| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2580903 = | 49 (0.810) | 4 (0.070) | 4/250 | NT | 8.2% | coding (125/867 nt) | PP_2262 | sugar ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 2580939 = | 43 (0.750) | coding (161/867 nt) | PP_2262 | sugar ABC transporter permease | |||||
GATGTGCTGCTGGAGACCGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTGGGTATAGGCATCGCT > NC_002947/2580756‑2581045 | ggcacaccgaggccatgcggcctttggttggcatggccagagcgatgcctatacccaatggaatttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtAc > 6:276779‑M1/148‑149 (MQ=255)gaTGTGCTGCTGGAGACCGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGAc > 4:225177/1‑149 (MQ=255) gcacaccgaggccatgcggcctttggttggcatggccagagcgatgcctatacccaatggaatttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcagctggcggtaca < 8:99603‑M1/3‑2 (MQ=255) tgctgGAGACCGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTc > 7:82896/1‑147 (MQ=255) tgctgGAGACCGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTACGACCAGTCCa > 6:327878/1‑149 (MQ=255) tgGAGACCGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGcc > 6:377785/1‑149 (MQ=255) ccGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGGCGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACt < 2:363398/149‑1 (MQ=255) cGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCa > 7:312357/1‑134 (MQ=255) cGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCa < 8:312357/134‑1 (MQ=255) aacaacAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGc < 8:82896/149‑1 (MQ=255) caacaaGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGcc > 4:254583/1‑148 (MQ=255) caaGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACt > 3:146233/1‑149 (MQ=255) aaGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTg < 3:225177/149‑1 (MQ=255) tgtCGAACAACCAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTTGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGTTGGTCAACTACTCGTTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTAc < 5:307264/149‑1 (MQ=255) tCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCg > 4:152218/1‑149 (MQ=255) gAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGc > 7:118754/1‑148 (MQ=255) gAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGc > 2:66044/1‑148 (MQ=255) gAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGc > 5:188301/1‑148 (MQ=255) aacaaGGCCGGGTGGCTGGTGCTGCCGGGGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGt < 4:303784/149‑1 (MQ=255) caaGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGtgc > 2:368801/1‑149 (MQ=255) tatacccaatggaatttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTAcc > 1:198854‑M1/99‑137 (MQ=255) tatacccaatggaatttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTAcc < 2:198854‑M1/39‑1 (MQ=255) ggCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGtgctgc < 5:377785/149‑1 (MQ=255) gtggCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGAcc > 7:99603/1‑149 (MQ=255) caatggaatttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtAc < 8:355077‑M1/2‑1 (MQ=255) caatggaatttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtAc > 7:355077‑M1/93‑94 (MQ=255) gCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCgg > 5:376325/1‑149 (MQ=255) tttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTa < 6:260766‑M1/37‑1 (MQ=255) tttcgatcagcaggacgcaggccgagtaaatgaactggcgcagcaatgcgtcgtgcagcgccgggtcgcgcagcacctggcggtACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTa > 5:260766‑M1/85‑121 (MQ=255) gctgcCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGAGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGc < 5:288736/149‑1 (MQ=255) gtgtTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCAGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCacgccg > 5:368688/1‑148 (MQ=255) ttCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCAtt > 5:18748/1‑149 (MQ=255) ccTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATtgc > 2:302347/1‑149 (MQ=255) gTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTTCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTg < 8:203995/93‑1 (MQ=255) gTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTg > 7:203995/1‑93 (MQ=255) gTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCa > 3:321996/1‑149 (MQ=255) ttCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCAt < 5:128227/149‑1 (MQ=255) cAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCAGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCAtt < 6:368688/148‑1 (MQ=255) gcgcGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCTAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCCGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTAc > 4:225335/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACt < 1:66044/149‑1 (MQ=255) ggtggtGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCgg < 3:254583/149‑1 (MQ=255) ggtggtGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCgg < 1:368801/149‑1 (MQ=255) gtggtgCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGc < 1:255269/149‑1 (MQ=255) ccGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGt > 6:215037/1‑149 (MQ=255) gaCGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGa > 8:26277/1‑149 (MQ=255) aCGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGa < 6:188301/148‑1 (MQ=255) aCGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGa < 8:118754/148‑1 (MQ=255) cGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATc < 3:152218/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATc < 8:124177/149‑1 (MQ=255) tggtCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGa > 4:212235/1‑148 (MQ=255) ggtCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGaaa > 1:102371/1‑149 (MQ=255) aaCTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTc > 5:126970/1‑148 (MQ=255) aaCTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTc < 2:102371/148‑1 (MQ=255) actCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTg > 2:159868/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACt > 6:253096/1‑115 (MQ=255) tCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACt < 5:253096/115‑1 (MQ=255) tCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTggg > 8:287866/1‑149 (MQ=255) cAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTGGGTATAg < 6:376325/148‑1 (MQ=255) aTCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTGGGTATAGGCATCGc > 7:246309/1‑149 (MQ=255) tCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTGGGTATAGGCATCGct > 5:34774/1‑149 (MQ=255) ACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTgg < 2:359748‑M1/129‑1 (MQ=255) ACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTgg > 1:359748‑M1/1‑129 (MQ=255) | GATGTGCTGCTGGAGACCGGGCCATGAACAACAAGGTGTCGAACAACAAGGCCTGGTGGCTGGTGCTGCCGGTGTTCCTGCTGGTCGCGTTCAGCGCGGTGGTGCCGATGATGACGGTGGTCAACTACTCGGTGCAGGACATCTTCGACCAGTCCAGCCGCTACTTCGTCGGTGCCGACTGGTACCGCCAGGTGCTGCGCGACCCGGCGCTGCACGACGCATTGCTGCGCCAGTTCATTTACTCGGCCTGCGTCCTGCTGATCGAAATTCCATTGGGTATAGGCATCGCT > NC_002947/2580756‑2581045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |