New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2686299 | 45 (0.750) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.8% | coding (1423/2388 nt) | PP_2354 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | = 2686323 | 39 (0.680) | coding (1399/2388 nt) | PP_2354 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
GGCGCAGCAGCTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAACCGCTTCCAGCCGCTGCATCTGCTGCAGAGCG > NC_002947/2686179‑2686471 | ggcgCAGCAGCTCTTCCAGGCGGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTgcgg > 8:179332‑M2/1‑145 (MQ=255) ggcgCAGCAGCTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTgcgg < 4:139111‑M2/149‑5 (MQ=255) gcgcAGCAGCTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTgcggg > 3:98992‑M2/1‑144 (MQ=255) gcagcaGCTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGcc < 2:197055/149‑1 (MQ=255) agcagcTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCtt > 5:113438/1‑149 (MQ=255) agcagcTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCtt > 8:314938/1‑149 (MQ=255) tctTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACAGGCTCCACACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCAAg > 2:353304/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTc > 2:334133/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGGCCAGGGGACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGt < 8:324746/147‑1 (MQ=255) gccAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGc > 5:356907/1‑149 (MQ=255) gccAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGc < 7:340577/149‑1 (MQ=255) tACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATcg > 4:143862/1‑149 (MQ=255) tACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATcg > 4:54412/1‑149 (MQ=255) gTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCAAGATCGCGCt > 1:41882/1‑149 (MQ=255) ttGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTc < 3:139111/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGc > 3:133056/1‑149 (MQ=255) cttctcccGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTg > 3:102067/7‑125 (MQ=255) cttctcccGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTg < 4:102067/119‑1 (MQ=255) cGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCGTCGCCAGATCGCGCTCCACAACGCTGGCACCgg > 5:4615/1‑149 (MQ=255) gtcTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGt < 7:136922/147‑1 (MQ=255) ggCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGt > 6:82466/1‑149 (MQ=255) gCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGt > 4:95551/1‑148 (MQ=255) cAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTa > 2:109799/1‑149 (MQ=255) gcggcgGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGt < 1:334133/147‑1 (MQ=255) gcggGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGATACTCACCggtgcca < 4:327112/149‑7 (MQ=255) gagaAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGtt < 6:356907/149‑1 (MQ=255) aaGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTAtt < 7:69041/149‑1 (MQ=255) aGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCGAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTg < 2:41882/149‑1 (MQ=255) aGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTAttt < 3:95551/149‑2 (MQ=255) aGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCACGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTAtt < 6:335947/148‑1 (MQ=255) aGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGt > 2:263972/1‑148 (MQ=255) aaCTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATg > 3:259354/1‑149 (MQ=255) aCTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATgc < 4:133056/149‑1 (MQ=255) cTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTAt > 4:195398/1‑137 (MQ=255) cTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTAt < 3:195398/137‑1 (MQ=255) gAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGcgccac < 7:35316/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGcgccacgc < 3:54412/149‑1 (MQ=255) cTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCg > 8:28402/1‑149 (MQ=255) gCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTGTCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAg < 8:152934/149‑1 (MQ=255) gCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAg > 8:353895/1‑149 (MQ=255) accacGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGtt < 5:261864/149‑1 (MQ=255) tCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTgcgggcgagcgtggtgccaagctgacctcgcagttgctggccttctcccgccgccagcgtctggagccggtgccgctgaacctcaaccgtaccctggccagcctgga > 4:70357‑M2/1‑32 (MQ=255) tCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTgcgggcgagcgtggtgccaagctgacctcgcagttgctggccttctcccgccgccagcgtctggagccggtgccgctgaacctcaaccgtaccctggccagcctgga < 3:70357‑M2/139‑108 (MQ=255) tCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAAc > 3:264929/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTgcgggcgagcgtggtgccaagctgacctcgcagttgctggccttctcccgccgccagcgtctggagccggtgccgctgaacctcaaccgtaccctggccggcctggaagagctgctgcg < 3:265085‑M2/149‑120 (MQ=255) gCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAAc < 3:143862/147‑1 (MQ=255) cTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAACCGCTTcc < 1:109799/149‑1 (MQ=255) cgcgGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAACCGCTTCCa < 6:113438/147‑1 (MQ=255) cGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGcgccacgc > 8:63605/1‑103 (MQ=255) cGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGcgccacgc < 7:63605/103‑1 (MQ=255) tGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAACCGCTTCCAGCCGCTGCATCTGCTGCAGAGCg < 7:28402/149‑1 (MQ=255) | GGCGCAGCAGCTCTTCCAGGCCGGCCAGGGTACGGTTGAGGTTCAGCGGCACCGGCTCCAGACGCTGGCGGCGGGAGAAGGCCAGCAACTGCGAGGTCAGCTTGGCACCACGCTCGCCCGCTTCGCGGATATGGGTGAGGCGAGTGCGGGCCTTGTCCAGGTCGGCCTTGGCCAGATCGCGCTCCAGAAAGCTGGCACCGGTGAGTATCACCGTCAGCAGGTTATTGAAGTCATGCGCCACGCCAGCCGTTAGTTGCCCAACCGCTTCCAGCCGCTGCATCTGCTGCAGAGCG > NC_002947/2686179‑2686471 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |