New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 402553 = | 67 (1.110) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 5.9% | coding (645/669 nt) | msrA | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA |
? | NC_002947 | 402652 = | 32 (0.560) | coding (546/669 nt) | msrA | peptide methionine sulfoxide reductase MsrA |
GGAACAGGGTCATCGTGCTCATGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTGGGTGCCGATGTCGTTGCCCTGGCG > NC_002947/402504‑402798 | ggccgagctgagcaaggccggcttcggtgagatcaccaccgaaatcgacCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTgg > 8:285867‑M1/50‑149 (MQ=255) ccgagctgagcaaggccggcttcggtgagatcaccaccgaaatcgacCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTc > 3:109356‑M1/48‑149 (MQ=255) aaCAGGGTCATCGTGCTCATGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTc > 7:332627/1‑149 (MQ=255) gTGCTCATGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCggtggt < 8:228653/149‑1 (MQ=255) cTCATGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGAt < 2:157917/149‑1 (MQ=255) aTGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGAtct > 2:272042/1‑148 (MQ=255) tGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTc < 7:127509/130‑1 (MQ=255) tGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTc > 8:127509/1‑130 (MQ=255) gCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGGCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCAc > 1:122028/1‑149 (MQ=255) cTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGcc > 4:193506/1‑149 (MQ=255) ttGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCt > 5:105986/1‑149 (MQ=255) tcAGGCTGTGTGGCAGGCACACGCGGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAATTAGACGGTGGGTGCGTGGTCGATTTCggtg < 6:318372/124‑1 (MQ=255) gCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCtt < 3:135235/148‑1 (MQ=255) gCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTCCCTGGTGGATTTCggtg > 5:318372/1‑125 (MQ=255) gTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCg < 3:193506/149‑1 (MQ=255) gTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCg > 4:70797/1‑149 (MQ=255) gaccaggcaccgaccgtctatttcgccgaggcctaccaccagcagtacctggccaagaacccggacggctactgcggcatcggcggcaccggcgtgtgcctgGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCgg > 3:109356‑M2/103‑149 (MQ=255) ggcaggcaCACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGGCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGc < 4:287004/149‑1 (MQ=255) ccaggcaccgaccgtctatttcgccgaggcctaccaccagcagtacctggccaagaacccggacggctactgcggcatcggcggcaccggcgtgtgcctgGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGcc > 8:285867‑M2/101‑149 (MQ=255) CAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCt > 1:25681‑M1/1‑149 (MQ=255) aggcaCACGCCGGTGCCGCCGCTGCCGCAGTAGCCGGCCGGGGTCGTGGCCAGGTCCTGCGGGTGGAAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCGGGGCGCTTTCGGTGGTGATCGCACCGCCGCCGGCCTTGCTCAGCGCGGCCTg > 5:302448/1‑149 (MQ=255) AGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTg > 1:250179‑M1/1‑149 (MQ=255) CACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGaa > 8:332627‑M1/1‑149 (MQ=255) ACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAg > 6:162227‑M1/1‑149 (MQ=255) acGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGc > 1:379642/1‑149 (MQ=255) acGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGc > 6:265368/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTGCGGGTTCTTGGCAAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCAGCGAACTAGACAGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATGTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGaa > 5:263126/1‑144 (MQ=255) gCCGGTGCCGCCGATGCAGGAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGaa < 6:263126/144‑1 (MQ=255) gccgATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCtgg > 5:172966/1‑149 (MQ=255) gccgATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCtgg > 6:197280/1‑149 (MQ=255) ccgATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCtggc < 3:257581/149‑1 (MQ=255) ccGCAGTAGCCGGCCGGGCTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGAGTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGTTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCtggccttggc < 4:34575/149‑1 (MQ=255) ccGCACTAGCCGTCCGGGTTCTGGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGCTCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCtggccttggc > 4:86305/1‑149 (MQ=255) aggcctaccaccagcagtacctggccaagaacccggacggctactgcggcatcggcggcaccggcgtgtgcctgGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCtggccttggc < 4:109356‑M2/75‑1 (MQ=255) ccGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAg < 2:361503/149‑1 (MQ=255) tCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTg > 5:312836/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGGCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTg < 1:272042/148‑1 (MQ=255) ccAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTg > 4:117535/1‑149 (MQ=255) cAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGc < 2:379642/149‑1 (MQ=255) gTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGt < 3:70797/149‑1 (MQ=255) tACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTa < 6:92505/149‑1 (MQ=255) tACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTa < 5:265368/149‑1 (MQ=255) ctgctcGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGCCCTGTACCAGCTGTTACGGGCTGGTGCAg > 3:249412/1‑145 (MQ=255) ggCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTgg < 5:197280/148‑1 (MQ=255) cctgGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTGGGTGCCGATGTCGTTGCCCTgg > 2:333898‑M2/5‑149 (MQ=255) cctgGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTGGGTGCCGATGTCGTTGCCCTg < 8:270128‑M2/144‑1 (MQ=255) tgGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTGGGTGCCGATGTCGTTGCCCTGgcg > 1:255557‑M2/3‑149 (MQ=255) gGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTGGGTGCCGATGTCGTTGCCCTGgcg > 1:165619‑M2/2‑148 (MQ=255) | GGAACAGGGTCATCGTGCTCATGCTTCAGTTACCTTGCAGGCTGGGTGGCAGGCACACGCCGGTGCCGCCGATGCCGCAGTAGCCGTCCGGGTTCTTGGCCAGGTACTGCTGGTGGTAGGCCTCGGCGAAATAGACGGTCGGTGCCTGGTCGATTTCGGTGGTGATCTCACCGAAGCCGGCCTTGCTCAGCTCGGCCTGGAAGGCGTCGCGGCTGGCCTTGGCCTGTTCCAGCTGTTCCGGGCTGGTGCAGTAGATGGCCGAGCGGTACTGGGTGCCGATGTCGTTGCCCTGGCG > NC_002947/402504‑402798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |