New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2366297 | 47 (0.780) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 8.9% | coding (733/906 nt) | lysR | transcriptional regulator LysR |
? | NC_002947 | = 2366321 | 38 (0.670) | coding (757/906 nt) | lysR | transcriptional regulator LysR |
CCAGCGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTGG > NC_002947/2366173‑2366465 | ccAGCGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAg > 2:324065/1‑149 (MQ=255) ccAGCGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCCGGGTTAACCGCCGCACCGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGCTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAg > 7:279506/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGg > 6:355147‑M2/1‑148 (MQ=255) cAGCGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGg > 5:245641‑M2/1‑148 (MQ=255) cGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGCGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGgcgg > 6:265014‑M2/1‑145 (MQ=255) gATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGcc < 6:305207/149‑1 (MQ=255) gATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGc < 2:374598/148‑1 (MQ=255) ccgaaCTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGAt < 1:324065/145‑1 (MQ=255) gCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGTGCAAGGCGGGTTGCCGATcc > 2:223241/1‑149 (MQ=255) cACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCg > 5:332144/1‑149 (MQ=255) cACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCg < 5:204441/149‑1 (MQ=255) tttCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAg > 7:230831/1‑149 (MQ=255) cGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTAt < 8:176007/149‑1 (MQ=255) ttAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTg > 5:235833/1‑149 (MQ=255) gccgcACGGTCATCGAAACCACAAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGTTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACACGCTCAGCGGGCAGGAGGCGTCGCAAGGCCGGTTGCCTATCCACAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTAt > 4:43213/1‑149 (MQ=255) gcACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAg < 1:371180/149‑1 (MQ=255) gcACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAg < 6:187138/149‑1 (MQ=255) tCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATg < 6:332144/149‑1 (MQ=255) aaaCCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATa > 6:358093/1‑149 (MQ=255) caccaGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGa > 7:242734/1‑137 (MQ=255) caccaGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGa < 8:242734/137‑1 (MQ=255) aGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGa < 8:171436/149‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGAc > 7:219875/1‑149 (MQ=255) tGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGAc > 5:352602/1‑148 (MQ=255) gCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATcg < 8:219875/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATcggc < 5:339690/149‑1 (MQ=255) gcgcCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCAt > 3:269910/1‑124 (MQ=255) gcgcCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCAt < 4:269910/124‑1 (MQ=255) gcCATGGTCAGGCAAGGCCTGGTGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAATTCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGTGTATCGTTGCCCTATAAGGTGATTCTCATACGCCCTTACCATCGGCCGGCATCgg < 4:350597/148‑1 (MQ=255) ccATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGAGCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCAGGACCATCGGCCGTCAGCgg > 8:260576/1‑147 (MQ=255) cATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAg > 6:280701/1‑149 (MQ=255) gTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGCATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCgg < 7:88313/148‑1 (MQ=255) ggggTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGa < 2:90240/149‑1 (MQ=255) cGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGgcgggttgatgatcgccacccccaggccttgcctgaccatggcgcacaccgaagcggcactggtggtttcgatgaccgtgcggcggttaaccccggctgcacgaaagtgc < 7:349160‑M2/149‑111 (MQ=255) tcatcaACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGgcgggttgatgatcgccacccccaggccttgcctgaccatggcgcacaccgaagcggcactggtggtttcgatgaccgtgcggcggttaaccccggct < 2:259816‑M2/134‑99 (MQ=255) tcatcaACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGgcgggttgatgatcgccacccccaggccttgcctgaccatggcgcacaccgaagcggcactggtggtttcgatgaccgtgcggcggttaaccccggct > 1:259816‑M2/1‑36 (MQ=255) tcatcaACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCgg < 3:43213/149‑1 (MQ=255) atcaACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGgcgggttgatgatcgccacccccaggccttgcctgaccatggcgcacaccgaagcggcactggtggtttcgatgaccgtgcggcggttaaccccggctgcacgaaagtgctgatc < 8:269531‑M2/149‑116 (MQ=255) atcaACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCggg < 8:230831/148‑1 (MQ=255) atcaACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGt < 8:331785/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCTGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAg < 4:42540/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAg > 8:145964/1‑149 (MQ=255) aCCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAg > 4:120621/1‑149 (MQ=255) aCCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAg > 3:298998/1‑149 (MQ=255) gCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGaa < 6:235833/149‑1 (MQ=255) ggCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATg > 6:135021/1‑149 (MQ=255) cTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATATGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATg > 2:120990/1‑147 (MQ=255) cTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATgca < 6:352602/149‑1 (MQ=255) gAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATgcag > 2:329878/1‑147 (MQ=255) cgcAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTCCGGGTATCGGTGCCCTAGCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTg < 7:260576/149‑1 (MQ=255) gcAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTgg < 3:168550/149‑1 (MQ=255) gcAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTgg > 1:244541/1‑149 (MQ=255) gcAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGACCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTgg > 1:157915/1‑149 (MQ=255) gcAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGACGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTgg > 7:221127/1‑149 (MQ=255) gcAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCAATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTgg > 5:280244/1‑149 (MQ=255) | CCAGCGTCTGGATCAGCACTTTCGTGCAGCCGGGGTTAACCGCCGCACGGTCATCGAAACCACCAGTGCCGCTTCGGTGTGCGCCATGGTCAGGCAAGGCCTGGGGGTGGCGATCATCAACCCGCTCAGCGGGCTGGAGGCGGCGCAAGGCGGGTTGCCGATCCGCAGGTTACGGGTATCGGTGCCCTATCAGGTGATGCTCATACGCCCGGACCATCGGCCGGCATCGGCAGCGGTGGAGCCGTTTTGCGAGGCGTTGCGGGTGCAGGCCAAAGAAATGCAGCAGGCGCTGG > NC_002947/2366173‑2366465 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |