New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 319049 = | 62 (1.030) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 5.7% | coding (693/1815 nt) | PP_0264 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | 319095 = | 41 (0.720) | coding (647/1815 nt) | PP_0264 | sensor histidine kinase |
AGTTTCCTTGATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACGGCCGCGG > NC_002947/318950‑319242 | aGTTTCCTTGATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCgg < 8:80394/149‑1 (MQ=255) cTTGATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCgg > 4:355476/1‑143 (MQ=255) cTTGATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCgg < 3:355476/143‑1 (MQ=255) cTTGATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCcgc > 2:352295/1‑148 (MQ=255) gATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGaa < 5:65133/148‑1 (MQ=255) gATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGaa < 1:352295/148‑1 (MQ=255) cgcgGGTGTGGGTGATCCATGCCTGGGGGTTGAGAACCATCGGCTGTGTGGCCTGGGTCGGATAGGGCTTGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTATGGCCGCGAAGTCAg < 8:270658/148‑1 (MQ=255) gcgGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGa < 2:178386/149‑1 (MQ=255) gcgGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGa < 6:282302/149‑1 (MQ=255) caccgaaaccctgtggggccgtacgcccgagcagctgttgctgaccgatcacaatggcgtggtcatcctgacttcgcggcccgaCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGt < 2:370850‑M1/47‑1 (MQ=255) caccgaaaccctgtggggccgtacgcccgagcagctgttgctgaccgatcacaatggcgtggtcatcctgacttcgcggcccgaCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGt > 1:370850‑M1/85‑131 (MQ=255) cgGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGAt < 1:343146/149‑1 (MQ=255) cgGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGAt < 7:228191/149‑1 (MQ=255) gggTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACg > 5:213104/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCAtt > 2:299870/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATtg < 6:355486/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACGACGCCATtg < 4:56693/148‑1 (MQ=255) ccAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGACGCGAAGTCAGGATGCCCACGCCATtgt > 5:96982/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATtgt < 1:299870/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATtgt < 1:280854/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATtgt < 3:314843/148‑1 (MQ=255) cAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCGGGGTCGGATAGGGCTGTATGGCTATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTCTAGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATtg < 1:109097/148‑1 (MQ=255) cGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCa < 5:328213/149‑1 (MQ=255) gTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCa < 4:145891/149‑1 (MQ=255) gaACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATc > 3:189082/1‑136 (MQ=255) gaACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATc < 4:189082/136‑1 (MQ=255) ccAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAg > 7:221520/1‑112 (MQ=255) ccAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAg < 8:221520/112‑1 (MQ=255) cAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAgctgct > 3:43140/1‑149 (MQ=255) cGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCgg < 6:213104/149‑1 (MQ=255) ggggCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACg < 4:284354/149‑1 (MQ=255) gggTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCca > 3:33031/1‑148 (MQ=255) ggTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCcaca < 1:177935/149‑1 (MQ=255) ggTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCca > 8:142273/1‑147 (MQ=255) tCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAgg < 7:183847/149‑1 (MQ=255) ggCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGgt < 8:195956/149‑1 (MQ=255) gATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGt > 6:334143/1‑149 (MQ=255) gATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGt > 1:137274/1‑149 (MQ=255) gATGGAGATCATGTCCTGGCGCTAGTAGTCCGTC‑AGAGTGAGCGTAGCACGGAAGCGCAAGTCGTGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTAGGGAGTACGGCACCACAGGGTTTAGGTGTGGt > 2:188441/1‑149 (MQ=255) gatgatGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTc > 3:172913/1‑144 (MQ=255) gatgatGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGAt < 4:172913/149‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACttt < 7:142273/149‑1 (MQ=255) actggcgcttccgtgctacccgcacgctgaccgacgccgagcgccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGgtg > 1:370850‑M2/48‑131 (MQ=255) actggcgcttccgtgctacccgcacgctgaccgacgccgagcgccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGgtg < 2:370850‑M2/84‑1 (MQ=255) ctggcgcttccgtgctacccgcacgctgaccgacgccgagcgccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTtgc > 1:358015‑M2/47‑148 (MQ=255) ggTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCcga < 4:43140/149‑1 (MQ=255) aGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGAt > 6:329785/1‑149 (MQ=255) gCGTGCGGGTAGGACGGAAGCGCCAGTAGGGCAGAGAAGTCATGATGACCACGCCATTGTGATCGTTCAGCAACAGATGCTCGGGAGTACTGCCACACATGGTTTCGGTGGGGTCGATATCGACTTTGACCACCAGCACTCCGACGATc < 1:188441/149‑1 (MQ=255) tAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCgg < 1:376184/149‑1 (MQ=255) cGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTcgcg > 2:342391/1‑149 (MQ=255) agcgccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACg > 5:371654‑M2/9‑149 (MQ=255) ccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACGGCcg > 2:294661‑M2/5‑149 (MQ=255) ccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACGGCcg > 4:73747‑M2/5‑149 (MQ=255) ccagTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACGGCcg > 6:176120‑M2/5‑149 (MQ=255) tCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACGGCCGCgg > 7:221155/1‑148 (MQ=255) | AGTTTCCTTGATGTCGCGGGTCTGGGTGATCCAGGCCTGCGGGTTGAGAACCAGCGGCTGTGGGGCCTGGGTCGGATAGGGCTGGATGGCGATGATGGCCTGGCGCTCGGCGTCGGTC‑AGCGTGCGGGTAGCACGGAAGCGCCAGTCGGGCCGCGAAGTCAGGATGACCACGCCATTGTGATCGGTCAGCAACAGCTGCTCGGGCGTACGGCCCCACAGGGTTTCGGTGTGGTCGAGATCGACTTTGACCACCAGCACGCCGACGATCCGCTCGCGGTCGCGCACGGCCGCGG > NC_002947/318950‑319242 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |