New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2385585 = | 62 (1.030) | 4 (0.070) | 4/256 | NT | 6.8% | coding (293/576 nt) | PP_2093 | two‑component system response regulator NasT |
? | NC_002947 | 2385633 = | 50 (0.860) | coding (245/576 nt) | PP_2093 | two‑component system response regulator NasT |
GCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTC > NC_002947/2385490‑2385781 | ctgatcgataccgactcgccagaccgcgatgtgatggaacaggtagtgctggtcagccgtgaccagccgcggcccatcgtgttgttcaccgacgaGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCtcgtcg > 2:224060‑M1/96‑149 (MQ=255) tgCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTg < 2:285708/148‑1 (MQ=255) tgCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTg > 4:188049/1‑148 (MQ=255) ccTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGaa < 5:162016/148‑1 (MQ=255) ccTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGAGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGaa < 7:64410/148‑1 (MQ=255) cTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGaac > 3:123727/1‑148 (MQ=255) ccTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATg < 3:170583/149‑1 (MQ=255) tGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGt > 1:225329/1‑134 (MQ=255) tGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGt < 2:225329/134‑1 (MQ=255) tCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCcg < 7:217913/149‑1 (MQ=255) tttCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGc > 4:318451/1‑149 (MQ=255) gAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGt > 3:349516/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCa > 2:45609/1‑149 (MQ=255) ggCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCATCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGc < 2:320924/149‑1 (MQ=255) gCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCt > 8:290318/1‑149 (MQ=255) cATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGa < 8:242979/149‑1 (MQ=255) aTGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGAc < 2:344998/149‑1 (MQ=255) cACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCAGCCGTGACCAGcc < 5:162506/149‑2 (MQ=255) cACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCa < 1:45609/149‑1 (MQ=255) aCGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCAGCCGTGACCAGccg < 3:188049/149‑3 (MQ=255) aCGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑c > 2:355592/1‑149 (MQ=255) gTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTa < 5:336873/149‑1 (MQ=255) tCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTAc < 3:318451/149‑1 (MQ=255) tCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTAc < 2:360290/149‑1 (MQ=255) cAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCt < 6:318722/149‑1 (MQ=255) ggATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGt > 1:26104/1‑149 (MQ=255) gATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGtt < 7:14761/149‑1 (MQ=255) tCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGAGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTc > 8:128012/1‑148 (MQ=255) ccGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATcgc < 2:191068/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGTGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATTGGCCGAGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATcgcg < 1:79077/148‑1 (MQ=255) gcgcAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCgg > 5:60601/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCgg > 5:199086/1‑149 (MQ=255) gcaTGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTgg < 7:290318/149‑1 (MQ=255) gcaTGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTATTCCATCACATCGCGGTCTgg < 4:349516/149‑1 (MQ=255) caTGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGc < 2:78461/149‑1 (MQ=255) tGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGa < 2:46261/149‑1 (MQ=255) aTACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATACCGGGGTCGAGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTAACGGCTGACCAGCA‑CGACCGTTTCCATCACATCGCGGTAAGGCGAGTc > 2:158940/1‑149 (MQ=255) cTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTa > 3:230076/1‑149 (MQ=255) cgacgagcacgaccccgggatgatgcgccaggcgatccaggcaggggtcagtgcTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAg > 2:224060‑M2/55‑149 (MQ=255) gcacgaccccgggatgatgcgccaggcgatccaggcaggggtcagtgcTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCACCTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCg < 1:247237‑M2/85‑1 (MQ=255) gcacgaccccgggatgatgcgccaggcgatccaggcaggggtcagtgcTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCg > 2:247237‑M2/49‑132 (MQ=255) ACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGTTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGt < 6:249770‑M1/149‑1 (MQ=255) cccTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGgc > 6:76989/1‑149 (MQ=255) gCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGAc < 6:60601/149‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTCGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGAc > 6:310917/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCATCATCACGTGGTCTTGCTCGTCTGAGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTGACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGc < 4:37631/149‑1 (MQ=255) gcgcATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAgg > 3:277589/1‑149 (MQ=255) cgcATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGc < 1:355592/149‑1 (MQ=255) atcatcCCGGGGTCGTGCTCGGCGGTGTACTACCCGATGGGCCGCGGCTGGTCTCGGGTGACCAGCA‑CTACCTTTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGTGTCGGTATCGATCAGGACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCggg < 5:310917/149‑1 (MQ=255) aggcaggggtcagtgcTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCa < 1:224060‑M2/133‑1 (MQ=255) atcCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAg < 2:26104/149‑1 (MQ=255) tcCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAgg > 3:35122/1‑149 (MQ=255) tcCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAgg > 4:45346/1‑149 (MQ=255) ccGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATGGCTGTGTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGAGGCAGGCGGGCAGGt < 1:158940/148‑1 (MQ=255) ccGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGt < 7:128012/148‑1 (MQ=255) ccGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGt < 4:123727/148‑1 (MQ=255) tcgtcgGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTc > 5:104669/1‑149 (MQ=255) | GCTGTGCCTTCAGTGCCTGGTCGCTTTCGAAGCGGGCCATGGCCACGTCCAGGATCGGCTGCAGCCGCGCAGCATGGATACCTTCGACGATATAGGCACTGACCCCTGCCTGGATCGCCTGGCGCATCATCCCGGGGTCGTGCTCGTCGGTGAACAACACGATGGGCCGCGGCTGGTCACGGCTGACCAGCA‑CTACCTGTTCCATCACATCGCGGTCTGGCGAGTCGGTATCGATCAGCACCACGTCCGGGCGCACCGTTTCGACGCAGGCGGGCAGGTCGATGGTCAGGTC > NC_002947/2385490‑2385781 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |