| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5870261 = | 24 (0.380) | 4 (0.080) | 3/208 | NT | 19.6% | intergenic (+22/+112) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
| ? | NC_002947 | 5870354 = | 14 (0.280) | intergenic (+115/+19) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator | |||||
GCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATC > NC_002947/5870115‑5870403 | gccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGAGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGC > 6:284619‑M1/1‑149 (MQ=255)gccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTCGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGCTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGC > 5:362323‑M1/1‑149 (MQ=255) ccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGG > 5:153520‑M1/1‑146 (MQ=255) ccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGG < 6:153520‑M1/146‑1 (MQ=255) ccagAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGAGCAGGGGCAAAGGCGGAGGGTTGAGCGCAGGAGC‑GGGCCGTTGGGCGGGCAGTTTGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTGTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGTGCC > 4:306855‑M1/1‑149 (MQ=255) ccaaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataataccctgggagggtgatgctgtttgtgccgg > 1:33955‑M1/148‑149 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc > 6:251225‑M1/147‑149 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc < 8:149839‑M1/3‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc < 8:320691‑M1/3‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggatgccgacgatgattgctcctgcggctaaaaaaacaatgtgagggtgatgctctttgtgccGGc < 8:152751‑M1/3‑1 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctccaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc > 5:370333‑M1/147‑149 (MQ=255) caaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcactgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGc < 8:187703‑M1/3‑1 (MQ=255) agAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTC > 2:92763‑M1/1‑149 (MQ=255) aaggaactgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGcc < 3:313911‑M1/4‑1 (MQ=255) actgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTc > 5:308355‑M1/141‑149 (MQ=255) cGGGAGCCGGGCGAGAACAGTGCTTATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGG < 6:362323‑M1/149‑1 (MQ=255) cGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGG < 2:191444‑M1/149‑1 (MQ=255) cGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGG > 1:191444‑M1/1‑149 (MQ=255) cGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGGTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCG < 4:277700‑M1/148‑1 (MQ=255) tgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTcgc < 4:100503‑M1/11‑1 (MQ=255) ctgctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTcgc > 4:266171‑M1/139‑149 (MQ=255) ctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTcgc > 4:112448‑M1/137‑147 (MQ=255) ctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCgg > 3:177258‑M1/137‑149 (MQ=255) ctggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCgg > 6:70593‑M1/137‑149 (MQ=255) tggccgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCggg < 2:20418‑M1/14‑1 (MQ=255) cccGGGCGATCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGTGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAA < 1:87584‑M1/149‑1 (MQ=255) ccGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAAC > 6:302747‑M1/1‑149 (MQ=255) cgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGaa < 3:170568‑M1/18‑1 (MQ=255) cgaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGaa > 2:199088‑M1/132‑149 (MQ=255) gaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 1:370689‑M1/131‑149 (MQ=255) gaggccttgagccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAAc > 8:91601‑M1/131‑149 (MQ=255) aGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCC < 4:107533‑M1/149‑1 (MQ=255) acaGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAC < 1:170612‑M1/149‑1 (MQ=255) caGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAC > 1:125648‑M1/1‑148 (MQ=255) agccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccgtgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggactggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTa > 6:21721‑M1/122‑149 (MQ=255) gccatgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAc > 5:395480‑M1/121‑149 (MQ=255) tgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTTCACccgcgaa > 7:129788‑M1/117‑139 (MQ=255) tgacaacccgcaggttatccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTTCACccgcgaa < 8:129788‑M1/26‑4 (MQ=255) 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tgGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTAAGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTgg < 1:123130/148‑1 (MQ=255) tgatCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCt < 5:278258/140‑1 (MQ=255) tgatCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCt > 6:278258/1‑140 (MQ=255) aGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCa < 5:302747/148‑1 (MQ=255) tccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc < 8:30197‑M1/23‑1 (MQ=255) tccacagctcgctgcaactggccctgaagaaccttgggttggcgcggatgattgggcctggggctaataaaaccctgtgagggtgatgctgtttgtgccGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGc > 7:30197‑M1/100‑122 (MQ=255) 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ttGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACcacgtacacacatctggggttggacccaggccgttgtag > 7:96048‑M1/1‑109 (MQ=255) gAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACcacgtacacacatctggggttggacccaggccgttgtagga < 5:284619‑M1/148‑42 (MQ=255) aGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACcacgtacacacatctggggttggacccaggccgttgtaggagc < 8:96048‑M1/149‑44 (MQ=255) aGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGgtaggag > 6:186268‑M2/1‑141 (MQ=255) cgcAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGGTGGT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACCACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACCTGgtaggagcgg > 6:238335‑M2/1‑139 (MQ=255) 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ttttGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTTGACCCCCTGCTTAAACCGCCGGGGGGGAA‑ACCCAAATTTGGTGTAGGGGGT‑GGAGC‑GGGGTGACCcgccgag > 6:237080/1‑145 (MQ=255) tttGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCAGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGcaca > 4:80833/1‑148 (MQ=255) gggggAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAAAGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑TTGTACGTGGAAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACaaa > 6:277752/1‑147 (MQ=255) gAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTAAAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTGAACCGCGAATAGGCCGGCCCAAAACGCAtacccc > 3:100503/1‑143 (MQ=37) ttgtg‑‑gGTCTTCGTATTTGAGGTTGTCGGTTCGGCCCTCTTCGCGGGTGACCCCGGTCCTCCAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCCTTGGG‑GGGTAGGGGGTCGGCGG‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTcac < 6:79416/149‑1 (MQ=255) gTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCa > 1:56229/1‑77 (MQ=255) gTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCa < 2:56229/77‑1 (MQ=255) cTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCCCAACGACAACGGCCAGGGGGCAACCCCCAGA‑GT‑GTGGACGGGGGAGGGGCGGGGTGCCCCGGCGAA‑AGGCCGGCCCCAACAGCAAGACCCCCCCACGGgttt > 4:267782/1‑149 (MQ=255) gATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTGCAA‑CCCCAGCTGT‑GTGTTCGTGGTAGGAGC‑GGGTTGACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATACCCCTCCCAGGGTTTTATTAGccccc > 1:95768/1‑148 (MQ=38) gtCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGccc > 1:50691/1‑148 (MQ=255) gTTCGGGCCTCTTCGCGGGTTAAACCCCGGCTACAAAGGCCAGGGGGCAA‑ACCCAGATGT‑GTTTTACTGGGTGGAGC‑GGGTTGACCCCCGGAGAGGCCGGCCCAAACAGCATCACCCAGACAGGGGTTTATTTGCCCCACGCCCacac > 4:32319/1‑145 (MQ=255) | GCCAGAATTACGGGACCCGGGCGAGCACAGTGCTGATTGTGGATGATCAGGGGCAAAGGCGGCTGGTTGAGCGCAGTTTC‑GGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTT‑‑GGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAA‑CCCCAGATGT‑GTGTACGTGGTAGGAGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATC > NC_002947/5870115‑5870403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |