New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3249454 | 47 (0.760) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 5.7% | coding (1074/1704 nt) | ureC | urease subunit alpha |
? | NC_002947 | = 3249483 | 55 (0.930) | coding (1103/1704 nt) | ureC | urease subunit alpha |
GAGCACCTGGACATGCTCATGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGT > NC_002947/3249311‑3249599 | gAGCACCTGGACATGCTCATGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGa > 6:341747/1‑149 (MQ=255) cTGGACATGCTCATGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTcc > 6:364013/1‑147 (MQ=255) gCTCATGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATgg > 4:325491/1‑149 (MQ=255) tCATGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGc > 1:172646/1‑149 (MQ=255) tGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑Cgg < 5:341747/149‑1 (MQ=255) gTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCAATGACCACGTCCCCAACCTAGGCCATGGGC‑‑Cggtt > 5:54510/1‑147 (MQ=255) tGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTgg > 2:32682/1‑149 (MQ=255) accaccTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGccaacccggcccatggcctgggagtcggacgag < 7:12605‑M1/149‑34 (MQ=255) accaccTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACATGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGcgag < 8:49585‑M2/149‑5 (MQ=255) ccaccTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGcgagg > 1:32682‑M2/1‑144 (MQ=255) ccTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGGGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtca < 5:169967‑M1/149‑38 (MQ=255) gACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatg < 3:342031‑M1/147‑40 (MQ=255) aCCCGAGCATCGCCGCGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGtgctg < 5:63083/149‑1 (MQ=255) cccGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGtgctgc < 1:225581/149‑1 (MQ=255) cATCGCCGTGGACGGTGCCTTCGCCGATTCACGCATTCCCCGCGAAACCCTCCCTGCCGCTGACCTCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCTAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCt < 6:54510/149‑1 (MQ=255) cATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCt < 6:155459/149‑1 (MQ=255) cGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAgg < 8:269908/149‑1 (MQ=255) gAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGt < 1:72879/149‑1 (MQ=255) gAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGt > 6:102070/1‑149 (MQ=255) ggACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTgg < 4:211469/149‑1 (MQ=255) aCGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGgcg < 1:32734/149‑1 (MQ=255) acgtcctCGGCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCAc < 3:203692/143‑1 (MQ=255) ccTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAg < 1:109192/149‑1 (MQ=255) cTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGa < 5:102070/149‑1 (MQ=255) gCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTgcg > 8:356806/1‑122 (MQ=255) gAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCt < 3:161448/149‑1 (MQ=255) aGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTg > 7:160096/1‑149 (MQ=255) aCGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTc > 3:339501/1‑149 (MQ=255) aCGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTc > 4:322563/1‑149 (MQ=255) cGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGCGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTcg > 7:53720/1‑149 (MQ=255) gCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTcgc > 2:369572/1‑149 (MQ=255) gCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTcgc > 4:315669/1‑149 (MQ=255) ccATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCg > 1:166162/1‑149 (MQ=255) ccATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCg < 7:49585/149‑1 (MQ=255) ccGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGCGGGGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACAccc > 1:310973/1‑149 (MQ=255) ccGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGc > 8:88233/1‑132 (MQ=255) ccGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGc < 7:88233/132‑1 (MQ=255) gAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTa < 5:364013/149‑1 (MQ=255) gAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTa < 4:339501/149‑1 (MQ=255) aTCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCa < 2:322200/101‑1 (MQ=255) aTCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCa > 1:322200/1‑101 (MQ=255) aTCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACAAGATGAAGCTCCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGAACCCCCGTACAGCGa > 4:113983/1‑149 (MQ=255) cctccACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGAc > 8:145914/1‑148 (MQ=255) cctccACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGAc > 2:147843/1‑148 (MQ=255) tccACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAAc > 7:278604/1‑149 (MQ=255) cctcGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCg < 4:89425/133‑1 (MQ=255) ccACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCg > 3:89425/1‑136 (MQ=255) gACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCg < 3:322563/149‑1 (MQ=255) aCATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCgg < 3:113983/149‑1 (MQ=255) aTGGGCGCCTTTGCCATGACCGCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGt < 8:42217/149‑1 (MQ=255) gcCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAgcg < 3:325491/149‑1 (MQ=255) cATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGcgaggtcatggcaaaggcgcccatgtcgtggaggatgtcctcggcagcgatggtttcgcggcgaatgcgtgactcggcgaaggccacgtcctcggcgatgctcgggtc < 3:342031‑M2/147‑109 (MQ=255) tGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGcgaggtcatggcaaaggcgcccatgtcgtggaggatgtcctcggcagcgatggtttcgcggcgaatgcgtgactcggcgaaggccccgtcctcggcgatgctcgggtccagg < 5:169967‑M2/149‑113 (MQ=255) tGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGcc < 2:310973/149‑1 (MQ=255) aCCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCaa < 3:315669/149‑1 (MQ=255) ccTCGccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatggcaaaggcgcccatgtcgtggaggatgtcctcggcagcgatggtttcgcggcgaatgcgtgactcggcgaaggccacgtcctcggcgatgctcgggtccaggtgg > 1:32682‑M1/1‑5 (MQ=255) cTCGccaacccggcccatggcctgggagtcggacgaggtcatggcaaaggcgcccatgtcgtggaggatgtcctcggcagcgatggtttcgcggcgaatgcgtgactcggcgaaggccatgtcctcggcgatgctcgggtccaggtggt < 8:49585‑M1/149‑146 (MQ=255) cTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGcgaggtcatggcaaaggcgcccatgtcgtggaggatgtcctcggcagcgatggtttcgcggcgaatgcgtgactcggcgaaggccacgtcctcggcgatgctcgggtccaggtggt < 7:12605‑M2/149‑117 (MQ=255) cTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACGCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGt < 8:181942/149‑1 (MQ=255) | GAGCACCTGGACATGCTCATGGTCTGTCACCACCTGGACCCGAGCATCGCCGAGGACGTGGCCTTCGCCGAGTCACGCATTCGCCGCGAAACCATCGCTGCCGAGGACATCCTCCACGACATGGGCGCCTTTGCCATGACCTCGTCCGACTCCCAGGCCATGGGC‑‑CGGGTTGGCGAGGTGGTGCTGCGCACCTGGCAGGTGGCGCACCAGATGAAGCTGCGTCGCGGGCCGCTGGCACCGGACACCCCGTACAGCGACAACTTCCGGGTCAAGCGCTACATCGCCAAGT > NC_002947/3249311‑3249599 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |