New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2457323 | 72 (1.200) | 5 (0.090) | 4/248 | NT | 6.6% | coding (394/999 nt) | PP_2150 | thiamine biosynthesis lipoprotein |
? | NC_002947 | = 2457369 | 73 (1.290) | coding (440/999 nt) | PP_2150 | thiamine biosynthesis lipoprotein |
CAGTGCCTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGC > NC_002947/2457176‑2457470 | cAGTGCCTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCGGGCCCGTCACGAGCAAGTGcc < 3:84143/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCg > 5:126378/1‑148 (MQ=255) tGCCTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCg > 7:284481/1‑148 (MQ=255) ccTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGaa < 2:337012/148‑1 (MQ=255) ccTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGCCCCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGATTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAAc > 1:42341/1‑149 (MQ=255) cTGACTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAAc > 5:153210/1‑148 (MQ=255) gCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACca > 3:134829/1‑147 (MQ=255) ctctGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAg < 2:256243/149‑1 (MQ=255) tctGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAgg < 3:4705/149‑1 (MQ=255) ccgcaTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGACATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGACCGACAAGAGCAAGTGCtggtaacccacacgct > 6:268244‑M1/1‑133 (MQ=255) gccTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTgg < 6:126378/149‑1 (MQ=255) gccTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTgg > 7:188516/1‑149 (MQ=255) gccTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTgg > 7:27745/1‑149 (MQ=255) gccTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGACCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTgg > 2:272626/1‑149 (MQ=255) tGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGcc > 5:138001/1‑148 (MQ=255) gCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTgc > 5:232048/1‑149 (MQ=255) tCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAg > 6:101025/1‑143 (MQ=255) tCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAg < 5:101025/143‑1 (MQ=255) gcgTTGGTCAGCCTGGGTGAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGAGTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGcc < 8:181320/148‑1 (MQ=255) 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aGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAgca > 7:9613‑M2/1‑145 (MQ=255) gCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcg < 6:23893‑M1/148‑58 (MQ=255) gCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctc < 6:295393‑M1/147‑57 (MQ=255) gCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctc < 5:268244‑M1/147‑57 (MQ=255) gAGCAGAGCGATGGCGCTTTGGATCTCACCGTAGAGCGATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCTAACGACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCAGTTGCGCGTCaa < 2:42341/149‑1 (MQ=255) 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aTGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGcc > 4:352818/1‑149 (MQ=255) aTGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGcc > 4:358547/1‑149 (MQ=255) gcgcTTTCGATCTCACGGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCATCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCtg < 7:41367/149‑1 (MQ=255) ttCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGc > 7:257917/1‑147 (MQ=255) gATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAgg < 8:188516/148‑1 (MQ=255) aCCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAgcacttgc < 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(MQ=255) gTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGAc > 3:312566/1‑149 (MQ=255) tCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACt < 7:351578/149‑1 (MQ=255) tCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACt > 5:76366/1‑149 (MQ=255) aCGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACtt < 7:73784/148‑1 (MQ=255) cGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAgcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggtgagatcgaaagcgccatcgctctgctcggc < 6:23893‑M2/148‑92 (MQ=255) gAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAgcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggtgagatcgaaagcgccatcgctctgctcggc < 6:295393‑M2/147‑92 (MQ=255) gAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAgcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggtgagatcgaaagcgccatcgctctgctcggc < 5:268244‑M2/147‑92 (MQ=255) gAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGAt > 1:251616/1‑149 (MQ=255) gAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGAt > 8:92962/1‑149 (MQ=255) gAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGAt > 4:105528/1‑149 (MQ=255) gAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCATGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGAt > 5:334177/1‑149 (MQ=255) gCAAGTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggt < 6:16037‑M1/115‑108 (MQ=255) gCAAGTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggt > 5:16037‑M1/1‑8 (MQ=255) gTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggtgagatcgaaagcgccatcgctctgctcggcaaggtgct < 5:233897‑M1/149‑146 (MQ=255) gTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggt < 1:330907‑M1/111‑108 (MQ=255) gTGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggt > 2:330907‑M1/1‑4 (MQ=255) gTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGGTCGCTgc > 3:363537/1‑149 (MQ=255) tGCtggtaacccacacgctggcgcacctgggccagtgcctgtggttcgggcacttgctcgtgacgggcctgagggccgaagccccacaagtcgagcaatggctctacggtgagatcgaaagcgccatcgctctgctcggcaaggtgct > 7:9613‑M1/1‑3 (MQ=255) cccGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTgcgc < 7:285104/148‑1 (MQ=255) | CAGTGCCTGGCTCTGCCGCCTGACATGCTCGCGTTGGTCAGCCTGGGTCAGCACCTTGCCGAGCAGAGCGATGGCGCTTTCGATCTCACCGTAGAGCCATTGCTCGACTTGTGGGGCTTCGGCCCTCAGGCCCGTCACGAGCAAGTGCCCGAACCACAGGCACTGGCCCAGGTGCGCCAGCGTGT‑GGGTTACCAGCACTTGCGCGTCAAAGGTCGAGCCCTGTGCAAGGATGCCCCGGTGCAGCTCGACTTCAACAGCATCGTCGCCGGTCATGCTGTCGACTTGATCGCTGCGC > NC_002947/2457176‑2457470 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |