New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2911602 | 46 (0.720) | 3 (0.050) | 3/258 | NT | 6.1% | coding (622/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
? | NC_002947 | = 2911641 | 47 (0.760) | coding (661/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
TCGACCACGGCCTGGACCTGGTCAGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGG > NC_002947/2911456‑2911744 | tcGACCACGGCCTGGACCTGGTCAGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCgtg > 4:134788/1‑149 (MQ=255) ccACGGCCTGGACCTGGTCAGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGtggtgg < 2:209746/149‑1 (MQ=255) gTCAGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATag > 3:261712/1‑149 (MQ=255) tCAGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑ACCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATagc < 2:23027/149‑1 (MQ=255) aGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCAGGGCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCCC‑CCCGTGCGCACCGC‑CGGCCCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATagc > 1:121941/1‑148 (MQ=255) aGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATagc > 5:13137/1‑147 (MQ=255) aaGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATagccagcc > 7:3709/1‑149 (MQ=255) agagCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGccc > 8:292821/1‑149 (MQ=255) gagCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCa > 8:293109/1‑149 (MQ=255) agcagcACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCaa < 6:13137/149‑1 (MQ=255) agcaCCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAacac < 4:261712/149‑1 (MQ=255) gtgtTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGaggtggtgttgggctggctatcgtcggcggtacccaccacgccatc < 5:57772‑M1/149‑47 (MQ=255) ttCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGaggtggtgttgggctggctatcgtcggcggtacccaccacgccatcg > 3:353433‑M1/1‑100 (MQ=255) ttCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGaggtggtgttgggctggctatcgtcggcggtacccaccacgccatcg < 4:353433‑M1/147‑48 (MQ=255) ttCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTtcgt > 8:157932/1‑149 (MQ=255) cccGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGAc > 5:19455/1‑148 (MQ=255) cGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCCCCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCag > 7:130623/1‑149 (MQ=255) tGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATCGCGTGGTGGGTACCCCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGc > 2:326474/1‑149 (MQ=255) cgcCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGc < 3:134788/147‑1 (MQ=255) gacgacCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTa < 6:19455/149‑1 (MQ=255) gacCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTtc < 1:234324/126‑1 (MQ=255) gacCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTtc > 2:234324/1‑126 (MQ=255) cccTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGtt < 7:293109/149‑1 (MQ=255) ccTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCGGCCCAACCCCACGACGCCCTTCGTCGAGCCGAGCCCGACCTCGAGtt > 6:229249/1‑148 (MQ=255) ccTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGtt > 4:349579/1‑148 (MQ=255) ccTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGCGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGtt > 2:125942/1‑148 (MQ=255) ttCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCCCCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATcc > 3:7488/1‑149 (MQ=255) gTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTc < 3:349579/149‑1 (MQ=255) cGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGCGCGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACATTTCACATCCCTCGCAc > 1:91963/1‑149 (MQ=255) cA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAgg < 7:157932/149‑1 (MQ=255) cccGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGCGGCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGgtg > 1:22590/1‑149 (MQ=255) cccGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGgtgt < 8:3709/149‑1 (MQ=255) cAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTgc < 4:7488/149‑1 (MQ=255) aCTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTgcgc < 2:121941/149‑1 (MQ=255) ttCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGcgcg > 8:25818/1‑148 (MQ=255) ttCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCGACAGTGAACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGcgcg > 1:302341/1‑148 (MQ=255) cATGGCGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCACCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGa < 1:125942/147‑1 (MQ=255) gTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCAGCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTAGCGCCGACGATAGCCAGCCCTACACCACCTCGCCCTTCGTCGACGAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATaca < 1:326474/148‑1 (MQ=255) gTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CTGCGCCGATGGCGGGGTGGGAACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATaca < 4:295445/148‑1 (MQ=255) gCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACgg > 3:366236/1‑149 (MQ=255) cTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACa > 7:102901/1‑106 (MQ=255) cTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACa < 8:102901/106‑1 (MQ=255) ccatccGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTc < 1:260162/145‑1 (MQ=255) tCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTc < 2:11111/147‑1 (MQ=255) ccGTGCGCAGCGC‑CGGGGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCGAACAGCTCCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCa < 6:41816/149‑1 (MQ=38) cGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAg < 2:22590/149‑1 (MQ=255) aCCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGAccc > 3:142831/1‑149 (MQ=255) gc‑cgGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGt < 4:366236/149‑1 (MQ=255) ggcgGAGCCGTTGGCGTGGGGGGTACCGCCGACGATAGCCAGGCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGAGCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATGCCTGGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGt < 6:338339/147‑1 (MQ=37) cGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTcgccatcggcgccggcggtgcgcacggcgcgggacagcaccatgaagttggtcgggctgccggccacgaacagagggtcgtccgggcgcagcgggatgaa < 4:353433‑M2/147‑101 (MQ=255) cGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTcgccatcggcgccggcggtgcgcacggcgcgggacagcaccatgaagttggtcgggctgccggccacgaacagagggtcgtccgggcgcagcgggatgaa > 3:353433‑M2/1‑47 (MQ=255) gATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTcgccatcggcgccggcggtgcgcacggcgcgggacagcaccatgaagttggtcgggctgccggccacgaacagagggtcgtccgggcgcagcgggatgaacac < 5:57772‑M2/149‑104 (MQ=255) gATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGAGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCgg > 6:360893/1‑149 (MQ=255) | TCGACCACGGCCTGGACCTGGTCAGCAAGAGCAGCACCGACATCGTGTTCATCCCGCTGCGCCCGGACGACCCTCTGTTCGTGGCCGGCA‑GCCCGACCAACTTCATGGTGCTGTCCCGC‑GCCGTGCGCACCGC‑CGGCGCCGATGGCGTGGTGGGTACCGCCGACGATAGCCAGCCCAACACCACCTCGCCCTTCGTCGACCAGAGCCAGACCTACAGTTCACATCCCTCGCACCAGGTGTTCCTGCGCGAATACACGGTCAACGCCGCAGGTGACCCGGTGGCTACCGG > NC_002947/2911456‑2911744 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |