New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2105047 | 58 (0.960) | 6 (0.100) | 5/256 | NT | 10.3% | coding (2070/2193 nt) | PP_1880 | outer membrane autotransporter |
? | NC_002947 | = 2105083 | 48 (0.820) | coding (2034/2193 nt) | PP_1880 | outer membrane autotransporter |
GACGCTCACGCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACTTTGCCCAGCAGCGAGTGG > NC_002947/2104945‑2105224 | gACGCTCACGCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGGCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGt > 4:38760/1‑149 (MQ=255) aCGCTCACGCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGtt < 2:184014/149‑1 (MQ=255) tCACGCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACt > 3:224402/1‑149 (MQ=255) gCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGtt < 8:156611/135‑1 (MQ=255) gCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGtt > 7:156611/1‑135 (MQ=255) ccccATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCAc < 4:254613/149‑1 (MQ=255) cATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCCCCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAAACGGCCAGCTTGCTGCTGAAg > 3:258970/1‑126 (MQ=255) cATGGCAGTTCATGGTTGCTGCCATGGATGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCGATTTTTCGCCGCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAg < 4:258970/126‑1 (MQ=255) gTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCg > 7:205092/1‑149 (MQ=255) gTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCg > 7:199768/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcg < 3:71292‑M2/120‑3 (MQ=255) ttCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcg > 4:71292‑M2/1‑118 (MQ=255) ttCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGt > 5:202401/1‑149 (MQ=255) ttCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGt > 3:318853/1‑149 (MQ=255) cAATCTTGCTGGCCTGGCCGTAATCGCAGTCCGCGGGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGtt < 8:97207/148‑1 (MQ=255) aaGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCAc > 2:105461/1‑135 (MQ=255) aaGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCAc < 1:105461/135‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGAc < 5:273370/149‑1 (MQ=255) aGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGAc < 3:219625/149‑1 (MQ=255) ttGCTGCCATGGCTTTAATCGATGTCGGGGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTTCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGaa < 1:163693/149‑1 (MQ=255) ccATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCAt < 5:215203/148‑1 (MQ=255) tGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAActgct < 8:44466/149‑1 (MQ=255) tAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAActgct < 5:14087/147‑1 (MQ=255) tCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCAc > 2:380681/1‑149 (MQ=255) ggCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAgg < 4:224402/148‑1 (MQ=255) gggCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGt > 5:31587/1‑149 (MQ=255) cTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGTTTGCTGCTGAAGCGCTAGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGCCGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCa > 7:241909/1‑149 (MQ=255) tGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCAc > 3:176759/1‑149 (MQ=255) ccATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCAc < 3:270817/147‑1 (MQ=255) tttCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACg < 1:29560/148‑1 (MQ=255) ttCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGc > 3:255760/1‑149 (MQ=255) cccAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCtgtg > 8:45230/1‑149 (MQ=255) aCCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCt < 6:31587/149‑1 (MQ=255) gCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTg > 3:71873/1‑147 (MQ=255) ccACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAg > 8:30337/1‑149 (MQ=255) ccACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAg > 5:130053/1‑149 (MQ=255) cACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAgg > 1:352697/1‑149 (MQ=255) cccTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTgc > 7:161633/1‑149 (MQ=255) cccTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTgc > 7:54067/1‑149 (MQ=255) cccTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTgc > 2:76988/1‑149 (MQ=255) cACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCccg > 7:75522/1‑149 (MQ=255) aCCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCccga < 4:255760/149‑1 (MQ=255) ccGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcggtgcaggggtggcggtcgcctggggcgaaaaatggcaggcccacgccgacttcgattacagccatggcagcaagcttgaacagccatggggcgtgagcgtcggcgccc < 5:94551‑M2/149‑111 (MQ=255) ccGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcggtgcaggggtggcggtcgcctggggcgaaaaatggcaggcccacgccgacttcgattacagccatggcagcaagcttgaacagc > 2:167705‑M2/1‑39 (MQ=255) ccGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcggtgcaggggtggcggtcgcctggggcgaaaaatggcaggcccacgccgacttcgattacagccatggcagcaagcttgaacagc < 1:167705‑M2/125‑87 (MQ=255) cGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcggtgcaggggtggcggtcgcctggggcgaaaaatggcaggcccacgccgacttcgattacagccatggcagcaagcttgaacag > 8:159253‑M2/1‑38 (MQ=255) cGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGcggtgcaggggtggcggtcgcctggggcgaaaaatggcaggcccacgccgacttcgattacagccatggcagcaagcttgaacag < 7:159253‑M2/123‑86 (MQ=255) cGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACttt > 7:33626/1‑55 (MQ=255) cGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACttt < 8:33626/55‑1 (MQ=255) cGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCt < 2:176305/122‑1 (MQ=255) cGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCt > 1:176305/1‑122 (MQ=255) aTTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCccgacc > 8:73791/1‑147 (MQ=255) aTTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAAtcggtgcaggggtggcggtcgcctggggcgaaaaatggcaggcccacgccgacttcgattacagccatggcagcaagcttgaacagccatggggcgtgagcgtcggcgcccgt < 3:94825‑M2/149‑114 (MQ=255) cgcgAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCAc < 7:73791/149‑1 (MQ=255) cgAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACtt > 3:166430/1‑149 (MQ=255) ccGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACTTTGcc > 2:195469/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGTGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACTTTGCCcagca < 4:176759/149‑1 (MQ=255) tgctgAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACtt > 3:256051/1‑132 (MQ=255) tgctgAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACtt < 4:256051/132‑1 (MQ=255) tgctgAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACTTTGCCCAGCAGCGAGTgg < 2:352697/149‑1 (MQ=255) | GACGCTCACGCCCCATGGCTGTTCAAGCTTGCTGCCATGGCTGTAATCGAAGTCGGCGTGGGCCTGCCATTTTTCGCCCCAGGCGACCGCCACCCCTGCACCGATTTCAGCACGCGAACCGGCCAGGTTGCTGCTGAAGCGGTTGTCGTTGACTTTCACCTGGTTGTCGTTGACGAACTCATGAACTGCTGCCACCCGCAGGTAGGGTTGCACGCTACGGCCTGTGCCCGCGCTGAAGGTGCGCCCGACCGAGGTACCCACTTTGCCCAGCAGCGAGTGG > NC_002947/2104945‑2105224 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |