New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1650927 | 43 (0.680) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 7.1% | coding (133/2043 nt) | PP_1446 | TonB‑dependent receptor |
? | NC_002947 | = 1650946 | 37 (0.610) | coding (114/2043 nt) | PP_1446 | TonB‑dependent receptor |
ATGCGGTCGCCATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTT > NC_002947/1650779‑1651073 | aTGCGGGCGCCATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTGCACCCAGGCTGCCGTTCTGCTGTTGCAGCAGGTCGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGG < 8:168860‑M1/149‑1 (MQ=255) cGGTCGCCATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTggggg < 5:103091/148‑1 (MQ=255) gTCGCCATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGggcgg < 6:324291/149‑1 (MQ=255) tCGCCATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGggcggc < 2:168053/149‑1 (MQ=255) ccATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAg > 2:306465/1‑149 (MQ=255) aTCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGtt > 6:54155/1‑149 (MQ=255) cAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTgg < 3:365365/148‑1 (MQ=255) aGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCg < 1:202017/149‑1 (MQ=255) aGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCg > 4:230311/1‑149 (MQ=255) cgcgGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTa > 6:278470/1‑149 (MQ=255) cgcgGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTa < 2:195447/149‑1 (MQ=255) cgGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTAcc > 2:254879‑M2/1‑147 (MQ=255) cACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTAGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCg > 5:365350/1‑149 (MQ=255) ggcggcTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTg > 7:16548/1‑149 (MQ=255) gcggcTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgc < 1:113255‑M1/149‑33 (MQ=255) ggcTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCg < 7:108932/149‑1 (MQ=255) ggcTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCg < 8:16548/149‑1 (MQ=255) tGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGt > 5:181835/1‑148 (MQ=255) ggCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGtga < 5:304965/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGtg < 1:53813/147‑1 (MQ=255) gcgcCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTCGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGtgat < 6:365350/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTAGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGAc > 6:209059/1‑149 (MQ=255) caaGGGCAGAACCAGTTAGAGGCGAAACCGGTCTGCTTTTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTAGAGCACGGTGCTTGGGGCGGCGAGTTTGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGAc < 4:264320/147‑1 (MQ=255) gggCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGtaaccgccaactggccgcccccagca < 6:24865‑M1/130‑27 (MQ=255) gggCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGtaaccgccaactggccgcccccagca > 5:24865‑M1/1‑104 (MQ=255) gagGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTa < 1:371890/148‑1 (MQ=255) gACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCct < 5:278470/149‑1 (MQ=255) cacCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCctgg > 2:200067/1‑149 (MQ=255) acCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCctggc < 1:306465/149‑1 (MQ=255) ctTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATg > 3:328570/1‑149 (MQ=255) ttGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATg > 3:295717/1‑148 (MQ=255) gTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGca < 3:5144/148‑1 (MQ=255) ttAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGAt < 4:244360/144‑1 (MQ=255) ttAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATgagat > 3:244360/1‑145 (MQ=255) ttAAGGGGTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGGTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGGTGGCGGTGATGACCTGCGGACTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGca < 1:40929/148‑1 (MQ=255) aaGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGcagc > 2:165153/1‑147 (MQ=255) tCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCaga < 6:181835/148‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGt < 5:209059/148‑1 (MQ=255) aCCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGt < 1:165153/148‑1 (MQ=255) cccAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGc > 6:224150/1‑149 (MQ=255) ccAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGc > 2:56133/1‑148 (MQ=255) agcagGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGggc < 6:69654/35‑1 (MQ=255) agcagGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGggc > 5:69654/1‑35 (MQ=255) agcagGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAg < 1:56133/149‑1 (MQ=255) agGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCgg > 6:124302/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGgtg < 3:230311/149‑1 (MQ=255) gTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGgtgtg > 3:171219/1‑148 (MQ=255) cTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAg > 7:303730/1‑148 (MQ=255) gCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTAcccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaacccttaacaagcagcccggtgtcgcctctacctggttcggccctggcgccagccgc < 1:113255‑M2/149‑118 (MQ=255) aCGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCatggggat > 7:183082/1‑149 (MQ=255) ggTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCatggggatgg < 5:124302/149‑1 (MQ=255) ggTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCatggggatgg < 1:200067/149‑1 (MQ=255) tGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTAcccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaacccttaacaagcagcccggtgtcgcctctacctggttcggccc < 6:24865‑M2/130‑105 (MQ=255) tGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTAcccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaacccttaacaagcagcccggtgtcgcctctacctggttcggccc > 5:24865‑M2/1‑26 (MQ=255) tGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCatggggatgggg > 6:315797/1‑149 (MQ=255) ggtaaccgccaactggccgcccccagcaccgtgctcgaaggcgacaacctgctgcaacagcagcacggcagcctgggtgaaacccttaacaagcagcccggtgtcgcctctacctggttcggccctggcgccagccgcccggtgatccg > 2:254879‑M1/1‑2 (MQ=255) | ATGCGGTCGCCATCCAGGCCGCGGATCACCGGGCGGCTGGCGCCAGGGCCGAACCAGGTAGAGGCGACACCGGGCTGCTTGTTAAGGGTTTCACCCAGGCTGCCGTGCTGCTGTTGCAGCAGGTTGTCGCCTTCGAGCACGGTGCTGGGGGCGGCCAGTTGGCGGTTACCCAGCGGGTTGGCGGTGATGACCTGCGG‑CTCAAGTTCTACGGCCTGGCTGGGGGATGCAGCCAGCCAGAGTGCGACGGCAAGGGGGGAAAGGCGAAGCGGTGTGTACAGCATGGGGATGGGGCGTT > NC_002947/1650779‑1651073 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |