New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3555711 = | 46 (0.760) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.5% | coding (128/1188 nt) | PP_3140 | group 2 family glycosyl transferase |
? | NC_002947 | 3555757 = | 43 (0.750) | coding (174/1188 nt) | PP_3140 | group 2 family glycosyl transferase |
TGGGCCTGTTGGCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATACGCGCTT > NC_002947/3555609‑3555903 | gccaaccgggccgtgtcatccgaacagttgtctgccacgaccagcaagcggtcgccgtccagcagttgcggcgtaacgctggccagcatcgcacgaatgaccAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTg > 3:11925‑M1/103‑149 (MQ=255) ggCCTGTTGGCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTACAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTg < 7:329630/147‑1 (MQ=255) gCCTGTTGGCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGt > 3:305161/1‑148 (MQ=255) cTGTTGGCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCAt < 1:146928/149‑1 (MQ=255) gCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTg < 5:358727/148‑1 (MQ=255) gCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTg < 4:305161/148‑1 (MQ=255) cgtgtcatccgaacagttgtctgccacgaccagcaagcggtcgccgtccagcagttgcggcgtaacgctggccagcatcgcacgaatgaccAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGc > 5:237967‑M1/92‑149 (MQ=255) cGATCATCGTCCTGGTACCGGGGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCg < 4:54434/149‑1 (MQ=255) catcGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGc > 2:108724/1‑149 (MQ=255) atcGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCTCCAGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCt > 7:72126/1‑149 (MQ=255) cGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTAcg > 6:167321/1‑149 (MQ=255) tgtCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTAcgccg > 5:239194/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAAc > 3:84235/1‑149 (MQ=255) ttGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAActgctg < 8:295237/147‑1 (MQ=255) ttGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAActgctg < 5:237200/147‑1 (MQ=255) cAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGa > 1:81707/1‑149 (MQ=255) gtgtTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGATCCGAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGAc < 1:108724/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCa < 4:196458/115‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCa > 3:196458/1‑115 (MQ=255) cTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGc < 4:80176/148‑1 (MQ=255) gCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAActgc > 6:33263/1‑127 (MQ=255) gCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAActgc < 5:33263/127‑1 (MQ=255) cTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGAGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTc > 1:284093/1‑149 (MQ=255) ttGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCg > 2:264271/1‑149 (MQ=255) cctgccGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTgg < 1:264271/149‑1 (MQ=255) cctgccGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTgg > 8:141898/1‑149 (MQ=255) ctgccGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAActgctg > 7:292534/1‑123 (MQ=255) ctgccGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAActgctg < 8:292534/123‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGa < 2:81707/149‑1 (MQ=255) ggTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGt > 3:370535/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCg > 5:178414/1‑149 (MQ=255) cAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCgg < 5:167321/149‑1 (MQ=255) aaGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGTGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGacac > 2:253014/1‑149 (MQ=255) aaGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGacac > 5:371252/1‑149 (MQ=255) gcacgaatgaccagcgcctcatcgtgggcgggcaccaacaccgccactcgcgggcgctGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACg > 5:237967‑M2/59‑149 (MQ=255) aTTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCg > 8:135344/1‑149 (MQ=255) gCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTTGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGtt < 8:72126/148‑1 (MQ=255) gCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGtt < 4:84235/148‑1 (MQ=255) gCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTg > 1:58269/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTgg > 6:361065/1‑148 (MQ=255) cagcgcctcatcgtgggcgggcaccaacaccgccactcgcgggcgctGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGc > 3:11925‑M2/48‑149 (MQ=255) GCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCAc > 7:135344‑M1/1‑149 (MQ=255) cgAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTc < 6:178414/149‑1 (MQ=255) atcgtgggcgggcaccaacaccgccactcgcgggcgctGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGt < 6:237967‑M2/110‑1 (MQ=255) gCGGTGTTGGTGCGCGCGCACGAT‑‑GAGGCGATGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGGAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTTGCACGCGCGTCCGGTGc < 8:116193/149‑1 (MQ=255) ggTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGcc > 1:270558/1‑148 (MQ=255) ggTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTgg > 6:319628/1‑149 (MQ=255) tGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTgg > 4:246980/1‑147 (MQ=255) tGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTa < 7:141898/149‑1 (MQ=255) cgcccACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAgc > 1:363892/1‑149 (MQ=255) ccACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAgcgc > 5:151685/1‑148 (MQ=255) t‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATa > 1:224869/1‑149 (MQ=255) ggcgctGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATAcgc > 4:191144‑M2/7‑149 (MQ=255) gcgctGGTAATTCTTGCGATGCTGCCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGCCCGCTTGCTGGTCGTGGCTGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATAcgcg > 4:103419‑M2/6‑149 (MQ=255) gctGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATACGCGCt > 6:116384‑M2/4‑149 (MQ=255) ctGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATACGCGCtt < 3:246980‑M2/147‑1 (MQ=255) | TGGGCCTGTTGGCGATCATCGTCCTGGTACCGGTGTCGGTGCTGTTGCTGCAAGTGTTGCTGGCTTGCCTGCCGGCGCGGTCCAGGCCCAAGGGCATTGGCGAGCGCCCGCGAGTGGCGGTGTTGGTGCCCGCCCACGAT‑‑GAGGCGCTGGTCATTCGTGCGATGCTGGCCAGCGTTACGCCGCAACTGCTGGACGGCGACCGCTTGCTGGTCGTGGCAGACAACTGTTCGGATGACACGGCCCGGTTGGCACGCGCGTCCGGTGCCGAAGTGGTAGAGCGCCACGATACGCGCTT > NC_002947/3555609‑3555903 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |