New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 674337 = | 51 (0.800) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.3% | intergenic (‑229/+77) | PP_0575/PP_0576 | membrane protein/lipoprotein |
? | NC_002947 | 674395 = | 42 (0.710) | intergenic (‑287/+19) | PP_0575/PP_0576 | membrane protein/lipoprotein |
GACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCCGCGCCATACCAGC > NC_002947/674248‑674543 | gACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGtgcatgc > 8:244652/1‑148 (MQ=255) acacAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGtgcatgca > 2:160502/1‑148 (MQ=255) acaGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCaa > 5:201852/1‑147 (MQ=255) aggccaggccGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGc > 7:270219/1‑149 (MQ=255) ggccaggccGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGcc > 8:48354/1‑149 (MQ=255) caggccGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGCAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCcgcg > 1:265132/1‑149 (MQ=255) caggccGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTACACCCGCTCCCCCCGGGCCACGGAGCATGCAAACGCcgcg > 4:31545/1‑149 (MQ=255) ggTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCaa < 7:202447/149‑1 (MQ=255) gTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAtttttt < 6:201852/148‑1 (MQ=255) gTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTAtttttt < 3:99165/148‑1 (MQ=255) cTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCTCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTtgct < 7:126042/148‑1 (MQ=255) tCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTtgctgc > 3:206614/1‑149 (MQ=255) aTCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGt < 6:202488/149‑1 (MQ=255) cGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTgg > 6:187398/1‑149 (MQ=255) gCCATCTATGTAGGCGTTGTGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTgg < 2:71169/148‑1 (MQ=255) gCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTggg < 7:244652/149‑1 (MQ=255) tCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGt > 3:38120/1‑149 (MQ=255) tAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGccc < 1:282904/148‑1 (MQ=255) tAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGccc < 5:22486/148‑1 (MQ=255) gggTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCCAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCtt < 8:270219/148‑1 (MQ=255) gggTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTg < 4:38120/149‑1 (MQ=255) cccGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACg < 5:187398/149‑1 (MQ=255) cgcgAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACgg > 6:21109/1‑148 (MQ=255) aCATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGc < 3:31545/149‑1 (MQ=255) tCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGa < 7:191932/149‑1 (MQ=255) tCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGa > 3:300905/1‑149 (MQ=255) gcgAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTg > 3:389781/1‑149 (MQ=255) gcgAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTg > 2:214300/1‑149 (MQ=255) gCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTg > 7:160144/1‑149 (MQ=255) gTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGc < 4:323969/149‑1 (MQ=255) catgcaccgtggcccggcgggagcgggtttacccgcgaagcaattggcccggtgcatgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCa < 3:228029‑M2/63‑1 (MQ=255) catgcaccgtggcccggcgggagcgggtttacccgcgaagcaattggcccggtgcatgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCa > 4:228029‑M2/59‑121 (MQ=255) CATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGttc > 5:75451‑M1/1‑149 (MQ=255) accgtggcccggcgggagcgggtttacccgcgaagcaattggcccggtgcatgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGcgttcttcag > 8:284433‑M2/54‑147 (MQ=255) ACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCg < 2:302686‑M1/149‑1 (MQ=255) aaTTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCTGGCTTGGc < 7:48354/149‑1 (MQ=255) gCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCggg < 1:302686/148‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGt < 8:225875/148‑1 (MQ=255) cTTCGCGAGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCggg > 1:375917/1‑147 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGGGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAg < 4:81079/149‑1 (MQ=255) aaaCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCa < 5:331398/84‑1 (MQ=255) aaaCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCa > 6:331398/1‑84 (MQ=255) aaCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGa > 5:247660/1‑149 (MQ=255) aaCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGa < 4:300905/149‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGt < 7:54720/66‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGt > 8:54720/1‑66 (MQ=255) aCCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGAt < 3:276216/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCt > 4:39571/1‑149 (MQ=255) cGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTg > 6:69934/1‑149 (MQ=255) gccgGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTcc < 6:224781/113‑1 (MQ=255) ccACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCcg > 4:314590/1‑149 (MQ=255) cACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCcgc < 4:206614/149‑1 (MQ=255) cggtgcatgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTGGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCCgcgc < 5:296605‑M2/140‑1 (MQ=255) catgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTc < 7:130744‑M2/127‑1 (MQ=255) catgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTc > 8:130744‑M2/5‑131 (MQ=255) catgCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCCGCGCCATAc < 1:160502‑M2/145‑1 (MQ=255) caAAAGCCGCGTTCCACCGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCCGCGCCATACCAGc > 5:71757/1‑149 (MQ=255) caAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCCGCGCCATACCAGc > 6:89643/1‑149 (MQ=255) | GACACAGGCCAGGCCGGTGACGCAGTCGTACTCGTAATCGCCATCTATGTAGGCGTGGGGTCACCCGCGAACATCCGCGAAGCCGGTGCCATGCACCGGGCCAATTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCCGCCGGGCCACGGTGCATGCAAAAGCCGCGTTCCAACGCTATTTTTTGCTGCCCGGTGGGTAGTTGCCCAGCACCTTGGCCACGGTATTGCGGATTGCGCTGTTGCGTTCTTCCGGGCTTGGCGGGTAGTTGTTCATGATCTGCTCGGCACTGCCGCGCCATACCAGC > NC_002947/674248‑674543 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |