New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1524974 | 47 (0.760) | 6 (0.100) | 4/250 | NT | 11.6% | coding (606/1449 nt) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate‑‑L‑alanine ligase |
? | NC_002947 | = 1524995 | 47 (0.810) | coding (627/1449 nt) | murC | UDP‑N‑acetylmuramate‑‑L‑alanine ligase |
GCAGCTGGGCACCAGCCGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGACATCCGCGCCAT > NC_002947/1524848‑1525141 | gCAGCTGGGCACCAGCCGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAa > 2:377351‑M2/1‑148 (MQ=255) tGGGCACCAGCCACTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttc < 2:385272‑M2/149‑7 (MQ=255) gCACCAGCCGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTtcgtc < 5:356931/149‑1 (MQ=255) gCCGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTc > 2:64273/1‑149 (MQ=255) cGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCt > 4:144594/1‑149 (MQ=255) cGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCt < 3:160306/149‑1 (MQ=255) ccTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGcac > 8:321075/1‑148 (MQ=255) aTCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCt > 7:61535/1‑149 (MQ=255) gCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGcc < 5:61379/149‑1 (MQ=255) cTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCg < 5:187497/149‑1 (MQ=255) cTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCg > 4:328598/1‑149 (MQ=255) tGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGt > 5:248050/1‑149 (MQ=255) aaGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGtt < 3:328598/148‑1 (MQ=255) aaGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTc < 1:56995/149‑1 (MQ=255) cAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTAt > 4:109340/1‑149 (MQ=255) gAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCt > 8:284127/1‑149 (MQ=255) gAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCt < 8:61535/149‑1 (MQ=255) gAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACATCAACAAGCCGAAGAAAACCTtcgtcg > 8:204234/1‑118 (MQ=255) gATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCg > 8:177917/1‑132 (MQ=255) gATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCg < 7:177917/132‑1 (MQ=255) aGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGAtgtg < 3:341146/149‑1 (MQ=255) gCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGc < 2:124409/149‑1 (MQ=255) cctgcacctgcaGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTg > 5:47789/1‑148 (MQ=255) ctgcacctgcaGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGc > 2:183112/1‑144 (MQ=255) ctgcacctgcaGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGc < 1:183112/144‑1 (MQ=255) cacctgcaGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGgac < 1:385272/147‑1 (MQ=255) gcaGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCgg > 2:267494/1‑149 (MQ=255) caGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCgg < 3:144594/148‑1 (MQ=255) caGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCgg < 1:64273/148‑1 (MQ=255) aGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCggtg < 2:86856/149‑1 (MQ=255) aGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCggtg < 5:193989/149‑1 (MQ=255) gTCGCGGTTGGCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTcgcg < 4:249882/148‑1 (MQ=255) tCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCgag < 7:321075/149‑1 (MQ=255) gcgGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCgaga < 6:47789/148‑1 (MQ=255) gcgGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGAt < 1:342053/149‑1 (MQ=255) cGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAgc < 7:284127/149‑1 (MQ=255) aCGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTGCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAgcgc < 2:344295/149‑1 (MQ=255) cGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGa < 1:267494/149‑1 (MQ=255) cGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGa > 2:17214/1‑149 (MQ=255) aCCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGAcc > 5:149466/1‑149 (MQ=255) ggCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttcgtaggtcgccatgtggtcggcgtcgatgttggtgacaaccgcgaccatcggctgcaggtgcaggaagctggcatcgctttcgtctgcttcagcgatcaggtagcgg < 6:163212‑M2/149‑113 (MQ=255) cTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttcgtaggtcgccatgtggtcggcgtcgatgttggtgacaaccgcgaccatcggctgcaggtgcaggaagctggcatcgctttcgtctgcttccgcgatcaggtagcggctggtg < 8:325053‑M2/149‑119 (MQ=255) cTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttcgtaggtcgccatgtggtcggcgtcgatgttggtgacaaccgcgaccatcggctgcaggtgcaggaagctggcatcgctttcgtctgcttcagcgatcaggtagcggctggtg < 7:233624‑M2/149‑119 (MQ=255) cTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttcgtaggtcgccatgtggtcggcgtcgatgttggtgacaaccgcgaccatcggctgcaggtgcaggaagctggcatcgctttcgtctgcttcagcgatcaggtagcgg > 5:64989‑M2/1‑31 (MQ=255) cTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttcgtaggtcgccatgtggtcggcgtcgatgttggtgacaaccgcgaccatcggctgcaggtgcaggaagctggcatcgctttcgtctgcttcagcgatcaggtagcgg < 6:64989‑M2/143‑113 (MQ=255) aCGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCtt > 6:144513/1‑148 (MQ=255) aaGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGc > 4:189886/1‑149 (MQ=255) gTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGaa < 3:109340/149‑1 (MQ=255) tGACTTCAACAAGCTGAAGAAAaccttcgtaggtcgccatgtggtcggcgtcgatgttggtgacaaccgcgaccatcggctgcaggtgcaggaagctggcatcgctttcgtctgcttcagcgatcaggtagcggctggtgcccagctgc > 5:163212‑M2/1‑22 (MQ=255) tGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCg > 5:322333/1‑146 (MQ=255) tGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAag < 6:248050/149‑1 (MQ=255) ttCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGc > 5:30002/1‑149 (MQ=255) acaaGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGAc < 6:149466/149‑1 (MQ=255) caaGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGACa > 5:57733/1‑149 (MQ=255) cTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGAc > 4:335627/1‑119 (MQ=255) cTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGAc < 3:335627/119‑1 (MQ=255) gaagaaAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGACATCcgcg > 7:22770/1‑149 (MQ=255) gaaAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGACATCCGCGCCa > 3:312518/1‑149 (MQ=255) aaaaCCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGACATCCGCGCCAt < 6:322333/149‑1 (MQ=255) | GCAGCTGGGCACCAGCCGCTACCTGATCGCTGAAGCAGACGAAAGCGATGCCAGCTTCCTGCACCTGCAGCCGATGGTCGCGGTTGTCACCAACATCGACGCCGACCACATGGCGACCTACGAAGGTGACTTCAACAAGCTGAAGAAAACCTTCGTCGAGTTCCTGCACAACCTGCCGTTCTATGGGCTGGCGGTGATGTGCCTGGACGACCCGGTGGTTCGCGAGATCCTGCCGCAGGTCAAGCGCCCGACCGTGACCTACGGCTTCAGCGAAGAGGCCGACATCCGCGCCAT > NC_002947/1524848‑1525141 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |