| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4586034 = | 24 (0.380) | 6 (0.110) | 6/222 | NT | 33.3% | intergenic (+117/+98) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| ? | NC_002947 | 4586105 = | 4 (0.080) | intergenic (+188/+27) | PP_4061/PP_4063 | hypothetical protein/long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase | |||||
CGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTCTGC‑GGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATG > NC_002947/4585889‑4586180 | aaggtgccgcggtatatacgttttgtcgacgagtacccgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcggg < 6:358757‑M1/2‑1 (MQ=255) gccgccgtatctacgttatctcgacgactacccgctgaccgtgaccggcaaggtgcagaagtgccgcatgcgggagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AAc > 4:217946‑M1/143‑149 (MQ=255) cggtatatacgttttgtcgacgagtacccgttgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGc > 7:280560‑M1/139‑149 (MQ=255) gCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTc < 4:88082/149‑1 (MQ=255) aCCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTa > 1:244683/1‑149 (MQ=255) aCCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTa < 3:44516/149‑1 (MQ=255) ccGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTAc < 5:198308/149‑1 (MQ=255) ttAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGGAGCTGCATTGAAAGGTTGAGGATCAACCGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGAATTGATCGGGCGGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTGCTACAAGGGA‑ccgtg > 8:300665/1‑145 (MQ=255) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGc > 7:291195/1‑149 (MQ=39) ggTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGc > 2:310077/1‑149 (MQ=39) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTTCCAGGGACC‑GTGCCGGCCtt < 7:300665/148‑1 (MQ=39) gACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTg < 3:317330/149‑1 (MQ=39) cgatgaccgtgaccggcaaggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGaa < 6:377349‑M1/39‑1 (MQ=255) cACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCCATCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAgg < 1:30339/131‑1 (MQ=39) cACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAgg > 2:30339/1‑130 (MQ=255) cGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgc < 2:244683/149‑1 (MQ=39) ccGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTAGGCAACGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑CTGCCCGCCATGAAAgcggac > 5:120921/1‑146 (MQ=37) cGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCt > 1:196784/1‑149 (MQ=39) aCAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTgg < 5:282440/149‑1 (MQ=39) aggtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGt > 5:377349‑M1/93‑149 (MQ=255) gtgcagaagttccgcatgcgtgagatcagtgtggcggagattgcggctgcatctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg > 4:65175‑M1/91‑149 (MQ=255) tGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg > 3:145704/1‑147 (MQ=39) tGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAg < 4:145704/147‑1 (MQ=39) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcg < 4:4379/129‑1 (MQ=38) aTCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATgcg > 3:4379/1‑129 (MQ=38) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTACTACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCggg < 1:310077/148‑1 (MQ=255) cgcTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCgg < 2:196784/146‑1 (MQ=38) ctCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAcc < 8:291195/148‑1 (MQ=38) ctCCAGTGAAAGGTTGAGGATGAGCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTAc < 4:78934/147‑1 (MQ=37) ctttGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGGATTGATCGGGCCGGCC‑TCTTCGCGGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGACC‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGTGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCcg < 6:120921/145‑1 (MQ=37) ctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg < 6:211500‑M1/55‑1 (MQ=255) ctgcgggttgatgtgctggcgcggccggcctcttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTg > 5:211500‑M1/39‑93 (MQ=255) ttcgcgGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCGTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCCCCTCACCCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTgatctccc < 7:15817‑M1/143‑3 (MQ=255) gGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg < 7:252937‑M1/148‑1 (MQ=255) gGGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑CCGTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATg < 1:240989‑M1/148‑1 (MQ=255) | CGAGCCAGGAGCCACCGGTGAAGGCTTAAGGGTAGACCACGGCACCGGCGTGAACAGCTGATCTGCGCTGCTCCATTGAAAGGTTGAGGATGACCGGGTGCTTGGCAAGGTGAAGATCTTGCATTGATCGGGCCGGCC‑TCTCTGC‑GGTA‑AACCCGCTCCTACCAGGGA‑C‑GTGCCGGCCTTGAATGCGGCGCTGCCCCTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCGCGCCAGCACATCAACCCGCAGATGCAGCCGCAATCTCCGCCACACTGATCTCACGCATG > NC_002947/4585889‑4586180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |