New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3574117 | 58 (0.940) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 5.3% | coding (1228/2130 nt) | PP_3155 | ferric siderophore receptor |
? | NC_002947 | = 3574166 | 52 (0.890) | coding (1179/2130 nt) | PP_3155 | ferric siderophore receptor |
TTCAGACGCTCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCAGCTTGCGGTAGT > NC_002947/3574023‑3574311 | ttCAGACGCTCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACgcgct < 3:45836‑M2/149‑6 (MQ=255) cAGACGCTCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACgcgct > 5:192703‑M2/1‑142 (MQ=255) gCTCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGt > 1:349357/1‑149 (MQ=255) cTCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTc < 4:195380/149‑1 (MQ=255) tCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCg > 4:256424/1‑149 (MQ=255) ccACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAg > 3:207988/1‑149 (MQ=255) aTCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAg < 3:50169/148‑1 (MQ=255) tGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCAGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGGTGTAGTGa > 4:163860/1‑147 (MQ=255) gATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCCTTGGAACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATTTCGATCGGGTAGGACGCGATGGAACGTCTGATGATGGAGCTGTAGTGATAGt > 1:90138/1‑149 (MQ=255) cccAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTc > 5:102442/1‑148 (MQ=255) cccAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTc > 7:105409/1‑148 (MQ=255) ccAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGa > 7:312936/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGa > 1:282806/1‑149 (MQ=255) ggTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGc < 4:45836/149‑1 (MQ=255) tCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCt < 8:105409/149‑1 (MQ=255) tCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCt < 5:319103/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGAt > 5:26173/1‑141 (MQ=255) cAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGAt < 6:26173/141‑1 (MQ=255) cAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTc < 2:342557/148‑1 (MQ=255) aGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGGTTTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGt > 1:290986/1‑147 (MQ=255) ttCTCACTGTACCAGTTCGTTGGTACAGCAGCCAGCGCCTGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTATATGTCGATCTGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTcagca < 6:303918/148‑1 (MQ=255) cACTGTCCCAGGTCATTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGgtg > 8:209298/1‑149 (MQ=255) aCTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGgt < 5:150478/147‑1 (MQ=255) tGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTgg > 6:16171/1‑149 (MQ=255) ccAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGa < 3:256424/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGa < 5:16171/149‑1 (MQ=255) cAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCt > 3:330768/1‑129 (MQ=255) cAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCt < 4:330768/129‑1 (MQ=255) cAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAg > 1:73374/1‑149 (MQ=255) ggACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGa < 3:265176/88‑1 (MQ=255) ggACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGa > 4:265176/1‑88 (MQ=255) ggACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGa > 4:270132/1‑88 (MQ=255) ggACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGa < 3:270132/88‑1 (MQ=255) ggACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGt < 2:282806/148‑1 (MQ=255) ggACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTa > 4:43295/1‑149 (MQ=255) gACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTAt < 6:102442/149‑1 (MQ=255) gACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCGGCGCGTACCgtaat > 8:353211/1‑145 (MQ=255) aCCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACTTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATc > 6:201387/1‑149 (MQ=255) cGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACgcgctggctgcggtcccaacgacctgggacagtgagaacctgcagacctgggccttcttcatccaggatcaggtggcgctgaccgagc < 5:135650‑M2/149‑89 (MQ=255) cGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCg > 4:201388/1‑148 (MQ=255) agccagcGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACgcgctggctgcggtcccaacgacctgggacagtgagaacctgcagacctgggccttcttcatccaggatcaggtggcgctgaccgagcgtc < 2:93189‑M2/149‑92 (MQ=255) ccagcGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTgg < 4:123293/125‑1 (MQ=255) ccagcGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTgg > 3:123293/1‑125 (MQ=255) tctcGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGt < 3:201388/149‑1 (MQ=255) tcGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGtt > 1:292590/1‑148 (MQ=255) ttGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAAtt < 5:201387/149‑1 (MQ=255) gCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACgcgctggctgcggtcccaacgacctgggacagtgagaacctgcagacctgggccttcttcatccaggatcaggtggcgctgaccgagcgtctgaaggcgttggctggtgta > 1:93189‑M2/1‑37 (MQ=255) gCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGc < 2:327117/148‑1 (MQ=255) ccGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGt < 7:260154/134‑1 (MQ=255) ccGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGc > 4:138426/1‑147 (MQ=255) cGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAg < 8:312936/149‑1 (MQ=255) tAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCa > 5:227591/1‑149 (MQ=255) gATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCAt < 2:290986/148‑1 (MQ=255) aTGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTc < 2:292590/149‑1 (MQ=255) tGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTGGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTcc < 7:209298/149‑1 (MQ=255) tCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCa < 2:73374/148‑1 (MQ=255) gATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCAGCt > 5:276485/1‑149 (MQ=255) tAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCAGCTTGCGGTa < 1:97878/149‑1 (MQ=255) ggACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCAGCTTGCGGTAGt < 3:96985/149‑1 (MQ=255) ggACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCAGCTTGCGGTAGt > 2:230910/1‑149 (MQ=255) gACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTg < 7:151086/75‑1 (MQ=255) gACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTg > 8:151086/1‑75 (MQ=255) | TTCAGACGCTCGGTCAGCGCCACCTGATCCTGGATGAAGAAGGCCCAGGTCTGCAGGTTCTCACTGTCCCAGGTCGTTGGGACCGCAGCCAGCGCCGGTCTCGG‑TTGGCCGAGTACCGGGTCGTAGATGTCGATCGGGTAGGACGCGCTGGAACGTCGGATGATGGAGCTGTAGTGATAGTTCTCGTACTCGATGCCTGTCAGCAGGGTGTGGCTGAGCGTACCGGTATCGAAATGCCCGGTCAGGTTCAATTGCCAGTCACGGTCGGTCCATTCCAGCTTGCGGTAGT > NC_002947/3574023‑3574311 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |