New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3600298 | 45 (0.730) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 6.4% | coding (895/1323 nt) | PP_3176 | MFS transporter |
? | NC_002947 | = 3600336 | 45 (0.760) | coding (857/1323 nt) | PP_3176 | MFS transporter |
ACCGCAATCAGCAGGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCTGGTGGTGCTCGGTT > NC_002947/3600189‑3600483 | aCCGCAATCAGCAGGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTAGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATAATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGCATGGAGCTGAGCCAGCCGATCAGCAg < 5:312333‑M2/149‑2 (MQ=255) cGCAATCAGCAGGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAgcg < 1:179952‑M2/149‑4 (MQ=255) gCAATCAGCAGGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAgcgg > 2:179952‑M2/1‑145 (MQ=255) cAATCAGCAGGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAgcggg < 8:99861‑M2/149‑6 (MQ=255) agcagGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTc < 5:340605/149‑1 (MQ=255) cagGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACAAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCCCGAGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCAGATCAGCAGCGCGTTGTCg > 7:34094/1‑148 (MQ=255) cGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGTGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGccc < 7:240425/149‑1 (MQ=255) ccATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATc > 2:219593/1‑149 (MQ=255) ccATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATc > 6:48545/1‑149 (MQ=255) ccATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGACAGCAGGTACGGGATGGCGCAGAGCCAGCCGATCAGCAGAGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATc > 4:66149/1‑149 (MQ=255) aTCAGCATTGGCACCACCAGGTTCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGAGGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGa < 8:331716/149‑1 (MQ=255) tCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAg < 3:170425/149‑1 (MQ=255) cATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTa < 2:334750/149‑1 (MQ=255) ttGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGc > 2:272305/1‑149 (MQ=255) ttGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGc < 5:292635/149‑1 (MQ=255) tGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGc > 6:294068/1‑148 (MQ=255) caccacCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAg > 6:394559/1‑148 (MQ=255) caccacCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTAGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAg > 6:325454/1‑148 (MQ=255) accggggggTGCCTGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGaa < 8:312371/142‑1 (MQ=255) ccaGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTg < 7:99861/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATcgcg < 6:289402/149‑1 (MQ=255) cgcTCGTTGCGCAGGACCGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCAGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTAGTCGAAGCCCATGATGATCGAGGGTAGCCa > 5:222994/1‑128 (MQ=255) cTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACAcgccgc > 3:144407/1‑149 (MQ=255) cgcAGGTCGGCCGTGCGCCCGCAAAGGATCATGATTACACCCGCCAGCAGGTACGGCATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCTGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGAt < 8:34094/149‑1 (MQ=255) cgcAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGAt < 3:2525/149‑1 (MQ=255) gcAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGCGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCGTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACCCGCCGCTCTGGATg > 7:214122/1‑149 (MQ=255) gcAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATg < 7:187159/149‑1 (MQ=255) gTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAg > 1:257747/1‑148 (MQ=255) tCGGCCTTGCGCCCGCAAATGCTCATGAATACACCGGACAGCAGGTACTGGATGTCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCTGGTTGTCGAATCCCTTGATGATCTATGTTAGCCATAAGTTGATCGCTTACACGCCGCTCTGGATGCATaa < 6:312333/149‑1 (MQ=255) tCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGTGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGaa < 1:272305/149‑1 (MQ=255) gcCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGct < 4:254603/127‑1 (MQ=255) gcCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGct > 3:254603/1‑127 (MQ=255) ccGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGCAGcc > 6:278842/1‑149 (MQ=255) ccGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGcc > 3:54407/1‑149 (MQ=255) gCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGa < 2:257747/149‑1 (MQ=255) aGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGACGCCCTTGATGAGCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGt > 6:346038/1‑149 (MQ=255) gtatttggAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTc < 1:138751/142‑1 (MQ=255) aTACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAgcgggtgtattcatgatcctttgcgggcgctcggccgacctgcgcaacgagcgccgctggcacctggtggtgccaat < 4:313037‑M2/125‑78 (MQ=255) aTACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAgcgggtgtattcatgatcctttgcgggcgctcggccgacctgcgcaacgagcgccgctggcacctggtggtgccaat > 3:313037‑M2/1‑48 (MQ=255) aTACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGc < 7:103585/149‑1 (MQ=255) aTACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGAGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAg < 5:294068/148‑1 (MQ=255) acCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAgcgggtgtattcatgatcctttgcgggcgctcggccgacctgcgcaacgagcgccgctggcacctggtggtgccaatgctgatgggcgccgtcggcctgctgatt < 1:139373‑M2/149‑106 (MQ=255) acCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGt > 2:388900/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTg < 3:87157/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTg > 7:244524/1‑149 (MQ=255) gCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGt < 4:54407/149‑1 (MQ=255) gCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGt > 5:213007/1‑149 (MQ=255) ggTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACAcc > 7:265150/1‑149 (MQ=255) gATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCa > 6:166576/1‑149 (MQ=255) ccagccGATCAGCAGCGGGTTGTCGCAGCCCTTGTTGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCtgg > 6:385749/1‑149 (MQ=255) cagccGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCtggt < 5:48545/149‑1 (MQ=255) agccGATCAGCAGCTTGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGATGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCATATCAGCGGGTTGGTAAACACCGCCAGCACGCTGTCGCtggtg < 5:197465/149‑1 (MQ=255) agccGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCtggtg < 5:394559/149‑1 (MQ=255) agccGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCtggtg < 1:388900/149‑1 (MQ=255) agcagcGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCTGGTGGTGCTCg < 5:346038/148‑1 (MQ=255) agcagcGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGAAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCTGGTGGTGCTCg < 3:42200/148‑1 (MQ=255) gcagcGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCTGGTGGTGCTCGGt > 4:160965/1‑149 (MQ=255) cagcGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCTGGTGGTGCTCGGtt < 6:213007/149‑1 (MQ=255) | ACCGCAATCAGCAGGCCGACGGCGCCCATCAGCATTGGCACCACCAGGTGCCAGCGGCGCTCGTTGCGCAGGTCGGCCGAGCGCCCGCAAAGGATCATGAATACACCCGCCAGCAGGTACGGGATGGCGCTGAGCCAGCCGATCAGCAGCGGGTTGTCGAAGCCCTTGATGATCGAGGGTAGCCAGAAGTTGATCGCGTACACGCCGCTCTGGATGCAGAAGTAGACGAAGCCGAAGGTCCAGATCAGCGGGTTGGTCAACACCGCCAGCACGCTGTCGCTGGTGGTGCTCGGTT > NC_002947/3600189‑3600483 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |