCTGGTAAGTCGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGaa < 6:216526/149‑1 (MQ=255) gcGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGACAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAg < 5:266365/149‑1 (MQ=255) cGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAg > 1:291802/1‑148 (MQ=255) gggTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGaa < 3:276433/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAAc < 2:282/149‑1 (MQ=255) gtgtCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAAcc < 1:351673/149‑1 (MQ=255) gccgcTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAACCGAAAg > 1:166450/1‑149 (MQ=255) ccggTGTTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGGCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCACCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCgta < 4:350372/137‑3 (MQ=255) ccgcTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCCAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGaa > 3:350372/1‑137 (MQ=255) aGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGtgcccactgaccagcggcgacaccccgctgctgacctgcgacgtctgggaacacgcctactaca < 5:93974‑M2/149‑65 (MQ=255) gTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCGAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGtgcccactgaccagcggcgacaccccgctgctgacctgcgacgtctgggaacacgcctactacat < 1:216248‑M2/149‑66 (MQ=255) gTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAACCGAAAGCGGCGTTGATg < 4:247285/149‑1 (MQ=255) tGGGCAccttcggttccggctggggctggctggtgaagaaagctgacggttccctggccctggccagcaccatcggcgccggctgcccactgaccagcggcgacaccccgctgctgacctgcgacgtctgggaacacgcctactacatc < 8:299458‑M1/149‑144 (MQ=255) gggCAccttcggttccggctggggctggctggtgaagaaagctgacggttccctggccctggccagcaccatcggcgccggctgcccactgaccagcggcgacaccccgctgctgacctgcgacgtctgggaacac < 3:218368‑M1/136‑132 (MQ=255) gggCAccttcggttccggctggggctggctggtgaagaaagctgacggttccctggccctggccagcaccatcggcgccggctgcccactgaccagcggcgacaccccgctgctgacctgcgacgtctgggaacac > 4:218368‑M1/1‑5 (MQ=255) ggCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAACCGAAAGCGGCGTTGATGGCg > 4:179519/1‑149 (MQ=255) ggCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGCGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCTGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAACCGAAAGCGGCGTTGATGGc < 4:277614/148‑1 (MQ=255) | AACTGCTCGGCAACGAAGGCCCAGTTGACCAGGTTCCAGAACGCCTCGACGTACTTCGGACGCAGGTTGCGGTAGTCGATGTAGTAGGCGTGTTCCCAGACGTCGCAGGTCAGCAGCGGGGTGTCGCCGCTGGTCAGTGGGCAGCCGGCGCCGATGGTGCTGGCCAGGGCCAGGGAACCGTCAGCTTTCTTCACCAGCCAGCCCCAGCCGGAACCGAAGGTGCCCACCGAAGTCTTGGTGAACTCTTCCTTGAACTTGTCGAAGGAACCGAAAGCGGCGTTGATGGCG > NC_002947/1058316‑1058603 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |